今天是六一兒童節(jié)
先祝各位乖寶寶節(jié)日快樂哦
乖寶寶，要抱抱
好吧
大家都這么這么乖巧
今天我們就來分享一篇5分期刊上的文章
而且不是很多單位排斥的Sci Rep 、oncotarget期刊上的哦
最重要的是，它還挺符合臨床醫(yī)生構(gòu)思的文章
開始
今天要聊的文章源自：Cell death & disease
Cell death & disease期刊現(xiàn)在的影響因子為5.3，雜志創(chuàng)刊時間不長，暫時沒有Sci Rep 、oncotarget那樣的發(fā)行量，所以對上述兩個雜志比較排斥的小伙伴們可以琢磨一下這個期刊。
文章題目：
The novel long intergenic noncoding RNA UCC promotes colorectal cancer progression by sponging miR-143.Cell Death and Disease (2017) 8, e2778; doi:10.1038 .(IF=5.3)
看了題目是不是就有點(diǎn)心動的感覺了呢！
這篇文章通訊作者是廣州中山二院消化內(nèi)科主任張世能。
文章的主要內(nèi)容：
作者發(fā)現(xiàn)了一條lncRNA-UCC在結(jié)直腸癌組織及細(xì)胞株中是高表達(dá)的。通過統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn)UCC表達(dá)與結(jié)直腸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、分期及預(yù)后相關(guān)。細(xì)胞實(shí)驗(yàn)表明，UCC能促進(jìn)細(xì)胞的生長與浸潤。通過生信預(yù)測、雙螢光素酶報告基因分析，以及RIP實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)miR-143與UCC結(jié)合。實(shí)驗(yàn)表明UCC通過競爭性結(jié)合miR-143從而調(diào)控miR-143的靶基因表達(dá)。
看看張主任是怎么做的，我們能否借鑒呢？
01.表達(dá)譜芯片篩分子
毫無疑問，幾年前單獨(dú)的芯片數(shù)據(jù)就能發(fā)不錯的文章了。而現(xiàn)在，只有芯片數(shù)據(jù)想發(fā)文章就已經(jīng)比較艱難了。
而對于擁有大量臨床樣本的醫(yī)生來說，基礎(chǔ)科研的第一步很多人都是從芯片、測序入手，張主任團(tuán)隊(duì)也不例外：
a、通過lncRNA芯片檢測到7419條lncRNAs，其中由124條lncRNAs在結(jié)直腸癌及癌旁中存在顯著差異；
b、GO、pathway分析表明絕大數(shù)的差異基因與細(xì)胞的增殖及死亡調(diào)控相關(guān)；
c、上傳芯片數(shù)據(jù)到GEO數(shù)據(jù)庫；
d、選分子：作者認(rèn)為上調(diào)表達(dá)的分子作為marker或靶標(biāo)更容易（檢測）些，所以作者就選擇了上調(diào)表達(dá)變化倍數(shù)最高的lncRNA-UCC作為后續(xù)研究對象；
e、定位：實(shí)驗(yàn)確定UCC主要定位于胞核。
02.臨床相關(guān)性
a、大樣本驗(yàn)證：qRT-PCR檢測了78例結(jié)直腸癌病人腫瘤及癌旁組織中UCC的豐度，確認(rèn)有近2/3的病人腫瘤組織中UCC表達(dá)水平提升。
b、KM-生存分析：UCC的高表達(dá)與不良預(yù)后呈正相關(guān)
c、UCC高表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、結(jié)直腸癌Duke分期相關(guān)
03.功能研究
a、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)：si-UCC后，細(xì)胞發(fā)生G1/S期抑制、促進(jìn)細(xì)胞凋亡；劃痕實(shí)驗(yàn)表明si-UCC后抑制了細(xì)胞的運(yùn)動能力；Transwell實(shí)驗(yàn)表明敲除UCC后細(xì)胞侵襲能力也隨之下降；
b、動物實(shí)驗(yàn)：相對于對照組來說，si-UCC后的結(jié)直腸癌細(xì)胞成瘤速度和體積均明顯下降。
04.機(jī)制研究
a、眾所周知，越來越多的證據(jù)表明miRNA可以結(jié)合到lncRNA上，引發(fā)兩者的豐度變化。
作者通過miRCode、DIANA、LncBase預(yù)測到一些能與UCC結(jié)合的miRNAs，其中miR-143與UCC有兩個結(jié)合位點(diǎn)。
這個組圖是不是很熟悉？
沒錯，就是類似于上次夢熊的三分鐘視頻里面說到的：這些圖在有些地方是可以用的（點(diǎn)我查看）。
這個圖表明了UCC與miR-143呈負(fù)相關(guān)。
挽救實(shí)驗(yàn)表明，miR-143的抑制劑能消除因干擾UCC引發(fā)的細(xì)胞表型變化。
b、研究lncRNA、miRNA無疑就聯(lián)想到最經(jīng)典的ceRNA假說機(jī)制。
首先，通過螢光素酶報告基因以及RISC復(fù)合物（miRNA、Ago蛋白）驗(yàn)證了UCC與miR-143結(jié)合。
其次，已經(jīng)報道m(xù)iR-143的靶分子有KRAS等等，細(xì)胞實(shí)驗(yàn)表明干擾掉UCC后能降低了miR-143靶分子的水平，并且通過挽救實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證了這個結(jié)果。
本項(xiàng)目是從樣本出發(fā)尋找目的分子，結(jié)合臨床預(yù)后數(shù)據(jù)，分子的體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)功能實(shí)驗(yàn)，以及簡單的機(jī)制研究，整個思路很清晰明了，基本都是臨床醫(yī)生能上手的內(nèi)容，沒有復(fù)雜的機(jī)制研究，輕輕松松上5分。
還很模糊嗎？
沒關(guān)系，小張手把手教你?。?！
