作者：麥子（轉(zhuǎn)載請注：解螺旋·醫(yī)生科研助手）
工欲善其事，必先利其器。對于復雜的基因組數(shù)據(jù)，用恰當?shù)目梢暬ぞ咦龇治鍪潜夭豢缮俚摹幕蚪M測序誕生至今，各種工具、可視化方法也都在同步演進，現(xiàn)在已經(jīng)像萬花筒一樣斑斕。選對了工具，那么檢驗假設、發(fā)現(xiàn)新東西就是小菜一碟。
下面就從三個研究層面來推薦幾個常用工具。
基因組瀏覽器
首先咱們要了解待研究的對象，即核酸序列和其中的各種結(jié)構單元。基因組瀏覽器，就是用來瀏覽基因組數(shù)據(jù)的圖形交互界面。它們免費向公眾開放，并提供各種工具用于基因組數(shù)據(jù)檢索、閱覽、分析，以簡潔緊致的圖形方式呈現(xiàn)。
它們會詳細展現(xiàn)已知基因的位置，以及每個基因的功能類別。還整合了各種基因組數(shù)據(jù)，可查到SNP、EST和保守序列模式的詳細情況。
你也可以上傳自己的研究數(shù)據(jù)（如序列和注釋）與別人共享。
UCSC Genome Browser
地址：https://genome.ucsc.edu/
Ensembl
地址：http://asia.ensembl.org/index.html
序列比對
在了解單個基因或基因組信息的基礎上，我們就會想要往橫向看看。序列比對就是一種常用的橫向研究方法，包括核酸序列和蛋白質(zhì)序列的比對，通過檢測兩個或以上序列的相似性，推測其功能、結(jié)構和進化信息
NCBI BLAST
地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
雖然沒什么美感，但是報告詳細啊
TOPALi
地址：http://www.topali.org/
比較基因組學
比較基因組學與序列比對有重合之處，但更為復雜，諸如探索基因組的各個區(qū)域、確定直系同源體和旁系同源體、分析SNP和CNV等等。于是也就有多種工具應運而生，能直觀地展示分析結(jié)果，表現(xiàn)形式也多種多樣。
Circos
地址：http://circos.ca/
多層次展示信息的圈圖，但此法也有相應的R包可選
VISTA
地址：http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
多種工具適應多種研究需要
參考來源：
http://bitesizebio.com/32055/genomics-software-sequence-comparisons/
