(一)泰運(yùn)專區(qū)
1945年10月冀魯豫與冀南兩行政區(qū)再度分置，該專區(qū)仍為冀魯豫第一專區(qū)，亦稱泰運(yùn)專區(qū)，轄泰山以西、運(yùn)河以東地區(qū)的筑先(聊城)、博平、茌平、齊(河)禹(城)、河西(原長清黃河以西部分)、東阿、平(陰)(東)阿(1945年底撤銷)、陽谷、泰(安)西、平陰、肥城、長清(原長清縣黃河以東部分)、寧陽等縣。1946年11月析為泰西、運(yùn)東兩個專區(qū)。
(二)泰西專區(qū)
1946年11月27日冀魯豫邊區(qū)調(diào)整行政區(qū)劃，將原泰運(yùn)專區(qū)的泰(安)西、肥城、長清、平陰、寧陽等5縣劃為第一專區(qū)。1948年7月由冀魯豫邊區(qū)劃歸山東省魯中南行政區(qū)，排序為第七專區(qū)。因位于泰山以西，故又稱泰西專區(qū)。
(三)運(yùn)東專區(qū)
1946年11月27日析原泰運(yùn)專區(qū)的筑先(聊城) 、東阿、陽谷、河西(原長清縣黃河以西部分)、齊(河)禹(城)、博平、茌平等七縣為冀魯豫第六專區(qū)。因地處運(yùn)河以東，故又稱運(yùn)東專區(qū)。1947年7月壽張縣自冀魯豫第二專區(qū)劃入；同年9月陽谷、壽張二縣劃歸冀魯豫第九(濮范)專區(qū)。同年秋析陽谷東北部、東阿西南部置徐翼縣(紀(jì)念19 44年8月犧牲的陽谷縣抗日民主縣長徐翼烈士)，析筑先、陽谷各一部置聊(城)陽(谷)縣，兩縣均屬運(yùn)東專區(qū)。1948年6月聊城城關(guān)區(qū)升格為縣級政區(qū)。1949年8月冀魯豫邊區(qū)及其所屬專區(qū)撤銷，運(yùn)東專區(qū)原轄區(qū)大部劃歸新設(shè)立的平原省聊城專區(qū)。
(四)運(yùn)西專區(qū)
抗日戰(zhàn)爭勝利至1946年2月仍為冀魯豫邊區(qū)第八專區(qū)，轄昆山、南旺、鄆城、鄄城、鄆巨、臨澤、南華、觀城、南峰、壽張、張秋、汶上、東平和今屬河南省的昆吾、清豐、尚和、范縣、濮縣等18縣和2個辦事處(介乎專區(qū)和縣之間的行政機(jī)構(gòu)) 。第一辦事處轄昆山、東平、張秋、汶上、南旺等5縣，1946年1月撤銷；第二辦事處轄臨澤、鄆巨、南華等3縣，1945年11月撤銷，南華縣劃歸第五專區(qū)。1946年1月昆山、南旺、張秋、 汶上、東平等縣劃歸新設(shè)的冀魯豫第七專區(qū)。1946年2月冀魯豫第八專區(qū)改稱第二專區(qū)。 同年3月第七專區(qū)撤銷，所屬各縣劃歸第二專區(qū)。同年11月復(fù)置冀魯豫第七專區(qū)，昆山、南旺等縣劃歸七專區(qū)。這時的第二專區(qū)轄菏澤、鄆城、鄆北、鄆巨、臨澤、鄄城、昆山、南旺、巨野、汶上、嘉祥、濟(jì)寧、東平、壽張、張秋、觀城、南峰、濮縣、范縣等縣和菏澤城關(guān)鎮(zhèn)(縣級)。1948年5月南華縣復(fù)自五專區(qū)劃歸二專區(qū)。1949年8月該專區(qū)與第五專區(qū)合并為新設(shè)的平原省菏澤專區(qū)。
(五)湖西專區(qū)
抗日戰(zhàn)爭勝利后仍為冀魯豫第十一專區(qū)，轄成武、金(鄉(xiāng))曹、魚臺、臨河、單縣、金(鄉(xiāng))巨(野)、濟(jì)寧及今屬江蘇省的豐縣、華山、沛縣、沛銅(后改為銅北縣)、今屬安徽省的碭山等縣。1946年2月改稱冀魯豫(湖西) 專區(qū)。至1946年夏轄金鄉(xiāng)、魚臺、成武、單縣、單虞(城)(原稱臨河)、巨(野)南和豐縣、沛縣、華山、銅(山)北、碭山等縣。1948年2月虞城縣(今屬河南省)自魯西南專區(qū)劃入。1949年2月虞城、碭山二縣劃歸豫皖蘇區(qū)。同年8月冀魯豫邊區(qū)撤銷，該專區(qū)劃歸新設(shè)的平原省，改稱湖西專區(qū)，同時將豐縣、沛縣、華山、銅山四縣劃歸山東省臺棗專區(qū)；撤銷單虞縣，分別并入單縣、碭山二縣；撤銷巨南縣，分別并入巨野、成武二縣；原屬冀魯豫第五專區(qū)的復(fù)程縣和原屬冀魯豫第七專區(qū)的巨野、嘉祥等3縣劃歸該專區(qū)。這時湖西專區(qū)轄單縣、成武、金鄉(xiāng)、巨野、嘉祥、魚臺、復(fù)程等縣。
(六)魯西南專區(qū)
抗日戰(zhàn)爭勝利時為冀魯豫第十專區(qū)。1946年2月改為冀魯豫第五專區(qū)。至同年7月轄齊濱(曹縣西北部) 、曹縣、復(fù)程(單縣、成武、曹縣三縣邊聯(lián)地區(qū)) 、定陶、南華
(菏澤、東明邊聯(lián)區(qū)) 、東明、東垣(東明西南部)、菏澤(菏澤縣西南部，后改稱安陵縣) 和今屬河南省之民權(quán)、考城等10縣。同年11月區(qū)劃調(diào)整后轄曹縣、齊濱、東明、復(fù)程、定陶、安陵、考城、民權(quán)等8縣。1947年秋新置的蘭封縣(今屬河南市) 劃入。1948年4月南華縣劃歸冀魯豫第二(運(yùn)西) 專區(qū)。1949年2月考城、民權(quán)、蘭封三縣劃歸豫皖蘇區(qū)，五專區(qū)轄東明、曹縣、齊濱、復(fù)程、定陶、安陵等6縣，同年8月與冀魯豫邊區(qū)同時撤銷，復(fù)程縣劃歸湖西專區(qū)，撤銷安陵、齊濱二縣，分別并入菏澤、曹縣，其余縣份劃歸菏澤專區(qū)。
(七)冀魯豫第七專區(qū)
1946年1月濟(jì)寧、 嘉祥、巨野等縣城先后解放，東明湖和南陽湖之間解放區(qū)連成一片，乃于這一地區(qū)設(shè)立冀魯豫第七專區(qū)，轄濟(jì)寧市、嘉祥、濟(jì)寧、汶上、南旺、巨野、寧陽、東平、張秋、昆山等縣，專署駐濟(jì)寧市。同年2月8日改稱晉冀魯豫邊區(qū)冀魯豫第七專區(qū)。 同年3月撤銷，原轄區(qū)除濟(jì)寧市外與冀魯豫第二專區(qū)合并，仍稱第二專區(qū)。同年11月再度建立冀魯豫第七專區(qū)，轄昆山、東平、南旺、汶上、嘉祥、濟(jì)寧、濟(jì)(寧) 北等7縣。1948年4月東平縣劃歸冀魯豫第一專區(qū)。同年5月巨野縣自第二專區(qū)劃入。同年8月汶上、濟(jì)北二縣分別劃歸山東省魯中南行政區(qū)第七(泰西)和第四(尼山)兩專區(qū)。同年7月設(shè)立濟(jì)寧市，旋亦劃歸山東省魯中南行政區(qū)。時轄濟(jì)寧、嘉祥、巨野、南旺、昆山等5縣。1949年8月設(shè)立平原省，冀魯豫第七專區(qū)隨之撤銷，昆山、南旺、巨野三縣并入平原省菏澤專區(qū)，其余劃歸平原省湖西專區(qū)。
(八)冀魯豫第九專區(qū)
1947年9月以黃河以北原冀魯豫第六、第八專區(qū)的部分縣為基礎(chǔ)，設(shè)立冀魯豫第九專區(qū)，亦稱濮范專區(qū)，轄濮縣、范縣、觀城、南峰(1949年5月復(fù)改為朝城縣) 、壽張、陽谷等縣。1949年8月隨平原省之設(shè)立而撤銷，其中濮縣、范縣、觀城、朝城四縣劃歸平原省濮陽專區(qū)，壽張、陽谷則劃歸聊城專區(qū)。
(九)濟(jì)寧市
1946年1月31日設(shè)立，為縣級。同年3月29日升為專區(qū)級市，直屬于冀魯豫邊區(qū)，下轄5個區(qū)。同年9月國民黨軍進(jìn)犯該市，同年11月27日濟(jì)寧市建制撤銷。
(十)菏澤市
1946年2月設(shè)市，直屬于冀魯豫邊區(qū)。因國民黨軍進(jìn)攻，于同年11月27日撤銷。
(十一)冀南行政區(qū)第一(魯西北)專區(qū)
該專區(qū)原為冀南與冀魯豫合并后的冀魯豫邊區(qū)冀魯豫第七專區(qū)，1945年10月原冀南與冀魯豫兩行政區(qū)仍然分置，該專區(qū)為冀南第一專區(qū)，亦稱魯西北專區(qū)，專署駐臨清時也稱臨清專區(qū)。先后轄過10個縣市：冠縣、莘縣、武訓(xùn)(堂邑)、臨清縣、臨清市、衛(wèi)東(以上今屬山東省) 、永智(清平)、元朝、館陶、邱縣。1946年3月衛(wèi)東縣撤銷。1949年8月冀南一專區(qū)撤銷，所轄冠縣、莘縣、堂邑(原武訓(xùn)) 、清平(原永智)四縣劃歸新設(shè)的平原省聊城專區(qū)，臨清縣、臨清市、館陶、邱縣四縣市劃歸河北省邯鄲專區(qū)。元朝縣撤銷，其轄區(qū)分別劃歸莘縣和大名縣。館陶、邱縣今屬河北省，余均屬山東省。
(十二)冀南行政區(qū)第二專區(qū)
1945年8月復(fù)置冀南行政區(qū)，原冀魯豫第六專區(qū)改為冀南第二專區(qū)。轄夏津、恩縣、高唐、平原、武城(以上5縣今屬山東省)、清河、故城(以上2縣今屬河北省)。
