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植物界的范圍，取決于整個真核生物的分類大系統(tǒng)。近幾十年來，藻類學(xué)界習(xí)慣以古質(zhì)體類（Archaeplastida，包括灰藻、紅藻、廣義綠藻、輪藻和有胚植物）作為植物界，并認(rèn)為古質(zhì)體類是一個單系群。然而，2015年以來，英國牛津大學(xué)著名原生生物學(xué)家卡瓦利埃-史密斯的研究組[9]以及加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)帕特里克·基林研究組[10]先后各用100多個核基因為真核生物構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，結(jié)果均發(fā)現(xiàn)，一類叫做皮膽蟲類的非光合原蟲演化支嵌在古質(zhì)體類中，和紅藻類構(gòu)成姊妹群，因此傳統(tǒng)意義上的古質(zhì)體類實際上是并系群；不僅如此，原先認(rèn)為與定鞭生物關(guān)系更近的隱藻生物，在這兩項研究中也均發(fā)現(xiàn)與古質(zhì)體類關(guān)系更近，基林研究組的結(jié)果甚至顯示隱藻生物也嵌在古質(zhì)體類中。
為了兼容這兩項研究，多識植物界系統(tǒng)擴(kuò)大了植物界的范圍，把隱藻生物和皮膽蟲類也包括進(jìn)來。植物界下分4個亞界，即隱藻亞界（Cryptista）、紅藻亞界（Rhodista）、灰藻亞界（Glaucophyta Subregnum）和綠色植物亞界（Viridiplantae），它們之間的關(guān)系暫時處理為多分支結(jié)構(gòu)，有待今后進(jìn)一步解析。皮膽蟲類作為一個門，包括在紅藻亞界中。
隱藻生物雖然種類不多，但主要的幾個分支演化史久遠(yuǎn)，理應(yīng)給予較高的等級。因此，多識植物界系統(tǒng)將隱藻亞界分為4門5綱，即：微太陽蟲門（Microheliellophyta），僅含微太陽蟲綱（Microheliellophyceae）1綱；顫單胞蟲門（Palpitomonadophyta），僅含顫單胞蟲綱（Palpitomonadophyceae）1綱；下睫蟲門（Katablepharidophyta），僅含下睫蟲綱（Katablepharidophyceae）1綱；隱藻門（Cryptophyta），含角單胞蟲綱（Goniomonadophyceae）和隱藻綱（Cryptophyceae）2綱。按照《國際藻類、菌物和植物命名法規(guī)》，凡是作為藻類看待的生物，如果其門名和綱名用模式命名法構(gòu)成，則門名應(yīng)以-phyta結(jié)尾，綱名應(yīng)以-phyceae結(jié)尾。上述門名和綱名即嚴(yán)格按照這一規(guī)則命名，但其中有些尚未正式發(fā)表。
隱藻亞界既包括通過光合作用營自養(yǎng)生活的種類，又包括營異養(yǎng)生活的種類。上述5綱中，隱藻綱為光合藻類；其他綱為異養(yǎng)種類（故中文名不用“藻”字而用“蟲”字）。
紅藻亞界包括皮膽蟲門（Picomonadophyta，此學(xué)名尚未發(fā)表）和紅藻門（Rhodophyta）。皮膽蟲門只有皮膽蟲綱（Picomonadophyceae，此學(xué)名尚未發(fā)表）一個綱。紅藻門按照2006年的一項分子系統(tǒng)發(fā)育研究劃分為小青藻亞門（Cyanidiophytina）和紅藻亞門（Rhodophytina）；前者只包含一個綱——小青藻綱（Cyanidiophyceae），后者包含彎枝藻綱（Compsopogonophyceae）、莖絲藻綱（Stylonematophyceae）、紫球藻綱（Porphyridiophyceae）、薔薇藻綱（Rhodellophyceae）、紅毛菜綱（Bangiophyceae）和真紅藻綱（Florideophyceae）共6個綱。其中除紅毛菜綱和真紅藻綱明確形成姊妹群關(guān)系外，它們構(gòu)成的演化支和紅藻亞門的其他4個綱的關(guān)系尚無法明確解析。[11]
由于皮膽蟲門的加入，紅藻亞界和隱藻亞界一樣，成為既有自養(yǎng)生物又有異養(yǎng)生物的類群。因此，多識植物界系統(tǒng)決定仿照卡瓦利埃-史密斯區(qū)別Cryptista和Cryptophyta的做法，將紅藻亞界的學(xué)名改為Rhodista（尚未發(fā)表），而讓Rhodophyta一名作為紅藻門的專用學(xué)名。
灰藻亞界的植物種類不多，只有灰藻門（Glaucophyta）一個門，僅包含一個綱——灰藻綱（Glaucophyceae）。
綠色植物亞界分為綠藻總門（Chlorophyta Superdivisio）和輪藻總門（Charophyta Superdivisio），分別是劉易斯－麥考特綠色植物系統(tǒng)[12]中的綠藻門（Chlorophyta）和輪藻門（Charophyta）的升級。
綠藻總門僅有綠藻門（Chlorophyta）一個門，包括了廣義綠藻中的一部分類群。按照近年來的分子系統(tǒng)發(fā)育研究成果，綠藻門劃分為掌葉藻綱（Palmophyllophyceae）、塔胞藻綱（Pyramimonadophyceae）、小豆藻綱（Mamiellophyceae）、腎爿藻綱（Nephroselmidophyceae）、假心胞藻綱（Pseudoscourfieldiophyceae）、平藻綱（Pedinophyceae）、四爿藻綱（Chlorodendrophyceae）、共球藻綱（Trebouxiophyceae）、石莼綱（Ulvophyceae）、綠藻綱（Chlorophyceae）10個綱和蔥綠藻分支VIIA（prasinophyte clade VIIA）、蔥綠藻分支VIIC（prasinophyte clade VIIC）兩個尚未命名、有待研究的演化支。[13]
輪藻總門包括7個演化支。其中，前6個演化支處理為門的級別，即中斑藻門（Mesostigmatophyta）、綠方藻門（Chlorokybophyta）、鏈絲藻門（Klebsormidiophyta）、輪藻門（Charophyta）、鞘毛藻門（Coleochaetophyta）和雙星藻門（Zygnematophyta），它們各包含一個同名（同模式）綱。這6個綱中，除輪藻綱外的5個綱傳統(tǒng)上也歸于廣義綠藻。劉易斯－麥考特綠色植物系統(tǒng)已列出了這6個演化支，但該系統(tǒng)認(rèn)為輪藻綱和有胚植物是姊妹群，將二者置于鏈形植物亞門（Streptophytina）之內(nèi)，則與此后的分子系統(tǒng)發(fā)育研究結(jié)果不符。鞘毛藻綱和雙星藻綱事實上要比輪藻綱在系統(tǒng)發(fā)育上更接近有胚植物。[13]
輪藻總門的第7個演化支——有胚植物——也處理為門級，按模式命名法稱之為木賊門（Equisetophyta）。在木賊門之下設(shè)立4個亞門，即地錢亞門（Marchantiophytina）、真蘚亞門（Bryophytina）、角苔亞門（Anthocerotophytina）和木賊亞門（Equisetophytina）。其中，地錢亞門即現(xiàn)生苔類，包括裸蒴苔綱（Haplomitriopsida）、地錢綱（Marchantiopsida）和葉苔綱（Jungermanniopsida）3綱；真蘚亞門即現(xiàn)生蘚類，包括藻苔綱（Takakiopsida）、泥炭蘚綱（Sphagnopsida）、黑蘚綱（Andreaeopsida）、黑真蘚綱（Andreaeobryopsida）、四齒蘚綱（Tetraphidopsida）、長臺蘚綱（Oedipodiopsida）、金發(fā)蘚綱（Polytrichopsida）和真蘚綱（Bryopsida）8綱；角苔亞門即現(xiàn)生角苔類，包含光孢角苔綱（Leiosporocerotopsida）和角苔綱綱（Anthocerotopsida）2綱。木賊亞門即現(xiàn)生維管植物。近年來學(xué)界基本確定，在有胚植物中，地錢亞門、真蘚亞門和角苔亞門依次為基部分支；如不考慮化石類群，則角苔亞門與現(xiàn)生維管植物是姊妹群。[14]
木賊亞門再設(shè)立4個綱，即石松綱（Lycopodiopsida）、木賊綱（Equisetopsida）、松綱（Pinopsida）和木蘭綱（Magnoliopsida）。其中，石松綱即現(xiàn)生石松植物，木賊綱等同于PPG I系統(tǒng)中的水龍骨綱，即狹義蕨類或鏈?zhǔn)参?；松綱即現(xiàn)生裸子植物；木蘭綱即被子植物。在現(xiàn)生維管植物中，石松綱為基部分支，與現(xiàn)生真葉植物構(gòu)成姊妹群；現(xiàn)生真葉植物中，木賊綱與現(xiàn)生種子植物構(gòu)成姊妹群；現(xiàn)生種子植物包括松綱和木蘭綱。[8]
上述4個綱中，木賊綱之所以沒有使用PPG I系統(tǒng)的“水龍骨綱”一名，是因為在切斯－里維爾有胚植物系統(tǒng)中，整個有胚植物被處理為廣義的木賊綱（Equisetopsida），這個綱名用模式命名法命名，表明他們選擇了木賊目（Equisetales）作為有胚植物（以及狹義蕨類植物）的模式類群。[4]多識植物界系統(tǒng)雖然把有胚植物處理為門，但在選擇命名模式時仍然遵循切斯－里維爾系統(tǒng)的傳統(tǒng)，稱之為木賊門（Equisetophyta）；相應(yīng)地，現(xiàn)生維管植物處理為亞門，稱之為木賊亞門（Equisetophytina），而狹義蕨類植物也便使用了木賊綱（Equisetopsida）一名。在蕨類的屬上分類群名稱中，這是多識植物界系統(tǒng)與PPG I系統(tǒng)的唯一不同之處。
多識植物界系統(tǒng)把有胚植物處理為門，苔蘚的3個演化支和維管植物處理為亞門，廣義蕨類的2個演化支、現(xiàn)生裸子植物演化支和被子植物演化支處理為綱，是綜覽了最新的苔蘚、蕨類、現(xiàn)生裸子植物和被子植物分類系統(tǒng)之后提出的兼容性方案。苔蘚學(xué)界習(xí)慣把有胚植物處理為亞界，苔蘚的3個演化支處理為門，并在門下設(shè)立多個綱和亞綱。如果把苔蘚的3個演化支處理為較低的綱級，則苔蘚學(xué)界習(xí)慣的綱和亞綱也都要相應(yīng)降級，這樣的新系統(tǒng)顯然很難讓苔蘚學(xué)界接受。相比之下，PPG I系統(tǒng)規(guī)定廣義蕨類的最高等級為綱，克里斯滕許斯裸子植物系統(tǒng)規(guī)定現(xiàn)生裸子植物的最高等級為亞綱，APG IV系統(tǒng)把被子植物作為無等級的演化支，其下的最高等級為目，相較苔蘚分類系統(tǒng)可以容易地和多種植物界大系統(tǒng)（無論把有胚植物處理為門還是亞門）對接。不僅如此，把有胚植物處理為門之后，維管植物這個重要的演化支就可以明確指定到亞門級，與苔蘚的3個演化支并列?？傊?，現(xiàn)行多識植物界系統(tǒng)既遵循了單系原則，又不致過于偏離傳統(tǒng)分類系統(tǒng)，便于應(yīng)用和教學(xué)，是綜合多方面考慮之后較為理想的方案。
在以上敘述的多識植物界系統(tǒng)中，隱藻亞界有4門5綱；紅藻亞界有2門8綱；灰藻亞界有1門1綱。綠色植物亞界有2總門，其中綠藻總門有1門10綱（及兩個未確定等級的演化支），輪藻總門有7門23綱（其中木賊亞門包括苔蘚類13綱和維管植物4綱）。植物界共分15門47綱（及兩個未確定等級的演化支）。
在有胚植物中，苔蘚類的分子系統(tǒng)發(fā)育研究還很不充分，還沒有類似APG IV系統(tǒng)、克里斯藤許斯裸子植物系統(tǒng)或PPG I系統(tǒng)的分子系統(tǒng)。對于其中的3個亞門，只能綜合近年來發(fā)表的多項成果建立一個臨時的系統(tǒng)。
石松綱和木賊綱的分類基本遵照PPG I系統(tǒng)（但木賊綱沒有使用PPG I系統(tǒng)的“水龍骨綱”一名）；石松綱包含1亞綱3目3科，木賊綱包含3亞綱11目48科，合計4亞綱14目51科。
松綱的分類完全遵照克里斯滕許斯裸子植物系統(tǒng)，包含4亞綱8目12科。
木蘭綱（被子植物）的分類，在目級上完全遵照APG IV系統(tǒng)，在科級上基本遵照APG IV系統(tǒng)，但唇形目新增了盾藥花科[15]，置于荷包花科之前；檀香目的鐵青樹科則分拆為7個科。由于APG IV系統(tǒng)本身沒有目上等級，多識植物界系統(tǒng)決定不再使用APG III系統(tǒng)的超目分類，而根據(jù)新的研究成果重新劃分目上分類群。木蘭綱首先劃分為8個亞綱，即無油樟亞綱、睡蓮亞綱、木蘭藤亞綱、木蘭亞綱、金粟蘭亞綱、百合亞綱、金魚藻亞綱和薔薇亞綱，其中前7個亞綱各包含一個超目，百合亞綱（百合超目）即單子葉植物，薔薇亞綱相當(dāng)于真雙子葉植物演化支。除了作為被子植物基部群的前3個亞綱外，后5個亞綱雖然可以組成支持率比較高的演化支，但它們彼此之間的拓?fù)潢P(guān)系還不清楚，APG IV系統(tǒng)采納的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系只是其中的一種。
薔薇亞綱之下再劃分為8個超目，即毛茛超目、山龍眼超目、昆欄樹超目、黃楊超目、折扇葉超目、五椏果超目、薔薇超目和菊超目。與APG III系統(tǒng)的超目相比，薔薇超目合并了虎耳草超目，相當(dāng)于APG IV系統(tǒng)中的超薔薇類演化支；菊超目合并了紅珊藤超目、檀香超目和石竹超目，相當(dāng)于APG IV系統(tǒng)中的超菊類演化支。通過亞綱和超目兩個等級的劃分，被子植物的目得到了更有層次感的排列。整個木蘭綱共包含8亞綱15超目64目423科。
綜上所述，在多識植物界系統(tǒng)中，現(xiàn)生種子植物共有12亞綱72目435科；現(xiàn)生維管植物共有16亞綱86目486科。
