（一）水土資源不足成為制約農(nóng)村水利發(fā)展的重要外部條件。北方地區(qū)灌溉水源不足以及南方地區(qū)水源污染已成為制約農(nóng)田灌溉和農(nóng)村飲水安全事業(yè)發(fā)展的關鍵因素之一。與此同時，18億畝耕地中自然社會條件較好、容易發(fā)展灌溉的耕地多已興建灌排設施，而余下9億多畝耕地多屬于靠天吃飯的中低產(chǎn)田，發(fā)展灌溉的難度越來越大。每年占用的耕地中，絕大多數(shù)都是有灌排設施的基本農(nóng)田。人口增加對糧食等農(nóng)產(chǎn)品需求的剛性增長與水土資源不足的矛盾日益尖銳，解決矛盾的出路在于節(jié)水、節(jié)地，提高資源的利用效率。 然而，現(xiàn)行的節(jié)水政策很不健全，僅靠號召難以持久地調(diào)動供水者、用水者的節(jié)水積極性。例如，絕大多數(shù)水庫、灌區(qū)管理機構實行“自收自支”財務政策，靠賣水收取水費維持運行。供的水愈多，水費收入就愈高，職工才能按時發(fā)放工資（許多地方的標準經(jīng)常低于國家規(guī)定）。推行節(jié)水后，用水戶減少了水費支出，區(qū)域、流域的水供需矛盾得到緩解，生態(tài)環(huán)境用水有所增加，但水庫或灌區(qū)專管機構收入的減少卻沒有補償來源，很大程度上影響了供水者的節(jié)水積極性和主動性。應當建立包括政府在內(nèi)的受益者補償節(jié)水投入和因節(jié)水給供水單位帶來經(jīng)濟損失的政策。此外，早在20世紀90年代中期，有關部委就出臺了《占用灌溉水源和灌溉設施補償辦法》，但這一辦法在各地基本上沒有得到貫徹落實，導致每年新發(fā)展的灌溉面積和各種原因衰減的面積增減相抵后，凈增不多，這也是近幾十年灌溉面積增長緩慢的原因之一。
（二）缺乏必要的激勵、約束、懲罰性法規(guī)、政策和制度。過去幾十年，黨中央、國務院通過多種途徑反復強調(diào)加強農(nóng)田水利基礎設施建設的重要性，近幾年的多個中央1號文件提出的要求更加具體明確。但是在市場經(jīng)濟的大環(huán)境下，一些部門和許多地方政府受經(jīng)濟利益的影響，往往是遇到大旱大澇時重視農(nóng)田水利，災情過后糧食供應穩(wěn)定了，農(nóng)田水利就得不到真正重視，鞏固和加強農(nóng)村水利基礎設施建設的長效機制遠未建立。因此，必須要建立可操作性強的激勵和約束制度，保障農(nóng)村水利發(fā)展有一個長效機制。
（三）農(nóng)戶分散經(jīng)營體制與農(nóng)村水利工程集約化管理、社會化服務要求之間的矛盾，加大了農(nóng)村水利管理體制改革的難度。國家從保障糧食安全和農(nóng)產(chǎn)品供給角度，要求農(nóng)民投勞集資，承擔起興修農(nóng)田水利的責任和義務。而農(nóng)民從糧食生產(chǎn)等種植業(yè)中的純收入不足以維持其基本生活，增加收入是農(nóng)民的強烈愿望，國家的宏觀目標與農(nóng)民的利益追求實際上并不完全相吻合。過去幾十年，農(nóng)田水利基本建設的傳統(tǒng)做法是各級黨委政府直接組織，用責任狀或行政命令等方式，層層動員組織農(nóng)民完成投勞集資任務。這種做法在計劃經(jīng)濟體制下全國大辦農(nóng)業(yè)，解決糧食不足時曾經(jīng)發(fā)揮了巨大的作用。在農(nóng)村稅費改革，取消“兩工”的新形勢下，許多縣、鄉(xiāng)基層干部感到農(nóng)田水利基本建設沒有了“抓手”，組織不起來。有些地方探索“民營水利”改革，嘗試由私人組織興辦農(nóng)村水利，但這種改革效果的持久性有待實踐檢驗。當前農(nóng)田水利基本建設需要找到一種政府能夠履行職責，有 “抓手”，同時又能調(diào)動廣大農(nóng)民參與積極性，以主人身份參與的方法。
（四）投入不足是制約農(nóng)村水利發(fā)展的關鍵因素之一。粗略估算，不含農(nóng)村供水設施，僅灌溉排水為主的大中小型農(nóng)田水利工程配套改造每年就需300―400億元的投資。按目前的投入力度，需要四五十年才能還清。由于投入不足，造成過去建設的大量工程標準低、不配套，也使老化失效工程得不到及時改造和更新。改革開放30年，年年都強調(diào)要增加投入，但并未明確具體的投入責任主體和主渠道?，F(xiàn)行的農(nóng)村水利投入政策，無論是灌排工程，還是農(nóng)村飲水安全工程，國家都要求總投資的一半由地方和受益農(nóng)民配套。哪種類型的工程農(nóng)民應由農(nóng)民承擔投勞責任，哪種類型的工程應由各級政府負責建設和維護管理、以及如何確定不同地區(qū)農(nóng)民負擔能力等，需要從政策上進一步界定。
（五）建立良性運行機制，仍是農(nóng)村水利發(fā)展中有待解決的大問題。問題的根源之一是大量公益性較強、公共使用的農(nóng)村水利工程、產(chǎn)權不清、“業(yè)主缺位”、管理主體責任不落實。原因之二是現(xiàn)行農(nóng)業(yè)水價政策不合理，對弱質產(chǎn)業(yè)和弱勢群體的實際承擔能力估計過高。過去20年，已經(jīng)出臺的多個水價政策，都要求農(nóng)業(yè)供水（主要是農(nóng)田灌溉用水）水價按補償全成本原則計收。但事實是沒有一個地方政府批準的水價符合上述要求，在考慮了農(nóng)民和農(nóng)業(yè)的實際負擔能力后，通常水費只有全成本的一半左右。養(yǎng)護經(jīng)費不足、設施老化失修、管理人員報酬待遇太低、業(yè)務骨干流失、管理隊伍能力偏低，如此，惡性循環(huán)。近年來，一些地方嘗試讓農(nóng)民用水戶組織起來，承擔起農(nóng)村水利工程建設和管理“業(yè)主”責任，賦予其相應的權利，試圖依靠它來解決上述問題。但是，這種管理體制的推行，需要必要的外部條件和一個相當長期的過程。
（六）缺乏能夠整合多部門分散管理現(xiàn)有農(nóng)村水利建設資金的有效機制。目前，扶持農(nóng)村水利基礎設施建設資金由多個部門分別管理，帶來一些地方重復立項建設，用國家資金相互配套等問題。暴露出農(nóng)村水利規(guī)劃滯后、缺乏權威性等問題。個別地方在農(nóng)村水利基礎設施建設中存在“急于求成”、“急功近利”、“簡單化”、“行政化”的傾向，與缺乏權威的規(guī)劃指導有關系。
