文章來源于: sci
畢業(yè)答辯臨近,數(shù)據(jù)在手,但如何給數(shù)據(jù)弄出一個比較好的視覺呈現(xiàn),且操作比較簡單,也許是我們正需要的。
今天給大伙分享兩個數(shù)據(jù)可視化利器:ImageGP和EasyCharts。
一、在線制圖——ImageGP
這是由生信寶典團隊開發(fā)的在線繪圖工具,包括多種形式的熱圖、線圖、柱狀圖、箱線圖、泡泡圖、韋恩圖、進化樹、火山圖、生存分析等,這些都是基于R代碼或簡便封裝的R腳本,簡單,實用。即是人家已經把R代碼寫好了,就等你數(shù)據(jù)和設置了。
目前,需注冊賬戶,即可解封該網(wǎng)站的在線制圖功能。
網(wǎng)址:http://www.ehbio.com/ImageGP/
網(wǎng)站的整體視圖:
支持制作圖的完整列表:
1.支持的數(shù)據(jù)格式
官網(wǎng)顯示,支持的輸入數(shù)據(jù)格式有兩種:
一、Wide format。每一列對應著一個變量,可見下圖示例。
二、Long format。常見的基因表達矩陣一列為GeneID, 一列為Group,再一列 為value,分別對應著基因在對應樣品的表達量。
若對網(wǎng)站的輸入數(shù)據(jù)結構不太熟悉,讀者可結合網(wǎng)站給出的Demo默認輸入數(shù)據(jù),試下模仿其格式編輯自己的數(shù)據(jù),逐漸上手。注意表格類輸入數(shù)據(jù)要以tab分割。
2.制圖界面
如下圖,提供數(shù)據(jù)和必選參數(shù)就可提交了。如果想更多調整布局和增加元素,可在對應版塊針對性修改。
出圖后,成功繪出的圖片會顯示在頁面下方,并提供下載功能,可下載圖的PDF格式。此外,出圖后,可繼續(xù)調整參數(shù),以滿足需要。
鑒于篇幅有限,可制作的圖較多,但制作方法都比較簡便,故讀者們可以結合自身對圖的了解,以及網(wǎng)站給出的Demo數(shù)據(jù)和設置,可以慢慢探索和研究。
二、Excel輔助能手——EasyCharts
談到Excel,相信讀者都不會陌生,這個Microsoft家的強大數(shù)據(jù)處理軟件,數(shù)據(jù)處理能力異常強大,但其制作出來的圖表往往難以適用我們的學術用途,主要有三點:
1.配色難看;
2.圖中的背景、比例臃腫;
3.圖標出來后,后期需要調整的工作量也大;
為此,EasyCharts應運而生。它是EasyCharts團隊使用C#語言編寫的一款Excel插件,主要用于數(shù)據(jù)可視化與數(shù)據(jù)分析,目前是1.0版本。
功能如下:
1. 專業(yè)圖表風格的轉換
使用Excel繪制圖表后,選擇“背景風格”中的項目“R ggplot2”、“Python Seaborn”、“Matlab 2014”等圖表風格,自動實現(xiàn)圖表背景風格的設定與轉換,即把R、Python、MATLAB的圖表風格轉到Excel;
2. 適宜配色的轉換
使用Excel繪制圖表后,選擇“顏色主題”中的項目“R ggplot2 Set1”、“Python seaborn hsul”等顏色主題,可以實現(xiàn)R、Python顏色主題的自動轉換;
3. 數(shù)據(jù)分析的自動實現(xiàn)
使用“數(shù)據(jù)分析”命令可以實現(xiàn)頻率直方圖、核密度估計圖、相關系數(shù)矩陣圖、Loess數(shù)據(jù)平滑和Fourier數(shù)據(jù)平滑等數(shù)據(jù)的分析與圖表的自動繪制;
(安裝文件里面有極為詳細的數(shù)據(jù)示范)
4. Excel輔助工具的使用
“輔助工具”包括顏色拾取、數(shù)據(jù)小偷、色輪參考、圖表保存、截圖等功能,尤其是“數(shù)據(jù)小偷”可以通過讀入現(xiàn)有的柱形圖或曲線圖,自動或手動的方法,讀取并獲得圖表的原始數(shù)據(jù)。
關于程序的安裝,筆者也為各位準備好了。
1、安裝文件
后臺回復“EasyCharts”,獲取安裝包。
2、安裝方法
(安裝文件里面會有詳細的安裝教程和視頻、以及制圖的數(shù)據(jù)演示)
為此,筆者在這里,主要是帶大伙走下安裝流程。
下載安裝文件后,記得先點擊“EasyCharts插件下載和安裝說明”,它會帶領你走完整個安裝流程。
安裝教程也是比較明了。值得注意的一點,在安裝插件時:以管理員身份運行 “Excel圖表exe安裝包Excel圖表exe安裝包.exe”(可在安裝包的“屬性”中設置兼容性和“以管理員身份運行此程序”,永久解決)。
安裝插件插件成功后,然后,打開Excel,就會出現(xiàn)如下界面,點擊安裝就好。
安裝完成后,即可看到進入Excel后的界面,是這樣的。
使用這一塊,大伙可以結合安裝文件夾中的插件案例進行學習,操作也是比較簡單。
以上,就是筆者關于這兩款制圖工具的分享。