神華鐵路主要以外運神華自產(chǎn)煤為主，適當(dāng)兼顧地方運量，現(xiàn)擁有包神鐵路公司、神朔鐵路分公司、朔黃鐵路公司、準(zhǔn)能大準(zhǔn)鐵路公司、鐵路貨車分公司、神華軌道維護分公司、甘泉鐵路、新準(zhǔn)鐵路、準(zhǔn)池鐵路等9個骨干企業(yè)。截至2012年底，包神鐵路192公里、神朔鐵路270公里、朔黃鐵路（含黃萬鐵路）662公里、大準(zhǔn)鐵路（含點南支線等）306公里，甘泉鐵路335公里，營業(yè)里程共計1765公里。擁有鐵路貨車35843輛，運輸系統(tǒng)現(xiàn)有從業(yè)人員約2.7萬人，在建鐵路包括新巴準(zhǔn)鐵路134公里、準(zhǔn)池179公里，合計在建鐵路里程313公里。2012年完成貨運量3.4億噸，較2011年增加2080萬噸。
神華包神鐵路集團
神華包神鐵路集團（以下簡稱包神鐵路集團）組建于2013年6月20日，由神華包神鐵路有限責(zé)任公司、神華甘泉鐵路有限責(zé)任公司、神華新準(zhǔn)鐵路有限責(zé)任公司整合而成。
包神鐵路集團所轄包神、甘泉、巴準(zhǔn)、塔韓4條鐵路線合縱連橫，南北貫通，東西相向，正線總里程將近750公里，占到目前神華已建和在建鐵路總里程的30%以上。
包神鐵路正線全長172公里，共設(shè)18個車站，其中14個車站設(shè)有專用線32條，專用線總長93公里；1986年5月1日開工建設(shè)；1989年3月開通運營，是神華第一條鐵路。包神鐵路是神華集團神東礦區(qū)煤炭外運的裝車基地，也是神朔、朔黃西煤東運主要運輸通道的重要集裝線，同時擔(dān)負著地方物資運輸和鄂爾多斯地區(qū)其它企業(yè)的煤炭外運任務(wù)。
甘泉鐵路設(shè)計全長355公里，是神華集團為貫徹我國能源發(fā)展“走出去”戰(zhàn)略而修建的，將與包神鐵路、神朔鐵路、朔黃鐵路、黃驊港、天津港形成路港聯(lián)網(wǎng)聯(lián)運的礦產(chǎn)資源運輸大通道，是蒙古國TT煤田、OT銅金礦最便捷的出海通道。
巴準(zhǔn)鐵路全長128公里，神華集團朔黃鐵路的煤炭集運新通道，主要承擔(dān)神華新街礦區(qū)煤炭外運任務(wù)，并兼顧部分內(nèi)蒙地方煤炭及物資的運輸對于發(fā)展地方鐵路建設(shè)，拉動地方經(jīng)濟發(fā)展有著重要意義。
塔韓線是神華杭錦能源公司塔然高勒煤礦煤炭外運專用線，線路自杭錦旗塔然高勒煤礦裝車站引出后經(jīng)由東勝區(qū)、達拉特旗，在東勝區(qū)神華包神鐵路韓家村站接軌，線路全長78公里。
包神鐵路集團所轄包神鐵路向南與神朔鐵路相接，向北與京包鐵路相連；甘泉鐵路自中蒙邊境中方口岸甘其毛都向南，經(jīng)包神線并通過神朔鐵路與朔黃線貫通；巴準(zhǔn)鐵路從新街礦區(qū)向東，與包神線相交并經(jīng)大準(zhǔn)鐵路與大秦線、經(jīng)準(zhǔn)池線與朔黃線相接；經(jīng)巴準(zhǔn)線向西，通過東烏鐵路、三新鐵路服務(wù)于烏海、寧煤礦區(qū)；塔韓鐵路自塔然高勒礦區(qū)向東與包神線相接。區(qū)域路網(wǎng)上，將由神華神東煤外運裝車基地，轉(zhuǎn)型為“寧、陜、蒙”神華核心煤炭區(qū)域的重要集疏運通道，在成為連接神華路網(wǎng)南北、東西兩大動脈的核心與樞紐的同時，占據(jù)神華鐵路北大門的口岸優(yōu)勢，兼具了中蒙邊境國際物流節(jié)點職能，在神華一體化發(fā)展格局中和地區(qū)、國家交通路網(wǎng)中的重要戰(zhàn)略位置，將日益凸顯。
包神鐵路集團設(shè)14個部室和1個直屬機構(gòu)，分別是：辦公室、人力資源部、企業(yè)管理部、財務(wù)部、計劃部、運輸生產(chǎn)部、工程技術(shù)部、安全質(zhì)量部、物資設(shè)備部、科技信息部、黨委工作部、紀檢監(jiān)察部、內(nèi)控審計部、工會工作部和調(diào)度指揮中心。
包神鐵路集團的組建，包神鐵路、甘泉鐵路、新準(zhǔn)鐵路的管理整合，將進一步推動區(qū)域內(nèi)鐵路運力資源的統(tǒng)籌規(guī)劃與開發(fā)利用，進一步有利于人才、技術(shù)、裝備等資源的有效配置和管理資源的充分共享，有利于建設(shè)專業(yè)化、集約化管理模式，有利于發(fā)揮低成本的優(yōu)勢，有利于實現(xiàn)神華集團公司利益最大化。
根據(jù)神華集團“十二五”戰(zhàn)略目標(biāo)，初步設(shè)想把“建設(shè)世界一流鐵路運輸企業(yè)”，作為包神集團的企業(yè)發(fā)展愿景，以構(gòu)建“運輸組織信息化、安全管控標(biāo)準(zhǔn)化、綜合管理精細化、組織架構(gòu)區(qū)域化、基本建設(shè)精品化、員工隊伍知識化、后勤保障專業(yè)化、黨建工作科學(xué)化”的“八化”數(shù)字鐵路為戰(zhàn)略發(fā)展的核心內(nèi)涵，實現(xiàn)鐵路的安全、綠色、高效運營，切實提升企業(yè)核心競爭能力，將包神集團建設(shè)成為國內(nèi)乃至國際一流的示范鐵路企業(yè)。
神朔鐵路
神朔鐵路是我國“八五”計劃重點建設(shè)項目之一，是神華集團煤、電、路、港、航、煤制油和煤化工系統(tǒng)工程的重要組成部分，是我國繼大秦鐵路之后第二條西煤東運大通道。
神朔鐵路正線全長270公里，最小曲線半徑為400米，最大限制坡度12‰。全線共19個車站， 249座橋梁， 61座隧道，743座涵渠，橋隧涵占線路總長的22.28%。途經(jīng)陜西、山西兩省的八個縣市，為國家Ⅰ級電氣化重載鐵路。
中國神華神朔鐵路分公司設(shè)19個部門，下屬4個段。全公司現(xiàn)有職工7835人，其中合同制員工6628人、勞務(wù)用工1207人。
分公司黨委設(shè)5個基層黨委，36個基層黨支部，其中25個站區(qū)支部配備了專職支部書記。共有黨員1198名。
神朔鐵路自開通以來，本著“逢先必爭、逢旗必奪”的精神，邊運營、邊建設(shè)、邊擴能、邊跨越，煤炭運量連年翻番，運輸收入成倍增長，收到明顯經(jīng)濟效益和社會效益。1996年完成運量75萬噸，實現(xiàn)運輸收入3649萬元；到2013年完成運量2.47億噸，實現(xiàn)運輸收入90.6億元。截止2013年，開通運營十八年，累計運輸煤炭17.92億噸，運輸收入649.83億元。十八年間運量增長了330倍，運輸收入增長了249倍。2005年，提前5年實現(xiàn)年運量過億噸。2009年，成功開行萬噸組合列車。從2012年完成運輸任務(wù)2.069億噸后，成為國內(nèi)最繁忙，全國運量第二的運輸鐵路。
從2009開始，神朔鐵路進行了企業(yè)文化和班組標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè)，重點解決困擾神朔發(fā)展的吃、住、行難題，經(jīng)過五年的建設(shè)，神朔鐵路的工作、生活環(huán)境徹底改善，成為晉、陜、蒙地區(qū)一道靚麗的風(fēng)景線，神木北站成為黃土高原上一顆璀璨的明珠。
朔黃鐵路發(fā)展有限責(zé)任公司
朔黃鐵路發(fā)展有限責(zé)任公司成立于1998年2月18日，注冊資本金58.8億元人民幣，由中國神華能源股份有限公司、太原鐵路局、河北建投交通投資有限責(zé)任公司共同出資組建（中國神華出資31億元人民幣、股比為52.72%，太原鐵路局出資24.2億元人民幣、股比為41.16%，河北建投交通投資有限責(zé)任公司出資3.6億元人民幣、股比為6.12%。）。目前，公司主要負責(zé)運營朔黃、黃萬鐵路，公司下設(shè)13個職能部室、3個分公司、一個控股子公司、一個物業(yè)管理中心，共有員工10350人，其中自管員工6142人，專業(yè)外包用工（聯(lián)合運輸單位員工）4208人，總資產(chǎn)206.19億元。
朔黃鐵路西起山西省神池縣神池南站，東至河北省黃驊市黃驊港站，線路橫跨山西、河北兩省的5個地區(qū)（市）22個縣（市）與神朔、北同蒲、京廣、京九等鐵路干線接軌，正線總長614公里，屬國家Ⅰ級、雙線、電氣化、重載鐵路，全線共設(shè)33個車站，其中技術(shù)站有3個（神池南、肅寧北、黃驊港）。黃萬鐵路位于河北省東部及天津市南部，線路南起朔黃鐵路黃驊南站，北至天津港神港站，線路全長69公里，共設(shè)7個車站，其中技術(shù)站1個（神港站）。
鐵路貨車公司
神華鐵路貨車運輸有限責(zé)任公司（鐵路貨車公司）為中國神華能源股份有限公司全資子公司，現(xiàn)有員工4000余名，主要負責(zé)組織并管理神華集團公司五萬余輛自備鐵路貨車，承擔(dān)著神華鐵路自備貨車的運輸組織、定期檢修、運用維修、機車大修等業(yè)務(wù)。其前身是1992年4月20日成立的自備車管理辦公室；2001年4月20日成立神華鐵路貨車有限責(zé)任公司；2004年11月8日公司更名為中國神華能源股份有限公司鐵路貨車運輸分公司；2013年8月28日，按照中國神華能源股份公司批復(fù)精神，改制為中國神華能源公司全資子公司——神華鐵路貨車運輸有限責(zé)任公司。
