1.學(xué)術(shù)思想的傳承
無論中醫(yī)出現(xiàn)多少學(xué)術(shù)流派，其學(xué)術(shù)思想的源頭都在《內(nèi)經(jīng)》，民國時許盟孚曾言“醫(yī) 學(xué)流派雖繁，變遷雖多，而終未一變者，可以見歷代醫(yī)學(xué)之研究，莫不以《內(nèi)經(jīng)》為中心 矣”。吳門醫(yī)家群體在學(xué)術(shù)思想上遙承醫(yī)經(jīng)學(xué)派思想，傳承了傷寒學(xué)派、河間學(xué)派、易 水學(xué)派的不同學(xué)術(shù)思想，創(chuàng)立了溫病學(xué)派。
吳門醫(yī)家傳承醫(yī)經(jīng)學(xué)派時，對張介賓“從類分門”的思想繼承較多，有顧靖遠(yuǎn)、薛雪、 陳景岐等人，并繼承駱龍吉研究《內(nèi)經(jīng)》的成果。吳門醫(yī)家傳承了傷寒學(xué)派中朱膿的通俗 傷寒思想和錯簡重訂思想。吳門醫(yī)家傳承劉完素之火熱論;張從正之攻邪論:朱震亨之相 火論等河間學(xué)派的思想，特別是對朱震亨學(xué)術(shù)思想的傳承大力促進(jìn)了蘇州地區(qū)中醫(yī)學(xué)的興 盛。在易水學(xué)派之中，張元素之臟腑虛損論、李呆之脾胃論、李中梓之命門說在吳門醫(yī)家 中得到了很好的傳承。同時溫病學(xué)派創(chuàng)立的溫疫學(xué)說、溫?zé)釋W(xué)說在吳門內(nèi)部得到了良好的 繼承。
吳門醫(yī)家在傳承方式上有著家傳、私淑、師徒相授等不同的學(xué)術(shù)傳承方式，正是通過 家傳和師徒相授的傳承方式，吳門出現(xiàn)了眾多醫(yī)學(xué)世家和名醫(yī)聚集的現(xiàn)象。
2.學(xué)術(shù)思想的交融
不同學(xué)術(shù)思想的傳播與傳承，必然會出現(xiàn)不同學(xué)說的交融現(xiàn)象，或是接受后發(fā)揮或是 質(zhì)疑后創(chuàng)新，學(xué)術(shù)態(tài)度之不同必然導(dǎo)致學(xué)術(shù)傳承的不同結(jié)果。
吳門醫(yī)家中徐大椿融合《內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》兩本醫(yī)經(jīng)著作的思想發(fā)揮《內(nèi)經(jīng)》思想;陸 憋修以運(yùn)氣學(xué)說闡釋《傷寒論》之論治;喻昌、張璐等人，質(zhì)疑王叔和編次之《傷寒論》 而大發(fā)錯簡重訂之說;張璐、張?zhí)┑热巳跁c溫病證治之精髓而大倡通俗傷寒之論: 徐大椿、王丙、陸憋修等人則排斥溫病學(xué)說而持經(jīng)典傷寒之見。趙良仁融河間學(xué)派火熱病 機(jī)于《金匿要略》雜病之證治:盛寅融相火論與命門論于一體，而倡命門水火論:薛己合 脾胃學(xué)說及腎命水火之說而闡腎命學(xué)說;繆希雍秉易水脾胃學(xué)說，承河間火熱之論，發(fā)展 出脾陰學(xué)說。至于溫病學(xué)派，更是基于《內(nèi)經(jīng)》“冬傷于寒，春必溫病”的論述，秉《傷 寒論》辨證論治之法，持河間學(xué)派火熱病機(jī)而崛起于蘇州地區(qū)。
3.學(xué)術(shù)思想的創(chuàng)新 吳門地區(qū)中醫(yī)的興盛與發(fā)展，正是緣于其傳承、交融之后的創(chuàng)新，學(xué)術(shù)思想的創(chuàng)新也 是吳門地區(qū)醫(yī)學(xué)發(fā)展最好的體現(xiàn)。吳門醫(yī)家不僅在學(xué)術(shù)流派之內(nèi)創(chuàng)立新的學(xué)說，更在明清 時期創(chuàng)建了新的學(xué)術(shù)流派一一溫病學(xué)派，完善了傳統(tǒng)中醫(yī)的學(xué)術(shù)理論體系，并在古代中醫(yī) 學(xué)術(shù)發(fā)展史上畫上一個完美的句號。
吳門醫(yī)家在醫(yī)經(jīng)學(xué)派的學(xué)術(shù)創(chuàng)新中，有沈承之、徐師曾創(chuàng)立“以部分類”的分類研究 方法，以《素問》闡釋《靈樞》;徐大椿創(chuàng)《內(nèi)經(jīng)》注釋《難經(jīng)》的研究方法，完善《難 經(jīng)》理論體系;許盟孚則首次概括《內(nèi)經(jīng)》研究歷史，總結(jié)《內(nèi)經(jīng)》研究成果。
吳門醫(yī)家在傷寒學(xué)派的學(xué)術(shù)創(chuàng)新中，有喻昌、張璐父子、汪玻、周揚(yáng)俊等人持錯簡重 訂之論而創(chuàng)三綱鼎立之說，更區(qū)分熱病與溫病之異同。徐大椿、王丙、陸憋修則創(chuàng)經(jīng)典傷 寒之論，用傷寒方以治溫病。 吳門醫(yī)家在河間學(xué)派的學(xué)術(shù)創(chuàng)新中，有趙良仁將相火的部位從命門擴(kuò)展至五臟:王履 首次概念上區(qū)別傷寒與溫病、熱病，溫病自此開始獨(dú)立于傷寒之外，更創(chuàng)立中風(fēng)非風(fēng)學(xué)說。
吳門醫(yī)家在易水學(xué)派的學(xué)術(shù)創(chuàng)新中，有薛己創(chuàng)滋補(bǔ)化源的溫補(bǔ)學(xué)說，更將溫補(bǔ)學(xué)說用 于外科證治，啟“蘇派外科”之源?？娤Ｓ菏组_脾陰學(xué)說之先河，區(qū)分脾陰、脾陽，進(jìn)而 補(bǔ)充了脾胃學(xué)說。同時出現(xiàn)了首部論治肺瘩的專書《十藥神書》，首部麻風(fēng)病專著《病瘍 機(jī)要》。
溫病學(xué)派于明清時崛起于蘇州地區(qū)之后，主要創(chuàng)立了溫疫學(xué)說和溫?zé)釋W(xué)說。其中吳有 性在病因上創(chuàng)立了雜氣病因說，病機(jī)上創(chuàng)邪伏膜原說，治療上創(chuàng)溫疫達(dá)邪通里的治法。葉 桂創(chuàng)衛(wèi)氣營血辨證體系，提出察舌、驗(yàn)齒、辨斑疹白瘩等診查溫病證候的新方法，并創(chuàng)立 具體溫病的治則、治法。陸延珍豐富了白瘩的證候并創(chuàng)立治療之法。薛雪首次將三焦辨證 用于溫病特別是濕溫病的證治。邵登i根據(jù)溫毒疫毒致病之不同，創(chuàng)立升逐解毒、疏逐解 毒、抉逐解毒等治法以驅(qū)溫毒。同時吳門之中更出現(xiàn)了首部專門論述疫fi證治的著作《疫 疹草》。
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