（1）基礎治療：功能性便秘的治療特別要強調基礎治療的重要性。主要包括排便習慣訓練，幫助患兒建立合理膳食結構，足量喝水，增加攝入含有大量膳食纖維食物，增加運動量，保持患兒愉快的精神狀態(tài)，努力形成定時排便『生物鐘』，恢復腸道正常運轉和排空，調節(jié)糞便質地，解除便秘導致的不適感，建立正常排便規(guī)律與排便行為。于每日使用非刺激性瀉藥如乙二醇、礦物油、乳糖、含氧化鎂牛奶等，逐漸軟化糞塊直到幾日或者幾星期后排出。有效維持的關鍵是保證無痛性排便直至患兒覺得排便是舒適的，并且愿意進行排便訓練。
（2）藥物治療：包括去阻塞治療與維持治療。灌腸、直腸栓劑與口服給藥均能夠達到去阻塞目的，包括溫鹽水、開塞露與滲透性通便劑等。
維持治療藥物包括液狀石蠟、乳果糖、鎂乳、聚乙二醇粉與山梨醇。藥物治療如促胃腸動力藥、微生態(tài)調節(jié)劑益生菌、合生元等對小兒便秘都有一定作用。
（3）對于治療困難、年齡較大（6歲以上）可以主動配合的兒童，還可以為其輔以心理治療與生物反饋治療，以增進其正確控制肛/門括約肌與盆底肌的收縮。
（4）中醫(yī)中藥：便秘病在大腸，涉及肺脾胃肝腎等臟腑，依據(jù)寒熱虛實癥候辨證用藥、辨證和辨病相結合，表里同治，副作用少。還可以配合針灸、推拿等療法。
