順治四年（公元1647年），清政府又調(diào)吳三桂入關(guān)，與八旗將領(lǐng)李國翰同鎮(zhèn)漢中，剿殺西北地區(qū)的抗清義軍余部。在此期間，吳三桂為了表示自己對清朝的忠誠，不但對農(nóng)民軍殘部進(jìn)行殘酷的鎮(zhèn)壓，動輒屠城，而且，對一些起兵抗清的朱明后裔，他也不遺余力地去斬盡殺絕。吳三桂的轉(zhuǎn)變，使得清朝政府對他更加倚重，西北地區(qū)抗清義軍殘部被剿殺殆盡。
順治八年（公元1651年），清政府又命吳三桂和李國翰一起，率軍入川，攻打張獻(xiàn)忠余部。幾年之中，先后平定重慶、成都等兩川重鎮(zhèn)。
順治十四年（公元1657年），吳三桂又以平西大將軍職，南征云貴，攻打南明最后一個政權(quán)桂王永歷政權(quán)。
順治十六年（公元1659年），吳三桂攻下云南。清政府在吳三桂攻下云南后，即命其開藩設(shè)府，鎮(zhèn)守云南，總管軍民事務(wù)。
順治十八年（公元1661年），吳三桂師出緬甸，擒殺桂王。十幾年間，吳三桂率部從西北打到西南邊陲，為清朝確立對全國的統(tǒng)治建立了特殊的功勛。
因此，清朝對他由原先的控制使用，改為放手使用。不但在李國翰死后，讓他獨承方面之任，而且，在一切軍事活動中，也“假以便宜，不復(fù)中制，用人，吏、兵二部不得掣肘，用財，戶部不得稽遲”。同時，在職務(wù)上，也一再升遷。
康熙元年（公元1662年）十一月，又以擒殺桂王功，晉爵親王，兼轄貴州。其子吳應(yīng)熊，也選尚公主，號稱“和碩額駙”，加少保兼太子太保。
吳三桂開藩設(shè)府，坐鎮(zhèn)云南，權(quán)力和聲勢都達(dá)到頂點的時候，他與清朝中央政府的矛盾卻開始激化起來。在云貴，他想做清朝的沐英“世鎮(zhèn)云南”的平西王。對于吳三桂的這些想法，清朝洞若觀火。因而在吳三桂殺死永歷帝后，便著手裁抑吳三桂的權(quán)勢。
康熙二年（公元1663年），清朝廷以云貴軍事行動已經(jīng)停止為理由，收繳了他的平西大將軍印信，接著，又“截其用人題補(bǔ)之權(quán)，遷除悉歸部選”。
康熙六年（公元1667年），又乘其疏辭總管云貴兩省事務(wù)之機(jī)，下令兩省督撫聽命于中央。同時，還剝奪了他的司法特權(quán)，“平西藩下逃人，俱歸有司審理，章京不得干預(yù)”。吳三桂則以“構(gòu)釁苗蠻，借事用兵”，擴(kuò)軍索餉相報復(fù)。吳三桂和清政府之間的矛盾更加尖銳了。
康熙十二年（公元1673年）春，鎮(zhèn)守廣東的平南王尚可喜，疏請歸老遼東，康熙皇帝遂乘勢作出了令其移藩的決定。
而后，又對鎮(zhèn)守福建的靖南王耿精忠的撤藩要求，也依例照準(zhǔn)。
在形勢的逼迫下，吳三桂也假惺惺地上書朝廷，請求撤藩，實則希冀朝廷慰留他。對于吳三桂的真實意圖，康熙皇帝非常清楚。他認(rèn)為，吳三桂和朝廷對立已久，“撤亦反，不撤亦反。不若及今先發(fā)，猶可制也”。
于是，力排眾議，毅然決定允其撤藩，還派專使至滇，雷厲風(fēng)行地經(jīng)理撤藩事宜。十一月，吳三桂誅殺云南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，提出“興明討虜”，起兵造反。
由于吳三桂專制滇中十四年，在反叛之初，叛軍乘銳連下貴州全省、湖南的衡州。福建靖南王、廣東平南王二藩和吳三桂在各地的黨羽如四川之鄭蛟麟、譚弘、吳之茂，廣西之羅森、孫延齡，陜西之王輔臣，河北之蔡祿等也先后揭起叛旗，紛紛響應(yīng)。一時之間，形勢對吳三桂非常有利。
康熙十三年（公元1674年），吳三桂稱為“周王”元年。其將吳應(yīng)麒陷岳州，岳州之戰(zhàn)爆發(fā)。
康熙十五年（公元1676年），是雙方軍事形勢發(fā)生重要轉(zhuǎn)折的一年。由于兵興三年，吳三桂深感兵力、財力嚴(yán)重不足，而吳三桂在各地的黨羽也紛紛離心離德，各有圖謀。
康熙十七年（公元1678年）六月初，吳三桂在都城衡州（今衡陽市）親點大將馬寶，并授計率五萬大軍南下，攻擊兵家必爭之地永興，兩戰(zhàn)兩勝，大創(chuàng)清軍，一戰(zhàn)擊斃都統(tǒng)宜里布、護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)哈克三，奪據(jù)清軍河外營地（永興依耒水而立，此水上接衡州，下通廣東）；一戰(zhàn)大敗前鋒統(tǒng)領(lǐng)碩岱、副都統(tǒng)托岱、宜思孝所率援軍，營壘被沖垮，河南岸失陷，清軍被迫退回廣東，給清軍和康熙以嚴(yán)重的軍事打擊。
六月中旬，張皇后駕崩，吳三桂精神受挫。七月，吳三桂親自部署對廣東、廣西的大規(guī)模進(jìn)攻。在衡州派出大將胡國柱、夏國相率十萬大軍，突入兩廣，幾度得手，尤其在廣西取得了更大的進(jìn)展，除了梧州，全部都被吳軍收回。北部岳州戰(zhàn)事由吳三桂侄兒吳應(yīng)期主持，御清軍于湖湘門外，清軍幾次渡江，均未成功。
康熙十七年（公元1678年）八月，衡州酷熱，吳三桂加之心情不舒，焦慮過重，肝火過盛，便突然得了“中風(fēng)噎嗝”的病癥，隨后又添了“下痢”病癥，太醫(yī)百般調(diào)治，終不見效。吳三桂便授意心腹大臣，迎接皇孫吳世璠來衡州繼位，托付后事。八月十八日深夜，吳三桂在都城衡州（今衡陽）皇宮駕崩，時年六十七歲，只做了五個多月的皇帝。
二十二日，吳三桂的侄、婿與心腹將領(lǐng)馬寶、胡國柱、夏國相齊聚衡州，公推吳國貴總理軍務(wù)，派胡國柱回云南，迎吳世璠前來衡州奔喪。胡國柱到達(dá)云南，向留守的郭壯圖傳達(dá)眾將的意見，準(zhǔn)備護(hù)送吳世璠去衡州（今衡陽）繼位。
郭壯圖有一女兒嫁給吳世璠，為保勢力，力阻吳世璠離開云南去衡州繼位。九月，吳國貴召集并主持諸將會議，討論今后的方針大計。吳國貴雖頗有眼光、有膽有識，但諸將欲保云南家小財物，此議沒經(jīng)慎重討論，便被否決了。
十一月，胡國柱等用棉裹吳三桂遺體，秘密載經(jīng)寶慶入貴州，大將軍馬寶留守衡州（今衡陽）。吳世璠迎至貴陽，并即帝位。
清軍趁機(jī)發(fā)動進(jìn)攻，從此吳軍一蹶不振，湖南、廣西、貴州、四川等地逐步為清軍攻陷。但馬寶、胡國柱等軍仍節(jié)節(jié)頑強(qiáng)抵抗；滿洲將帥仍多遷延，以致時逾兩年，清軍才進(jìn)逼云南，
康熙二十年（公元1681年）底，圍攻省城昆明。吳世璠勢窮自殺，余眾出降，三藩之亂終告平定。
（本篇完）
