文昌魚，屬于頭索動(dòng)物亞門鰓口科，沒有脊椎骨，不屬于魚類。文昌魚是生物演化研究中的模式生物，它揭示了現(xiàn)存脊椎動(dòng)物的起源。
文昌魚成熟個(gè)體平均體長大約5厘米左右，壽命約2年8個(gè)月左右。
身體半透明。同脊椎動(dòng)物一樣，文昌魚具有一條沿背部下行的神經(jīng)索，并具有呈條帶狀的肌節(jié)。然而，和脊椎動(dòng)物不同的是，文昌魚的背神經(jīng)索不是由骨骼所保護(hù)，而是由許多柱狀細(xì)胞所在組成的具有韌性的膜狀結(jié)構(gòu)所緊密包圍，這種起支撐作用的結(jié)構(gòu)比脊椎簡單得多，又被稱為脊索。
文昌魚的脊索和脊椎動(dòng)物的脊椎不同，它一直延伸進(jìn)入頭部，故文昌魚所屬的亞門被稱作頭索動(dòng)物亞門（Cephalochordata），其中“cephalo-”在拉丁文的意思就是“與頭部相連”。
文昌魚于頭部被稱為腦室的神經(jīng)索部分比較粗大，但并不是腦部。并文昌魚嘴的前端長有口笠觸手，起到感覺器官和過濾進(jìn)入口中的海水的作用。文昌魚擁有血管系統(tǒng)，但沒有心臟，血液由一部分血管的脈動(dòng)帶動(dòng)。
中國青島、廈門是文昌魚的兩個(gè)主要棲息地。此外，整個(gè)東南亞沿海均有發(fā)現(xiàn)文昌魚。在美國加利福尼亞州和佛羅里達(dá)州也有分布。
它們對(duì)地質(zhì)要求比較嚴(yán)格，通常僅在有機(jī)質(zhì)含量較低的粗中砂和中砂中大量出現(xiàn)。人為破壞所造成的棲息地環(huán)境改變有可能造成文昌魚種群的消失。此外，由于文昌魚具有豐富的營養(yǎng)價(jià)值，為東南亞一帶的傳統(tǒng)食物，商業(yè)性的捕撈也加速了文昌魚資源的枯竭。
文昌魚現(xiàn)為中國的國家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物。
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