明太祖朱元璋（1368—1398年在位）雄才大略，但又多疑，權(quán)力欲望極強(qiáng)，甚么事都想自己操控。在長(zhǎng)期戰(zhàn)爭(zhēng)中，明太祖首先意識(shí)到元代行省的權(quán)力太大，容易造成分裂局面，所以建國(guó)后沒(méi)多久，就把地方一級(jí)的權(quán)限力分散，名字還沿用省，但與元代大不一樣。明初中央還仿照元代設(shè)中書(shū)省，中書(shū)省的丞相是一國(guó)行政最高長(zhǎng)官，朱元璋很不喜歡有這么一個(gè)比較集權(quán)的大官。初期任丞相的李善長(zhǎng)、徐達(dá)等人與朱元璋矛盾還不大，到了胡惟庸當(dāng)丞相時(shí)，由于他在中書(shū)省任職的時(shí)間長(zhǎng)，大權(quán)獨(dú)攬，不少功臣都聚集到胡惟庸門(mén)下，令朱元璋十分不滿。洪武十三年（1380年），朱元璋以擅權(quán)枉法的罪名殺了胡惟庸，又趁此機(jī)會(huì)取消了中書(shū)省，并立下法度，以后不許再設(shè)丞相一職，中國(guó)宰相制度至此完全消亡。從本質(zhì)上說(shuō)，這是「皇權(quán)」與「相權(quán)」的一場(chǎng)斗爭(zhēng)。
明代時(shí)「六部」直屬皇帝。吏、禮、兵、工四部，各按業(yè)務(wù)性質(zhì)分設(shè)「四個(gè)司」。戶部和刑部按13個(gè)布政司轄區(qū)，各設(shè)13個(gè)司，分別掌管各分省，以及分管「兩直隸」等地相關(guān)事務(wù)。每部正副長(zhǎng)官為尚書(shū)、侍郎，各司以郎中、員外郎負(fù)責(zé)工作。吏、戶、禮、工四部職掌與前代類似。兵部與五軍都督府分管軍政。遇重大案件，刑部要與都察院和大理寺共同處理，稱「三法司制度」。刑部審理，都察院糾察，大理寺復(fù)審，有時(shí)還會(huì)由其他官員會(huì)同「三法司」共同審核判案。另有一種由錦衣衞控制的特別刑庭「詔獄」，主要用于處置被皇帝認(rèn)為有罪的大臣?！冈t獄」殺人至慘，其審案司法，「三法司」一般無(wú)權(quán)過(guò)問(wèn)。除「六部」外，中央機(jī)構(gòu)還有「都察院」管監(jiān)察，長(zhǎng)官為都御史；「通政院」掌出納帝命、通達(dá)下情，并接受臣民申訴等，長(zhǎng)官為通政使；「大理寺」復(fù)審大案，長(zhǎng)官為卿等。這些機(jī)構(gòu)加上六部，合稱「六部都通大」，長(zhǎng)官合稱「九卿」。
由于缺少了宰相，皇帝一人難以應(yīng)付局面，不得不另找輔佐，終于在永樂(lè)年間（1403—1424年）設(shè)立了內(nèi)閣，入閣者稱「大學(xué)士」，他們的職務(wù)是「票擬」，即事先擬好皇帝御批的稿本，供皇帝參考。內(nèi)閣實(shí)際上只是皇帝的秘書(shū)班子，不能參與政務(wù)。明中葉以后，大學(xué)士中主持閣務(wù)者稱「首輔」，其余稱次輔、群輔。萬(wàn)歷（1573—1619年）以后，內(nèi)閣之權(quán)又多為宦官制約。明代以行酷刑著稱，一度出現(xiàn)「不敢做官」的現(xiàn)象。君主專制權(quán)力達(dá)到極致，即使是弄權(quán)的宦官，皇帝要收拾他們也極為容易，這一點(diǎn)與漢唐大不相同。
朱元璋不僅殺功臣宿將，他對(duì)貪官污吏也恨之入骨，于是采取了種種嚴(yán)酷的刑罰，有凌遲、梟首、稱竿、抽腸、挑筋、閹割等，甚至把貪官的皮剝下來(lái)，中間塞滿草，掛在衙門(mén)廳堂之上，叫做「剝皮實(shí)草」，以警告后任的官員。朱元璋殺人如麻，有些官員只好裝瘋扮傻，但朱元璋有很多特務(wù)，一旦刺探出官員是假扮瘋癲，腦袋就很可能要搬家了。朱元璋想要哪個(gè)人做官，要是拒絕，也有生命危險(xiǎn)。所以官員整天提心吊膽，很多上朝官早晨出門(mén)之前，就和家人訣別，囑咐后事，要是竟能活著回來(lái)，就闔家慶賀，僥幸自己又多活了一天。
凌遲、梟首、稱竿是明朝施行的種種酷刑。凌遲的行刑方法是將犯人的肉一片片割下，直至犯人死去為止；梟首是將犯人斬首并將其人頭掛起示眾；稱竿是將犯人懸在竿上，另一頭掛石頭以平衡。
明代地方建制簡(jiǎn)化為三級(jí)。除南北「兩直隸」外，全國(guó)設(shè)13個(gè)「承宣布政使司」。每個(gè)承宣布政使司設(shè)「布政使司」、「按察使司」和「都指揮使司」三個(gè)衙門(mén)，叫作「三司」?！覆颊顾尽拐乒苊裾拓?cái)政，設(shè)左右布政使各1員，屬官左右參政各1員，左右參議各1員?！柑嵝贪床焖尽拐乒苄谭ê捅O(jiān)察，設(shè)按察使1員，副使2員，僉事則無(wú)限定人數(shù)；「都指揮使司」掌軍政，分別對(duì)五軍都督府和兵部負(fù)責(zé)，設(shè)都指揮使1員，同知2員，僉事4員。承宣布政使司下為府，設(shè)知府，知府下有同知、通判輔佐，還有推官管司法。府以下為縣，置知縣，副職有縣丞等。另有州，分兩等，一為「直隸州」，直隸于布政使司，與府平等；一為「散州」，隸屬于府，與縣平等。州設(shè)知州，屬官有同知等。省級(jí)行政單位，「三司」分立，互不統(tǒng)屬，在加強(qiáng)中央集權(quán)的同時(shí)，也暴露出事權(quán)不一、運(yùn)轉(zhuǎn)不靈的弊端。
因此從明中期起，不時(shí)派巡撫到各省協(xié)調(diào)工作，處理大事。另外，明中后期還向地方派駐掌管幾個(gè)省相關(guān)事務(wù)的總督，可以節(jié)制巡撫和地方三司?？偠?、巡撫雖然有實(shí)際行政之權(quán)，但終明一朝，仍然屬差遣性質(zhì)，還沒(méi)有完全成為一級(jí)地方官員。除總督、巡撫外，還有經(jīng)略、督師等朝廷臨時(shí)派出的官員到地方處理軍民事務(wù)，熊廷弼與袁崇煥分別任過(guò)遼東經(jīng)略和督師。
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