《本草綱目》脫稿于1578年，又經(jīng)過反復(fù)三次修改后終于定稿。為了能盡快刊刻此書，李時珍不顧年高體弱，于1580及1590年兩次前往太倉和南京，請當(dāng)代文學(xué)家、曾任刑部尚書的王世貞作序，之后經(jīng)金陵出版書商胡承龍應(yīng)允刻印。從1590年（明萬歷十八年）起，至1593年（明萬歷二十一年）止，前后歷時四年才全部刻完。在原書即將出版之時，李時珍告別人世，沒有能目睹本草綱目的問世。三年后的1596年，《本草綱目》在南京全部出版，史稱金陵版。目前該版本已成為世界珍寶，存世不多。
世界各地藏本
日本國立公文書館內(nèi)閣文庫本（別42函8號）全帙本。為井口直樹所獻(xiàn)本。
日本國立國會圖書館本（205-5）全帙本。為田澤仲舒的舊藏書，后獻(xiàn)于國立國會圖書館。
日本東洋文庫本雖是全帙本，但一部分是鈔補(bǔ)內(nèi)容，為巖崎久彌舊藏書。
日本、東北大學(xué)附屬圖書館狩野文庫本全帙本。
美國國立國會圖書館本全帙本。日本的舊藏書。中國中醫(yī)研究院圖書館本全帙本，謂思補(bǔ)山房的舊藏書。
中國上海圖書館本全帙本。1993年由上海科學(xué)技術(shù)出版社影印出版。根據(jù)其藏書印可知，此書曾為解放前的上海市科學(xué)技術(shù)圖書館藏書。更早的藏書印模糊不清，只知為“中國（科學(xué)院？）圖書館”之藏書印。
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