科研生活中,總會(huì)充滿多種煩惱,比如:
課題設(shè)計(jì)前,如何快速尋找確定研究熱點(diǎn),這從一開(kāi)始便決定了我們科研層次以及發(fā)表文章的影響因子,比如單純做 microRNA,也許五分已經(jīng)不能再多了;而研究 microRNA 上游的 LncRNA 或者外泌體,只要機(jī)制深,30 分沒(méi)問(wèn)題。
課題確定后,首先要了解該領(lǐng)域的前期研究,那誰(shuí)會(huì)是這個(gè)領(lǐng)域的研究專家呢?如何快速查找相關(guān)內(nèi)容的文獻(xiàn)呢?Pubmed 收錄如此之多,篩選文獻(xiàn)就如大海撈針,檢索方式的高效與便捷顯得尤為重要。
而當(dāng)課題結(jié)束了,我該投什么樣的雜志?一般很多雜志都會(huì)有自己喜好,摸清口味很重要。
不管什么樣的問(wèn)題總會(huì)有解決的辦法,今天就為大家介紹一個(gè)神器的網(wǎng)站:GoPubMed。
GoPubMed 是德國(guó) Transinsight 公司和德國(guó)德累斯頓大學(xué)合作開(kāi)發(fā)的以基因本體 GO 以及醫(yī)學(xué)主題詞表(MeSH)作為檢索詞,以 Pubmed 為基礎(chǔ)的二次文獻(xiàn)分析工具,即通過(guò)輸入檢索詞提交給 pubmed,然后利用生物信息學(xué)相關(guān)知識(shí)對(duì)搜索結(jié)果進(jìn)行提煉、分析,使文獻(xiàn)檢索更快捷。
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近年來(lái),lncRNA 研究比較火熱,我們可以先通過(guò)檢索相關(guān)的文獻(xiàn),了解相關(guān)領(lǐng)域的研究?jī)?nèi)容以及發(fā)展趨勢(shì)。打開(kāi) GoPubMed 首頁(yè),輸入關(guān)鍵詞 [lncRNA],網(wǎng)站會(huì)自動(dòng)進(jìn)行識(shí)別并提供相關(guān)的檢索詞,以RNA,Long Noncoding [mesh] 形式進(jìn)行檢索。
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檢索結(jié)果左側(cè)欄,主要是文獻(xiàn)的分類列表,按檢索內(nèi)容、雜志、出版日期、國(guó)家、地區(qū)、作者等進(jìn)行分類??梢愿鶕?jù)自己的檢索目的進(jìn)行勾選,縮小檢索范圍。
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在這里,我們重點(diǎn)強(qiáng)調(diào)一下檢索內(nèi)容一欄,網(wǎng)站設(shè)計(jì)了多級(jí)分類檢索詞進(jìn)行限定,可以幫助我們快速的鎖定檢索結(jié)果。
1. 分類列表:點(diǎn)擊下拉菜單后,網(wǎng)站會(huì)出現(xiàn)相關(guān)結(jié)果,如 LncRNA 相關(guān)生物學(xué)途徑、信號(hào)通路、腫瘤、蛋白、分子功能等文章分類,比如點(diǎn)擊 [Disease]-[with Disease] 或者 [without Disease] 進(jìn)行限定,相當(dāng)于布爾邏輯運(yùn)算。
2. 不同腫瘤類型分類:點(diǎn)擊 [Tree] 一欄可以發(fā)現(xiàn)網(wǎng)站進(jìn)一步以不同腫瘤類型,如眼部疾病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、內(nèi)分泌疾病等進(jìn)行進(jìn)一步的篩選。
3. 或者通過(guò) [statistics] 查看不同疾病相關(guān)研究案例統(tǒng)計(jì)。比如 LncRNA 相關(guān)的癌癥發(fā)生文獻(xiàn)約占 1387 篇,乳腺癌相關(guān)研究占 754 篇,通過(guò)這樣的分類統(tǒng)計(jì),我們可以進(jìn)一步限定檢索范圍與領(lǐng)域。
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在網(wǎng)頁(yè)的正中欄,可以查看檢索后文獻(xiàn),點(diǎn)擊顯示摘要內(nèi)容,有助于我們快速閱讀內(nèi)容,進(jìn)行文獻(xiàn)的查找。
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網(wǎng)站最大的功能應(yīng)該是通過(guò)對(duì)檢索結(jié)果數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
1. 第一欄是發(fā)表文章時(shí)間、國(guó)家以及地區(qū)的統(tǒng)計(jì),有助于我們快速了解研究課題近些年發(fā)表文章數(shù)量,哪個(gè)國(guó)家研究能力比較強(qiáng)等。
2. 第二欄式發(fā)表期刊、關(guān)鍵詞以及作者姓名。此處劃重點(diǎn):通過(guò)期刊排名,我們可以了解什么樣的雜志接受這方面的研究比較多、投稿接收的可能性會(huì)更大一點(diǎn);通過(guò)主題詞排名,可以幫助我們了解相關(guān)的熱點(diǎn)研究;通過(guò)作者排名,我們可以發(fā)現(xiàn)該領(lǐng)域的研究前輩,既往發(fā)表過(guò)幾篇論著,他們的研究技術(shù)已經(jīng)相對(duì)成熟,在課題設(shè)計(jì)或者學(xué)習(xí)實(shí)驗(yàn)方法上就可以多參考、多學(xué)習(xí)。
3. 第三欄是不同年份文章的發(fā)表數(shù)目,我們發(fā)現(xiàn)自 2013 年起,文章發(fā)表數(shù)量迅速上升,說(shuō)明大家逐漸關(guān)注到該領(lǐng)域,有助于我們更好的判斷該該領(lǐng)域?qū)?lái)的發(fā)展趨勢(shì)。
通過(guò) GoPubMed 的分析,我們可以快速了解研究熱點(diǎn)、研究創(chuàng)新點(diǎn)、研究趨勢(shì)以及投稿適合雜志期刊,相比于 PubMed 更直觀,更有條理,提供了一種全新的檢索方式,方便科研人員高效檢索。
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