清朝的時候，總督執(zhí)掌地方軍政大權(quán)，屬于分量極重的封疆大吏。兩江總督跟漕運總督，則是兩個關(guān)系非常特殊的官職。兩江總督管轄今天江蘇、安徽、江西、上海范圍內(nèi)的軍政事務(wù)。
而漕運總督則是負(fù)責(zé)全國的漕運事務(wù)。一個以轄區(qū)為主，一個專屬事務(wù)為主。從這點來看，漕運總督跟兩江總督，確實有很大不同。但是，因為地理位置和事務(wù)職權(quán)的關(guān)系，它們之間，又產(chǎn)生非常密切的聯(lián)系。
漕運事務(wù)，就是通過水路，包括河流跟大海，把糧食運到京城或其他地區(qū)。清朝的時候，兩江總督管轄的江南地區(qū)，就是漕運的重要起源地。江南不僅產(chǎn)糧豐盛，又跟長江、淮河、京杭大運河等水系相連。所以，除了江南提供的糧食，全國其他地區(qū)的漕糧，也會經(jīng)過江南，運到京城。
對于兩江總督來說，作為地方督撫，它們必須保證每年按時征收繳納戶部規(guī)定的漕糧，而且，漕糧的成色質(zhì)量必須有保證。沿途運輸障礙，也要一并清除。如果出錯，地方督撫需要承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任和懲罰。
為了處理好這些事務(wù)，兩江總督跟漕運總督，必須合作。漕運總督駐地在淮安，兩江總督駐地南京，它們都在江蘇省內(nèi)，相互配合。
作為漕運路線的必經(jīng)之地，兩江總督必須及時疏通運道，催促漕船，勘測開辟新航道，約束一起運送漕糧的旗丁，還要及時向朝廷奏報漕糧運送的情況等。
而且，朝廷攤派到兩江地區(qū)的漕糧任務(wù)又非常繁重。順治年間，朝廷向山東、江蘇等八個省份征收400萬石漕糧，其中，江南地區(qū)的漕糧達到236.44萬石，超過總數(shù)的一半。
此后數(shù)額雖有變化，但江南地區(qū)仍需上繳巨額漕糧。所以，對于兩江總督來說，漕運事務(wù)是日常事務(wù)中，非常重要的一部分。甚至遇到一些特殊情況，朝廷還會讓兩江總督兼任漕運總督。
在具體職權(quán)上，兩江總督除了一般總督擁有的單獨奏事、監(jiān)督考察下屬文武官員、處理軍政事務(wù)、節(jié)制綠營軍隊，教化百姓外，它還需要處理漕運、錢糧、治河和鹽務(wù)。
到了晚清時，朝廷又授予地方督撫對外交涉的權(quán)力。兩江總督也在授予之列，比較特殊的是，其他督撫有事的時候，需要提前照會兩江總督和直隸總督。因為它們還兼著南北樣大臣的職位。
兩江總督執(zhí)掌軍政大權(quán)，漕運總督也一樣。漕運總督管轄全國范圍內(nèi)，直隸、山東、河南、江西、江南、浙江、湖廣七個省份地區(qū)負(fù)責(zé)漕運的官員，都是漕運總督的下屬。
除此外，漕運總督又掌握軍權(quán)，麾下有一支綠營軍漕標(biāo)，兼理相關(guān)軍務(wù)，協(xié)助處理漕運。
從官階上講，漕運總督跟兩江總督，并沒有太大不同。作為總督，它們都是正二品官階，同時又都可以加銜兵部尚書和都察院右都御史職位，達到從一品官階。
遇到特殊情況，總督有權(quán)限加大學(xué)士職位，從而達到正一品官階。只不過，在真實操作中，這種情況非常少。曾國藩任兩江總督時，曾經(jīng)加銜體仁閣大學(xué)士職位，用來又改授武英殿大學(xué)士。
不過，在不同時期，兩江總督跟漕運總督，曾發(fā)生過各自的變化。漕運在清朝中前期時，十分重要，關(guān)系到國家命脈。所以，漕運總督地位也極為牢固。但是，隨著黃河歷次決口，阻塞運河，再加上近代以來，航海技術(shù)的發(fā)展，漕運逐漸沒落。
而且，漕運系統(tǒng)內(nèi)部弊病叢生，官吏貪腐成性。晚清朝廷又疲弱，掌控?zé)o力。即便有意整頓，也沒有太大成效。朝廷中，不斷有人提出要裁撤漕運，以及相關(guān)職位?？善渲欣婕m葛太深，一時間難以根除。到晚清時，漕運斷絕后，漕運總督仍在。
同治年間，漕運總督吳棠已經(jīng)沒有漕運公務(wù)可以處理，卻破例掌管漕、河、軍政、糧臺等事務(wù)。軍政、人事一把抓，權(quán)勢超過歷任漕運總督。又以漢人官員的身份擔(dān)任這個職務(wù)，極為少見。
然而到光緒年間，漕運確實已經(jīng)無力回天，拖累極大。朝廷這才裁撤漕運總督的職位。漕運總督裁撤的同時，兩江總督卻愈發(fā)重要。兩江總督兼任的南洋大臣，負(fù)責(zé)洋務(wù)外交，再加上管轄地區(qū)的富裕，權(quán)勢地位僅次于直隸總督。一漲一落，成了這兩個職位最后的區(qū)別。
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