蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)決定了蛋白質(zhì)的功能，施一公老師在15年發(fā)表的幾篇重量級(jí)的文章都是關(guān)于蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)解析的。我們今天不介紹如何通過(guò)實(shí)驗(yàn)得到蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，今天我們介紹如何查看已有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)。
1 我們首先下載蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)查看軟件pyMol（http://www.keyangou.com/tools/software/），下載后直接安裝，注意路徑名不能有中文。
2 接下來(lái)我們?nèi)ツ睦镎胰S結(jié)構(gòu)呢？可以上ncbi的數(shù)據(jù)庫(kù)structrue，我們搜索p53，打開(kāi)如下頁(yè)面：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=103701
格式選擇PDB格式，然后點(diǎn)擊View structure，保存在本地硬盤(pán)上，注意保存路徑也不要有中文。
3 我們打開(kāi)剛才安裝好的pymol，界面如下：
主要分為兩個(gè)部分，上面的是命令行區(qū)域，下面黑色的是顯示區(qū)域。
4 我們通過(guò)“File->open”打開(kāi)剛才下載的PDB文件：
5 上面的圖一點(diǎn)都不好看。我們?cè)诿钚欣锩孑斎搿皊how cartoon”，意思是顯示動(dòng)畫(huà)，就是我們經(jīng)常看到的三維結(jié)構(gòu)了：
6 上面的圖像看上去太雜了，我們簡(jiǎn)化處理，我們把線(xiàn)條隱藏，輸入命令“hide lines”
7 輸入不同的命令行會(huì)有不同的顯示方式。（每次輸入命令行之前最好輸入”hide all” 清除先前的效果）。
Show spheres
show mesh
show surface
8 我們可以標(biāo)記我們自己感興趣的氨基酸，比如我們想標(biāo)記里面所有的亮氨酸為紅色
Color red,resn leu
9 當(dāng)然我們還可以用來(lái)做動(dòng)畫(huà)：
依次輸入命令：
mset 1 x30
util.mrock(1,30,60,1,1)
set ray_trace_frames=1
set cache_frames=1
mplay
mpng mov
10 上面都是截圖，效果不是太好，我們想得到一張清晰的圖片，可以使用命令：
ray
png E://abc.png
上面就是將當(dāng)前視圖渲染到 E盤(pán)的abc.png中
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