伊斯蘭教文化的擴張一度到達歐洲的巴爾乾半島和西班牙，向東一直進入亞洲，只是遇到印度文化的阻礙，不得不分為兩路，向南經馬來亞、印尼直到太平洋盡頭菲律賓的蘇祿島，向北經中亞進入中國．
東南亞地區(qū)由于占著連接中國、印度、波斯、阿拉伯和羅馬帝國之間的海上通道，因此國際貿易自古很興盛。 伊斯蘭教傳人東南亞之前，這里的居民除了保留當地的原始宗教以外，主要信奉佛教和印度教，受印度文化影響很深，所以史家稱這一時期的歷史為“印度文化時期”。在南洋群島，曾相繼出現過幾個印度教和佛教王國，其中最主要的有：7～13世紀建立于南蘇門答臘的室利佛逝王國；13—16世紀建于爪哇島東部的麻諾巴歇王國。該王國全盛時期的版圖大致相當于今日印度尼西亞和馬來西亞的總和。
伊斯蘭教最早傳人東南亞是在7～8世紀之間。從第三任正統(tǒng)哈里發(fā)奧斯曼時代開始，歷經倭馬亞時代和阿拔斯時代，歷代哈里發(fā)國家與中國建立了貿易關系，馬六甲海峽是東西商船過往之地，在沿岸蘇門答臘和馬來半島各港口停船靠岸，補充食物和淡水，等待季風的到來，乃是常有的事。后來，為了商業(yè)的便利，一些穆斯林在沿海港口定居下來，與當地的婦女通婚，并建造小規(guī)模的清真寺，逐步形成早期的穆斯林社團。8世紀之后，在北蘇門答臘沿海地區(qū)已有大批穆斯林商人定居，形成許多商業(yè)城邦或商業(yè)中心，如霹靂(864年)、巴賽(1042年)、亞齊(1065年)、塔米亞(1184年)。
到13世紀初，伊斯蘭教已廣泛傳播于蘇門答臘西北部和北部沿海地區(qū)。1292年意大利旅行家馬可·波羅自中國歸國途中，經過蘇門答臘，發(fā)現霹靂是座穆斯林城（《馬可·波羅游記》福建科學技術出版社，1981年版，第208頁）。前述的穆斯林旅行家伊本·拔圖塔于1345～1346年途經蘇門答臘到中國旅行時，也記述了伊斯蘭教在蘇門答臘興盛的情況。
隨著商業(yè)的發(fā)展和沿海商業(yè)城市的日益繁榮，開始出現幅員更廣闊的伊斯蘭國家。馬歡在《瀛涯勝覽》中記述了中國明朝大將鄭和下西洋時在蘇門答臘的見聞，稱當時在蘇門答臘東北沿海的巨港、西部的蘇門答臘城、西北部亞齊地區(qū)的南淳里、那孤兒、黎代等地“國王國人皆回回人(穆斯林)”。由此可知，自13世紀起，伊斯蘭教在蘇門答臘西北部地區(qū)已經牢固地建立統(tǒng)治。自此以后，通過經商、通婚、移民、傳教等方式，伊斯蘭教逐步深入到中部和南部地區(qū)，最終成為該地區(qū)的主要宗教。
從14世紀開始，伊斯蘭教在馬來半島大規(guī)模傳播開來。不久，海上強國馬六甲興起，控制了馬六甲海峽貿易。15世紀中葉，馬六甲王國征服海峽兩側地區(qū)，到1480年，控制了馬來半島南部所有人口稠密區(qū)和蘇門答臘沿海地區(qū)。原來統(tǒng)治馬六甲的佛教、印度教封建上層眼看伊斯蘭教的發(fā)展是大趨勢，便紛紛改宗伊斯蘭教。國王帕拉米斯瓦拉(1390～1413年在位)便是其中之一，他改奉伊斯蘭教以后，取名伊斯坎達爾·賽亞赫。國王的改宗，帶動了大批的臣民，他的繼承人均為穆斯林。至此，馬來半島基本上實現了伊斯蘭化。
與此同時，伊斯蘭教也傳到了爪哇島。早在14世紀下半葉，在滿者伯夷的王室成員和爪哇貴族中就有人信奉伊斯蘭教。在爪哇北部的沿海地區(qū)，伊斯蘭教早在13世紀就開始傳人。傳人者先是穆斯林商人，然后是那些“烏里瑪”(學者)和蘇菲派人士。據說在爪哇島傳播伊斯蘭教最著名的圣徒有馬立克·易卜拉欣(?～1419年)等9人，在印尼民間傳說中稱為“九大賢哲”。伊斯蘭教首先在港口城鎮(zhèn)，進而在爪哇島內陸迅速傳播開來，穆斯林的力量日益壯大，相繼建立了獨立的政權。其中沿海的穆斯林王國淡目勢力日益強大，1478年，它征服信奉佛教的麻諾巴歇(又譯麻喏巴喝)王國的相當一部分領土。到15世紀末，麻諾巴歇王國已衰落成一個小王國，在它原來的版圖內，信奉了伊斯蘭教的地方長官一個個宣告獨立。1575年，蘇托威吉約(?～1601年)統(tǒng)一這一地區(qū)，建立伊斯蘭教馬打蘭王國(1582～1755年)，麻諾巴歇王國的殘余勢力最終也被肅清。馬打蘭王國統(tǒng)治著東爪哇和中爪哇，于1639年滅亡東爪哇最東端信奉印度教的巴蘭巴安。在此之前，信奉伊斯蘭教的萬丹王國已滅亡了西爪哇的印度教國家巴查查蘭。至此，爪哇島已基本上實現伊斯蘭化。
馬魯古群島因盛產香料，很早以前就同爪哇，蘇門答臘、馬來半島、印度等地的商人建立聯(lián)系，率先皈依伊斯蘭教的爪哇商人和馬來商人大約在1440年前后將伊斯蘭教傳人馬魯古群島，隨后，相繼建立起干那底、帝多利、巴贊、查伊洛洛等幾個小王國。加里曼丹島西北海岸伊斯蘭教的傳人，主要應歸功于馬六甲商人。1511年，馬六甲被葡萄牙殖民者占領后，不少商人移民加里曼丹，后來隨著穆斯林力量的壯大，建立起了一個渤泥王國。1550年，一批來自蘇門答臘巨港的烏里瑪(學者)將伊斯蘭教傳人加里曼丹西部的蘇加達納王國，該王國原來信奉印度教，40年后，第二代國王古里·庫蘇瑪改奉伊斯蘭教，臣民信者日眾。1725年，這個王國被荷蘭占領。
伊斯蘭教傳人蘇拉威西的時間較晚。1540年，葡萄牙殖民者占領該島，13世紀伊斯蘭教從周圍各島傳人，歷史上曾建立望加錫、布吉斯等伊斯蘭教國家。
由上可知，東南亞地區(qū)原先是佛教、印度教和原始宗教流行的地區(qū)，后來經過穆斯林商人、烏里瑪(學者)等的努力，才使該地區(qū)基本實現伊斯蘭化。16世紀以后，西方殖民主義者侵入，該地區(qū)相繼淪為殖民地，西方基督教傳教士以軍事、經濟實力為依托，大力傳播基督教和西方文化，進行文化殖民。該地區(qū)的穆斯林為抗擊侵略者進行了長期的斗爭，終于在第二次世界大戰(zhàn)之后取得勝利，建立起獨立的伊斯蘭國家——馬來西亞和印度尼西亞共和國。
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