2018年9月28日上午11時，一架美國F-35B于南卡羅來納州進行飛行訓練時，因不明原因墜毀，該機型也成為F35系列戰(zhàn)機研發(fā)到量產(chǎn)飛行以來首架墜毀事故（Class A mishap）。美國政府問責署近日提交正式的調(diào)查報告，顯示該次事故之因，源自于機身內(nèi)的燃油管線因制造瑕疵而破裂，導致加油量不足而讓發(fā)動機失去動力，進而引發(fā)后來的悲劇。經(jīng)調(diào)查后約有117架F-35B使用了同型燃油管線，目前已進行全面更換作業(yè)。
2019年4月9日，一架日本航空自衛(wèi)隊F-35A于三澤基地起飛，進行夜間訓練，后從雷達上消失，于青森縣外海墜毀，已發(fā)現(xiàn)部分尾翼殘骸。41歲飛行員細見彰里（三等空佐，等同少校）失蹤，這一次則是F-35A首度失事。5月3日，協(xié)助航空自衛(wèi)隊搜尋的日本海洋研究開發(fā)機構(gòu)（JAMSTEC）解明號海洋調(diào)查船的探測、定位技術(shù)支援下，美國第7艦隊租用的商業(yè)深海潛水支援船梵高號（DSCV Van Gogh）已于東北青森三澤基地以東約135千米、水深約1500米深海中，尋獲失事F-35A戰(zhàn)機的部分殘骸，包括座艙罩碎片及飛航記錄器的一部分等部分零件，不過由于損壞過于嚴重，飛航記錄器的資料儲存裝置仍下落不明，無法進一步分析事故發(fā)生原因。
5月7日已在海底深處尋獲戰(zhàn)機的飛行記錄器（黑盒子）等部分零件。6月7日失事海域?qū)か@飛行員部分遺骸，確定死亡; 航空自衛(wèi)隊官方估計這場事故的原因很可能是該戰(zhàn)機在低空飛行時，不慎高速撞擊海面導致事故。
2019年5月12日，美國海軍陸戰(zhàn)隊第一航空飛機聯(lián)隊發(fā)言人埃里克弗拉納根少校證實，2019年5月7日星期二部署在日本巖國基地的一架美國海軍陸戰(zhàn)隊第一航空飛機聯(lián)隊12號F-35B戰(zhàn)斗機，因鳥類撞擊被迫中止起飛。造成發(fā)動機嚴重損壞，部分機體隱形涂層出現(xiàn)問題。初步估計，這起鳥撞事故可能造成200萬美元或以上的損失，并將此事件列為“甲級事故”，事件無任何人員受傷，戰(zhàn)機順利返回跑道，待修復。
2020年5月19日晚上9點30分，一架隸屬于美國空軍第58戰(zhàn)機中隊的F-35A戰(zhàn)機在埃格林空軍基地降落時不慎墜毀，飛行員成功彈射逃生，已被救起送醫(yī)。
2020年9月29日下午4時，一架隸屬美軍陸戰(zhàn)隊F-35B與空中加油機KC-130J碰撞。五角大廈官員證實，在加州埃爾森特羅海軍航空站（Naval Air Facility El Centro）附近墜毀，飛行員跳傘逃生成功。遭撞擊的KC-130J在一處農(nóng)田成功迫降，全體機組員無事。
2021年11月17日，英國皇家海軍航空母艦伊利沙伯女王號一架F35B隱身戰(zhàn)機在地中海失事，機師彈射逃生并返回艦上。因海軍人員看到一塊“紅布”飄在母艦附近，推測是地勤人員未拆除遮雨罩，布條被卷入引擎內(nèi)，造成墜機。
2022年1月4日韓國標準時間下午12:51（格林尼治標準時間 03:51），發(fā)生在首爾以南的瑞山空軍基地，一架屬于韓國大韓民國空軍的F-35A，在不明原因造成除了飛行控制系統(tǒng)與發(fā)動機可正常運作外，機上其他電子系統(tǒng)全數(shù)失靈，無法放下起落架，飛行員為了保全戰(zhàn)機，決定放棄彈射逃生，冒險迫降，最終著陸成功。
2022年1月24日，美國海軍卡爾文森號航空母艦（CVN-70）在南海進行例行飛行操作時，一架隸屬于第2艦載機聯(lián)隊（CVW-2）第147戰(zhàn)斗攻擊機中隊（VFA-147）的F-35C著陸時尾部撞擊飛行甲板，戰(zhàn)斗機起火在跑道上滑行并墜海。飛行員彈射逃生，由直升機營救，飛行員情況穩(wěn)定。此事件波及甲板上工作人員，造成共7名海軍官兵受傷，三人在接受了船上醫(yī)務人員的治療后，被送往位于馬尼拉的醫(yī)院，被評估為狀況穩(wěn)定; 其余四人在船上接受治療，三人經(jīng)醫(yī)療后被評估為狀況穩(wěn)定，現(xiàn)已離開醫(yī)療所。[205][206]3月2日，海洋體系司令部（NAVSEA）利用CURV-21遙控潛水器把戰(zhàn)斗機殘骸從12,400尺深的海底打撈上來，并運到附近的軍事基地作進一步調(diào)查。
2022年7月，F(xiàn)-35飛機被檢測出彈射座椅故障，美國暫停了整個F-35機隊的飛行，以色列也將該系列飛機停飛了一段時間。
2022年10月19日當?shù)貢r間下午6時15分, 位于美國猶他州鹽湖城(Salt Lake City)附近希爾空軍基地(Hill Air Force Base)的美國空軍第388聯(lián)隊(388th Fighter Wing)在推特上發(fā)布消息，一架F-35A在基地跑道最北方末端墜毀，飛行員彈射逃生，目前事故原因不明, 飛行員及時彈射逃生，已轉(zhuǎn)送當?shù)蒯t(yī)療中心進行治療
2022年12月1日，一架美軍海軍陸戰(zhàn)隊F-35B戰(zhàn)機在嘉手納空軍基地降落后被牽引時鼻輪故障斷裂，機頭觸地。
2022年12月15日美軍1架F-35B戰(zhàn)斗機，在得州沃思堡海空軍聯(lián)合預備基地準備垂直降落，重落地后，起落架著往上彈了一下后斷裂，機頭直接觸地，接著機身開始以翼尖觸地的姿勢, 旋轉(zhuǎn)并冒出白煙, 飛行員緊急跳傘成功。12月25日，以色列國防軍決定停飛其11架F-35A戰(zhàn)斗機。12月28日，美國國防部F-35聯(lián)合計劃辦公室決定將一些風險系數(shù)較高的F-35至少停飛至2023年1月。
