自明開國以來，一直存在倭患，嘉靖時期，倭患已經(jīng)愈演愈烈。嘉靖二年，日本兩批使臣先后來華朝貢貿(mào)易，因市舶司的太監(jiān)對待不公，互爭貢使資格，引發(fā)大規(guī)模的仇殺，史稱“爭貢之役”。此后不久，明朝罷市舶司，并嚴(yán)申海禁。正常的貿(mào)易渠道被堵死，在暴利的誘惑下，更多的亡命之徒鋌而走險，攻城略地，燒殺搶掠，無惡不作。嘉靖年間，東南沿海地區(qū)的倭患驟然加劇，浙江和南直隸為甚，沿海百姓生活在水深火熱之中。
在此背景下，胡宗憲出任浙江巡按監(jiān)察御史，可見朝廷對他寄予厚望。胡宗憲也感到責(zé)任重大，臨行前立下誓言：“我這次任職，不擒獲汪直、徐海，安定東南，誓不回京?！鄙先我潦迹趹椺槍爡^(qū)內(nèi)明朝官兵紀(jì)律松弛、軟弱渙散的積弊，以嚴(yán)明賞罰為手段，大力進行整頓。通過胡宗憲的努力，明朝官兵的軍容、軍紀(jì)有了改觀，士氣也逐漸有所恢復(fù)。
不久，工部右侍郎趙文華受內(nèi)閣首輔嚴(yán)嵩的推薦，以祭海神的名義，被派往江南督察沿海軍務(wù)。趙文華是嚴(yán)嵩的義子，為人奸詐驕橫。他排擠、陷害忠良，浙江總督張經(jīng)、浙江巡撫李天寵都先后因其陷害而被殺。如何和這種人搞好關(guān)系而不致于誤了正事，胡宗憲對此非常清楚。因此在與趙文華共事的過程中，胡宗憲謹(jǐn)慎小心，有時甚至行事圓滑，最后不僅沒有受到趙文華的阻撓，還得到了后者的贊賞。在趙文華的大力推薦下，世宗很快就擢升胡宗憲為兵部左侍郎兼都察院左僉都御史，又加直浙總督，總督浙江、南直隸和福建等處的兵務(wù)。此時，胡宗憲可以調(diào)遣江南、江北、浙江等省重兵，所掌握的權(quán)力要比一般總督大得多，他兒子和他因此也較貪。
胡宗憲知道自己大展宏圖的機會來了。他一方面招攬、重用各種杰出的人才，如重用俞大猷、戚繼光等名將，把頗負盛名的文人徐渭招到自己的幕府中來；另一方面，有驍勇善戰(zhàn)的將領(lǐng)，還得有訓(xùn)練有素的士兵，胡宗憲支持部下練兵，其中成就最大者當(dāng)屬戚繼光訓(xùn)練的戚家軍，后來發(fā)展為抗倭主力軍。在胡宗憲的抗倭斗爭中，胡宗憲擒汪直、殺徐海，兩浙倭患暫告平息。
至嘉靖四十一年，胡宗憲主持的抗倭斗爭取得了前所未有的勝利，漸次平息浙江的倭患，并開始剿滅福建的倭寇。
嘉靖四十一年五月，內(nèi)閣首輔嚴(yán)嵩被罷官，其子嚴(yán)世蕃被逮。胡宗憲是由嚴(yán)嵩義子趙文華的舉薦而屢屢升遷的，很多大臣的眼里，他屬于嚴(yán)黨。趙文華已死，嚴(yán)嵩失寵，胡宗憲的處境也就岌岌可危。這年年底，在新任內(nèi)閣首輔徐階的授意下，南京給事中陸鳳儀就以貪污軍餉、濫征賦稅、黨庇嚴(yán)嵩等十大罪名上疏彈劾胡宗憲。王世貞曾說：“我知道胡宗憲的功勞，可他被徐階所壓制，不能表白他的冤屈。”看來，這一切都是新任內(nèi)閣首輔徐階直接操縱的，胡宗憲自然無力與其抗衡。
很快，世宗就下令將胡宗憲的一切職務(wù)悉數(shù)罷免，并將其逮捕押解進京。此時，胡宗憲已經(jīng)站在了懸崖的邊緣。陸鳳儀彈劾他時所列舉的罪名，任何一條都能定他個死罪。胡宗憲到京之后，世宗念其抗倭的功勞，改變了主意，降旨道：“宗憲不是嚴(yán)嵩一黨，自任職御史后都是朕升用他，已經(jīng)八九年了。而且當(dāng)初因捕獲王直而封賞他，現(xiàn)在如果加罪，今后誰為我做事呢？讓他回籍閑住就好了。”掌握生殺大權(quán)的皇帝為胡宗憲網(wǎng)開一面，再次給了他一條生路。但是，胡宗憲的仕途終于到此為止了。嘉靖四十二年春天，胡宗憲帶著不甘回到了績溪縣的龍川故里。
胡宗憲本打算從此不問政事，在故里安享晚年。但是“樹欲靜而風(fēng)不止”，胡宗憲的政敵們卻不想罷手，他們在等待機會。嘉靖四十四年三月，就在胡宗憲回鄉(xiāng)快兩年的時候，滅頂之災(zāi)從天而降。事情的起因還是離不開嚴(yán)氏父子。曾經(jīng)協(xié)助胡宗憲抗倭的羅龍文犯罪被抄家，在對羅龍文抄家時，御史意外發(fā)現(xiàn)了胡宗憲被彈劾時寫給羅龍文賄求嚴(yán)世蕃作為內(nèi)援的信件，信中附有自擬圣旨一道。假擬圣旨，這次就是老天爺也救不了胡宗憲了。果然，世宗聞聽此事后大怒，對胡宗憲降旨問罪。嘉靖四十四年十月，胡宗憲再次被押赴至京。在獄中，胡宗憲寫下萬言的《辯誣疏》，為自己進行辯解?？墒恰掇q誣疏》遞交上去后，遲遲沒有結(jié)果，胡宗憲無法忍受，嘉靖四十四年十一月初三日，胡宗憲寫下“寶劍埋冤獄，忠魂繞白云”的詩句后，自殺身亡，時年五十四歲。隆慶六年，朝廷為其平反，追謚襄懋。
