問(wèn)題一：跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)，如何辦理企業(yè)所得稅優(yōu)惠備案？
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項(xiàng)辦理辦法》的公告》(國(guó)家稅務(wù)總局公告2015年第76號(hào))規(guī)定：“第十四條 跨地區(qū)(省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)(以下簡(jiǎn)稱(chēng)匯總納稅企業(yè))的優(yōu)惠事項(xiàng)，按以下情況辦理：
(一)分支機(jī)構(gòu)享受所得減免、研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除、安置殘疾人員、促進(jìn)就業(yè)、部分區(qū)域性稅收優(yōu)惠(西部大開(kāi)發(fā)、經(jīng)濟(jì)特區(qū)、上海浦東新區(qū)、深圳前海、廣東橫琴、福建平潭)，以及購(gòu)置環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水、安全生產(chǎn)等專(zhuān)用設(shè)備投資抵免稅額優(yōu)惠，由二級(jí)分支機(jī)構(gòu)向其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案。其他優(yōu)惠事項(xiàng)由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一備案。
(二)總機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)匯總所屬二級(jí)分支機(jī)構(gòu)已備案優(yōu)惠事項(xiàng)，填寫(xiě)《匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)已備案優(yōu)惠事項(xiàng)清單》(見(jiàn)附件3)，隨同企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表一并報(bào)送其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。
同一省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)的匯總納稅企業(yè)優(yōu)惠事項(xiàng)的備案管理，由省稅務(wù)機(jī)關(guān)確定。
......
第二十一條 本辦法施行前已經(jīng)履行審批、審核或者備案程序的定期減免稅，不再重新備案。
第二十二條 本辦法適用于2015年及以后年度企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項(xiàng)辦理工作。”
問(wèn)題二：連鎖經(jīng)營(yíng)企業(yè)增值稅納稅地點(diǎn)是如何規(guī)定的？
根據(jù)《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于連鎖經(jīng)營(yíng)企業(yè)增值稅納稅地點(diǎn)問(wèn)題的通知》 (財(cái)稅字〔1997〕97號(hào))規(guī)定：“一、對(duì)跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)的直營(yíng)連鎖企業(yè),即連鎖店的門(mén)店均由總部全資或控股開(kāi)設(shè),在總部領(lǐng)導(dǎo)下統(tǒng)一經(jīng)營(yíng)的連鎖企業(yè),凡按照國(guó)內(nèi)貿(mào)易部《連鎖店經(jīng)營(yíng)管理規(guī)范意見(jiàn)》(內(nèi)貿(mào)政體法字〔1997〕第24號(hào))的要求,采取微機(jī)聯(lián)網(wǎng),實(shí)行統(tǒng)一采購(gòu)配送商品,統(tǒng)一核算,統(tǒng)一規(guī)范化管理和經(jīng)營(yíng),并符合以下條件的,可對(duì)總店和分店實(shí)行由總店向其所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)統(tǒng)一申報(bào)繳納增值稅：
1.在直轄市范圍內(nèi)連鎖經(jīng)營(yíng)的企業(yè),報(bào)經(jīng)直轄市國(guó)家稅務(wù)局會(huì)同市財(cái)政局審批同意；
2.在計(jì)劃單列市范圍內(nèi)連鎖經(jīng)營(yíng)的企業(yè),報(bào)經(jīng)計(jì)劃單列市國(guó)家稅務(wù)局會(huì)同市財(cái)政局審批同意；
3.在省(自治區(qū))范圍內(nèi)連鎖經(jīng)營(yíng)的企業(yè),報(bào)經(jīng)省(自治區(qū))國(guó)家稅務(wù)局會(huì)同省財(cái)政廳審批同意；
4.在同一縣(市)范圍內(nèi)連鎖經(jīng)營(yíng)的企業(yè),報(bào)經(jīng)縣(市)國(guó)家稅務(wù)局會(huì)同縣(市)財(cái)政局審批同意。
二、連鎖企業(yè)實(shí)行由總店向總店所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)統(tǒng)一繳納增值稅后,財(cái)政部門(mén)應(yīng)研究采取妥善辦法,保證分店所在地的財(cái)政利益在納稅地點(diǎn)變化后不受影響涉及省內(nèi)陸、市間利益轉(zhuǎn)移的,由省級(jí)財(cái)政部門(mén)確定；涉及地、市內(nèi)縣(市)間利益轉(zhuǎn)移的,由地、市財(cái)政部門(mén)確定；縣(市)范圍內(nèi)的利益轉(zhuǎn)移,由縣(市)財(cái)政部門(mén)確定。
三、對(duì)自愿連鎖企業(yè),即連鎖店的門(mén)店均為獨(dú)立法人,各自的資產(chǎn)所有權(quán)不變的連鎖企業(yè)和特許連鎖企業(yè),即連鎖店的門(mén)店同總部簽訂合同,取得使用總部商標(biāo)、商號(hào)、經(jīng)營(yíng)技術(shù)及銷(xiāo)售總部開(kāi)發(fā)商品的特許權(quán)的連鎖企業(yè),其納稅地點(diǎn)不變,仍由各獨(dú)立核算門(mén)店分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅?！?/p>
問(wèn)題三：分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失，是由分支機(jī)構(gòu)還是由總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)扣除？
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》(國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào))第三十七條規(guī)定：“分支機(jī)構(gòu)的各項(xiàng)財(cái)產(chǎn)損失，應(yīng)由分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核并出具證明后，再由總機(jī)構(gòu)向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)扣除。”
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布<企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法>的公告》(國(guó)家稅務(wù)總局公告2011年第25號(hào))第十一條規(guī)定：“在中國(guó)境內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)的匯總納稅企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)損失，應(yīng)按以下規(guī)定申報(bào)扣除：
(一)總機(jī)構(gòu)及其分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失，除應(yīng)按專(zhuān)項(xiàng)申報(bào)和清單申報(bào)的有關(guān)規(guī)定，各自向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)申報(bào)外，各分支機(jī)構(gòu)同時(shí)還應(yīng)上報(bào)總機(jī)構(gòu)；
(二)總機(jī)構(gòu)對(duì)各分支機(jī)構(gòu)上報(bào)的資產(chǎn)損失，除稅務(wù)機(jī)關(guān)另有規(guī)定外，應(yīng)以清單申報(bào)的形式向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行申報(bào)；
(三)總機(jī)構(gòu)將跨地區(qū)分支機(jī)構(gòu)所屬資產(chǎn)捆綁打包轉(zhuǎn)讓所發(fā)生的資產(chǎn)損失，由總機(jī)構(gòu)向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行專(zhuān)項(xiàng)申報(bào)?！?/p>
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