王氏自７０年代始，對《內經》進行了全面整理與專題研究，主編了《黃帝內經專題研究》，編著《素問今釋》、《運氣學說的研究與考察》等書。認為《內經》是中醫(yī)理論體系的源泉，只有追本求源，才能貫古通今，其主要研究思路和方法可歸納為以下各點。
（一）通讀原文把握總體攻讀《內經》原著，實為研究《內經》的首要一環(huán)。所謂攻讀原著，就是要對《素問》、《靈樞》必須逐篇逐句攻而讀之，只有這樣，才能把握全貌，將一部《內經》了然胸中。只有經過通讀原著，才能對《內經》的整個學術思想體系有全面的認識。否則，只能是管中窺豹，見其一斑而已。
茲將《內經》理論體系列表如下，以供參考。
從上表可知，《內經》理論體系內容甚廣，它包括了臟象、病因病機、病證、診法、治則、五運六氣等六大學說。
（二）獨立思考提要鉤玄在通讀《內經》的基礎上還需提要鉤玄，如只通讀，往往茫然，所以要抓住每篇的重點、疑點、難點做讀書筆記或卡片。
１提要卡：對《內經》每一篇作出內容提要。如《素問·病能篇》提出三點：①以胃脘痛等數(shù)種疾病的病因、病機、病態(tài)、診斷與治療如何，提示人們臨證觀察分析病態(tài)的意義和方法；②討論了陽厥、酒風的病機及治療方劑；③論述了揆、度、奇、恒的涵義。
２節(jié)錄卡：對一篇中的某一段或幾段重要內容進行節(jié)錄分析。如《素問·生氣
通天論篇》：“凡陰陽之要，陽密乃固，……精氣乃竭”一段，提示四點：①陰陽平衡的重要性；②陽氣在陰陽平衡中的主導作用；③陰陽失調的危害性；④調和陰陽是治病的根本法則。
３索引卡：對某些篇目名詞作出索引，如“四維”相代《內經》多次出現(xiàn)，指出每篇含義。
４目錄卡：做出對《內經》有關內容分類目錄，如全身望診：①望神志，列《靈樞·癲狂》、《素問·陰陽脈解篇》、《素問·調經論》等篇目；②望色澤，列《靈樞·論疾診尺》、《靈樞·水脹》、《靈樞·決氣》等篇目；③望形態(tài)，列《靈樞·論疾診尺》、《靈樞·水脹》、《素問·平人氣象論》等篇目。分部望診再分出審顏面、察目、察舌、望口唇、齒齦、耳鼻、望皮膚、爪甲、望排泄物、望絡脈等內容，列出有關篇名，以便檢索。
５專題卡：對討論《內經》某一個專題內容如三焦、病機十九條等寫出文摘提要。
（三）確立專題深入研究研究《內經》應確立專題，要對有關內容進行歸納分析，把一個個問題系統(tǒng)化。如關于《內經》的養(yǎng)生長壽學說、醫(yī)學氣象問題、體質問題等，都需要進一步研究。例如體質問題，《內經》已多有論述，它不僅注意到個體的差異性，并對人體類型作了若干分類，這理論貫穿在生理、病理、診斷、治療等各個方面，但論述零散，尚未形成為學說。研究這一問題，不僅出于診斷學的需要，而且對進一步深入研究人體具有開拓和啟發(fā)的意義。
研究學術問題，不可輕易肯定或否定，抑或人云亦云，要獨立思考，深入研究。如五運六氣學說，在中醫(yī)理論體系中占有重要地位，歷來爭議紛紜，直至今天仍存在嚴重分歧，其科學價值到底如何？是保留之，還是摒棄之？只有在認真研究《內經》運氣篇章的基礎上，廣泛收集古今有關研究文獻，弄清五運六氣學說的來龍去脈、基本內容、歷代醫(yī)家的見解和運用情況，對這一學說的形成和發(fā)展現(xiàn)狀有一個系統(tǒng)的了解，才能作出有意義的評價。
專題研究可多學科進行。《內經》中許多理論總是涉及內容非常廣泛，除醫(yī)學外，還涉及到天文學、氣象學、聲學、生態(tài)學、人類學、哲學、史學、文字學等多方面的知識。因此，聯(lián)系其他學科進行多途徑、多側面的研究，也是重要途徑之一。
（四）聯(lián)系實際學以致用研究《內經》的目的，在于為醫(yī)療實踐服務，因此，學以致用是最好的學習方法。如《內經》指出“治痿獨取陽明”（《素問·痿論》）；治咳要重視“此皆聚于胃，關于肺”（《素問·咳論》）的病機；治水則當考慮到“其本在腎，其末在肺”及“腎者，胃之關也，
關門不利，故聚水而從其類也”（《素問·水熱穴論》），這些理論原則均需要我們在實踐中加以理解。
對于學習方法，《素問·著至教篇》提出了五個字：誦、解、別、明、彰。誦，是誦讀，只有誦讀才能了解全貌，并對重要內容加以記憶；解，是理解，就是對其精神實質、難點、要點以加分析；別，是歸類鑒別，對有關內容加以分門別類，比較鑒別；明，就是在誦、解、別的基礎上，系統(tǒng)掌握醫(yī)學理論，使之了然胸中；彰是發(fā)揚光大，使理論用到實踐中去，以取得顯著的成績。如果能把這五個字做好，《內經》的東西就不難掌握到手。
