上周五，我對友人說，十年后，基于Markdown+R的科技寫作方式將有較大概率成為主流。而這一切，少不了來自一位友人的重要開源貢獻。他給這條生態(tài)鏈補上了最重要的一環(huán)。他，就是yihui。
好了，觀點擺出來了，趨勢來臨之際，人人覺得與自己沒有關系?，F(xiàn)在，讓我講清楚，Markdown+R與你可能有什么關系。小文結構如下：
寫作一般而言，會碰到這么一些難題：
從2009年開始，我拋棄Word寫作，幾年來，幾本書、十萬字以上的長文檔，幾乎只是用Word在最后做個轉(zhuǎn)換與掃尾工作。剛開始是使用google doc，然后當Markdown出現(xiàn)在視線之中后，毫不猶豫轉(zhuǎn)到它上面來了。
它實際上是個非常簡單、非常容易學習的語法。這個語法簡單到每個人都可以在5分鐘以內(nèi)學會。應該是為數(shù)不多，你真的可以徹底學會的語言。
更重要的是，Markdown語法所有要素，是與寫作的習慣一脈相承的，套用句俗語：僅為寫作而生。比如：
習慣是人生最大的指導。
一切就這么簡單。Markdown之所以在被鼓吹之后，越來越流行，不是因為它復雜，而是因為它足夠簡單。
Markdown誕生于互聯(lián)網(wǎng)時代，更是由深諳互聯(lián)網(wǎng)文本之道的John Gruber等人設計。因為Ruby與github圈的極客們的熱捧，以及來自github、Stackoverflow等的大力支持。從一開始，就建立一個完整的生態(tài)鏈。我們可以粗略看看，Markdown如何解決這些難題的。感興趣的朋友可以去讀我的老文：理想的寫作環(huán)境：git+github+markdown+jekyll
Word共享難？我的所有文檔都放在github或者其他支持git版本跟蹤服務的服務器上。所以，可以極其方便的共享文檔寫作過程。看看，最近在與豆瓣友鄰協(xié)作的一本書的截圖：
可以清晰地看到，我的所有寫作過程，github都可以自動記錄下來，從而不再擔心寫廢。另一位豆瓣友鄰的任何改動、編輯的修訂意見，大家都可以實時完成，也具備歷史跟蹤與版本查找功能。
在用Word寫作的時候，經(jīng)常浪費大量時間去思考排版，但是因為Markdown足夠簡單，你無法思考排版，也沒必要思考，所以，逼自己集中精力寫作。Markdown語法因為格式足夠簡單，所以，導致開發(fā)者非常容易生成漂亮的版式，一切既有的CSS都可以簡單修改之后套用，如：css 1 、css 2
這是我在寫的一篇長篇科普文章。大家可以看到，我左邊寫，右邊就是非常漂亮的稿件出來了。同樣，值得驕傲的是，這個寫作軟件，在世界范圍，廣受好評的Mou，也是另一位國人Chen Luo開發(fā)的:D 我們?yōu)檫@個時代，類似于yihui與Chen Luo,這批安靜的創(chuàng)作者而驕傲。
如果你是純文科生，寫的都是豆瓣小酸文或者詩歌之類的，那么，看完上面這一部分就可以打住了。如果你還有寫科技論文的需要，則繼續(xù)往下看。
科技寫作與文藝寫作的不同主要有：
解決這些難題，LaTeX是國際科學界，尤其是偏數(shù)理類的學科的主流方案之一。當然，因為中國盜版office的流行，導致國內(nèi)科技論文Word更盛行，則是另一碼事。Word因為近些年在參考文獻協(xié)作軟件、數(shù)學公式方面的發(fā)力，也逐步成為科技界認同的論文投遞標準之一。
提到LaTeX的人們，常常有兩種口氣。一種是當做大神來敬仰的，當語言、軟件變?yōu)閭髌?，路人皆知它的誕生歷史時，于是，眾多如你我這類文科生，只有抬頭仰望的份了。另一類，則是不屑的口氣，LaTeX那么好學，你怎么都學不會！國際期刊都是用這個寫的，你別混了。。。
于是，我等文科生只好在被鄙視的眼光之下，快快走過LaTeX。。。但是，LaTeX真的符合人們寫作習慣嗎？請記住當時的歷史。那時的計算機，所見即所得，并不像今天這么流行。那時的計算機，處理能力也不像今天這么強大。更別提什么腳本語言了。翻出上一份LaTeX文檔所用的APA模版，大家就知道它有多么坑爹了。。。
使用Lyx，好看多了。問題是，它有坑嗎？你跳過嗎？
每位試圖解決LaTeX的不便，又試圖保留它的優(yōu)點的人們，都走上了一條不歸路。
直到有一天，極其熟悉LaTeX，也熟悉Markdown的yihui同學，意識到了，LaTeX它可以作為最終格式生成。但是，我們中間的寫作過程，完全可以用Markdown這么簡單明了的語法來寫，我們真正需要的，就是一堆數(shù)學公式、圖表與參考文獻而已。前2者，恰恰是R的強項。后者，則留給開源社區(qū)，下一步解決。（可參考線索1、線索2、線索 3 )
于是，在他的新作R包knitr中，果斷提供了Markdown支持。并說服R社區(qū)主流編輯器廠家，開源軟件RStudio 提供 Markdown支持，從而使得Rmd這種新格式開始流行。我們有幸看到這個重要格式的誕生，國人的貢獻如此重要。
Rmd 格式更詳細的描述，讀 yihui 的文檔：自動化報告
在這里，讓我簡單說明，如何最快上手Rmd格式。
下載 RStudio 之后，打開配置選項，如下圖所示：
然后，進行如下配置：
新建一個Rmd文檔，如下圖所示：
然后，默認會出來一些內(nèi)容。如果你對Markdown語法有不熟悉的地方，點擊MD按鈕。寫完之后，直接點擊： Knit HTML 按鈕即可發(fā)布。MD按鈕與Knit Html按鈕的位置如下圖所示：
就會預覽成功。你也可以點擊保存，生成相應的圖片、Markdown文檔。
是的，你要的一切圖片都有了！這就是 yihui 所推崇的 文學性編程、可重復研究概念的神奇。
更重要的是，還保留了對LaTeX的無縫兼容。比如，大家可以敲下這段文字：
## The Normal DistributionThe normal distribution is defined as follows:$$latexf(x;\mu,\sigma^2) = \frac{1}{\sigma\sqrt{2\pi}} e^{ -\frac{1}{2}\left(\frac{x-\mu}{\sigma}\right)^2 }$$To generate random draws from a normal distribution we use the **rnorm** function:```{r block1}output <- rnorm(1000, 100, 15);```The normal distribution has the typical bell shape:```{r block2, fig.width=8, fig.height=5}ggplot2::qplot(output)```其中，這一段，
$$latexf(x;\mu,\sigma^2) = \frac{1}{\sigma\sqrt{2\pi}} e^{ -\frac{1}{2}\left(\frac{x-\mu}{\sigma}\right)^2 }$$就是直接生成LaTeX格式的數(shù)學公式！
沒有安裝RStudio，或者不熟悉R的朋友，可以在我搭建的一個在線演示APP里面，將上述代碼，粘貼上去，然后看看神奇的效果！
網(wǎng)址是：R Markdown App 效果如下圖所示：
讓我細數(shù)一下：
發(fā)表論文或者審核同事的報告，有個最麻煩的事情，你不知道他的步驟或者計算是否有誤?，F(xiàn)在，代碼嵌在報告正文中，或者附錄在報告末尾。而你，要做的，僅僅是一鍵生成。。。 這就是真正意義上的可重復性研究！
既兼容了LaTeX的既有能力，同時，又廣泛借助于R自身強大的作圖與統(tǒng)計學習能力。
更重要的是，未來，并不是非要用R語言作圖。yihui 同學在前文中的描述已經(jīng)極其清楚了。
真正意義上的云計算，尤其是類似于我們這樣，中小企業(yè)、小型實驗室實戰(zhàn)使用的小型云計算，不同于各類忽悠的云計算。Markdown+R這種方式是最佳方式之一。上述例子中提到的那個APP，就是搭建在云中。同時提供各類REST接口，可以被Ruby程序調(diào)用。
點這里：Pandoc
還有不少有趣的玩法，如Building a beamer presentation with knitr.
好了，回到大家最關心的部分。分成兩部分，先是如何學習Markdown，其次是如何學習R。
文藝青年看這里，
可以看這里：如何學習科學：開放科學工具箱
點擊 RAW 即可看到原始格式。這是一個長文檔的示范。另一個示范是作者寫的一個在線DEMO：
