區(qū)別一：適用人群不一樣。
不定時工作制適用于下列條件之一的職工：（1）企業(yè)中的高級管理人員、外勤人員、推銷人員、部分值班人員和其他因工作無法按標(biāo)準(zhǔn)工作時間衡量的職工；
（2）企業(yè)中的長途運輸人員、出租汽車司機和鐵路、港口、倉庫的部分裝卸人員以及因工作性質(zhì)特殊，需機動作業(yè)的職工；
（3）其他因生產(chǎn)特點、工作特殊需要或職責(zé)范圍的關(guān)系，適合實行不定時工作制的職工。 詳細的各地方可能會略有不同，以當(dāng)?shù)匾?guī)定為準(zhǔn)。
綜合計算工時工作制適用于下列條件之一的職工：
（1）交通、鐵路、郵電、水運、航空、漁業(yè)等行業(yè)中因工作性質(zhì)特殊，需連續(xù)作業(yè)的職工；
（2）地質(zhì)及資源勘探、建筑、制鹽、制糖、旅游等受季節(jié)和自然條件限制的行業(yè)的部分職工；
（3）其他適合實行綜合計算工時工作制的職工。 詳細的各地方可能會略有不同，以當(dāng)?shù)匾?guī)定為準(zhǔn)。
區(qū)別二：工作時間上不一樣。
不定時工作制，何時上班、上班多長時間，沒有固定的、明確的時間；也許連哪天上班、哪天不上班也無法固定。 （可超過每周40小時）
綜合計算工時工作制，以周、月、季、年等為周期，綜合計算工作時間，但其平均日工作時間和平均周工作時間應(yīng)與法定標(biāo)準(zhǔn)工作時間基本相同。即可能某一段時間很忙，要連續(xù)上班沒得休息，但過后又可能沒事做很有空。 （平均每周一般不超過40小時）
區(qū)別三：加班工資的支付不一樣。
不定時工作制，如北京、江蘇等地，未寫明要支付任何加班工資；上海、深圳等地，則是法定節(jié)假日上班的支付300%加班工資。 詳細的以當(dāng)?shù)匾?guī)定為準(zhǔn)。
綜合計算工時工作制，如北京、上海、深圳、江蘇等地均是規(guī)定超過總標(biāo)準(zhǔn)工作時間的，支付平時加班（延長工作時間）的加班工資（即150%）；法定節(jié)假日工作的，按300%支付加班工資。 詳細的以當(dāng)?shù)匾?guī)定為準(zhǔn)。
