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默認(rèn)從ena上直接拉取fq，而且支持多線程批量下載、斷點(diǎn)續(xù)傳、文件md5校驗和重新下載

將速鉑下載工具進(jìn)行封裝，以便高效方便地批量下載SRA測序數(shù)據(jù)。

本腳本試圖將速鉑進(jìn)行封裝，實(shí)現(xiàn)只需提供SRA的ID號，即可完成序列下載和轉(zhuǎn)換。

參考文章：SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法。

更新信息

• 默認(rèn)下載源更新為ENA

• ENA下載fastq文件實(shí)現(xiàn)了自動的md5校驗，且通過md5校驗信息，自動識別ID對應(yīng)的測序文件是單端還是雙端

程序安裝與環(huán)境部署

獲取程序

輸入下面的命令：

若一切安裝就緒，則會顯示幫助信息。若部分組件未部署好，則程序會有提示。

依賴的perl modules安裝

需要安裝Parallel::ForkManager和Parallel::Simple兩個perl module，以實(shí)現(xiàn)多個SRA并行下載。命令如下：

sudo cpan install Parallel::ForkManager
sudo cpan install Parallel::Simple

或者通過cpanm安裝(cpanm使用方法看這里)：

安裝 aspera connect

官網(wǎng)下載最新版：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list 。

或者，點(diǎn)這里通過百度云盤下載aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz。

下載完成后部署aspera connect，下面的命令不要使用ROOT賬戶運(yùn)行：

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
# 查看是否有.aspera文件夾
cd # 去根目錄
ls -a # 如果看到.aspera文件夾，代表安裝成功

運(yùn)行結(jié)束，在home文件夾的 ～/.aspera/connect 中可發(fā)現(xiàn)部署的工具：

安裝 NCBI fastq-dump

從NCBI的ftp上下載最新的sratoolkit，或者通過百度云盤下載sratoolkit.2.9.0-ubuntu64.tar.gz。安裝方式按照下面的命令進(jìn)行：

使用示例

直接下載Reads

perl ASCPsra.pl -i SRR7166333

直接將SRR7166333的fastq的序列下載在當(dāng)前目錄。RR71663331.fastq.gz和SRR71663332.fastq.gz兩個文件。還有一個md5文件。下載結(jié)束，請使用下面的命令校驗一下文件：

多個數(shù)據(jù)下載到指定文件夾中

SraAccList.txt中，兩個ID都是大腸桿菌的測序數(shù)據(jù)。其中SRR7167489是雙端數(shù)據(jù)，ERR2002452是單端數(shù)據(jù)。

perl ASCPsra.pl -l SraAccList.txt -o ./data -p 2

通過上面的命令，直接將同時下載在./data的文件夾當(dāng)中。-p參數(shù)表示同時下載多少個ID的數(shù)據(jù)。

每個ID都有對應(yīng)的fastq.gz文件。還有一個md5文件，下載結(jié)束務(wù)必校驗一下文件完整性。

• 文件下載結(jié)束，可將下載命令重新運(yùn)行一遍，程序會自動檢查文件完整性，正確下載的文件會自動跳過，未正確下載的文件會繼續(xù)下載。

• 這個福利僅限于ENA來源的數(shù)據(jù)。

SRA數(shù)據(jù)一鍵下載

從SRA下載數(shù)據(jù)，需要首先下載.sra格式的文件，然后再通過pfastq-dump(并行封裝的fastq-dump)將.sra文件轉(zhuǎn)換為fastq文件。由于不能直接拿到fastq原始數(shù)據(jù)，還要經(jīng)過二次轉(zhuǎn)換，這就是我為何在這個版本中將默認(rèn)的SRA下載源修改成了ENA。

直接將SRR7166333的fastq的序列下載在當(dāng)前目錄。產(chǎn)生SRR7166333.sra、SRR71663331.fastq.gz和SRR71663332.fastq.gz三個文件。

SRA數(shù)據(jù)源沒有給md5，因為只有完整的SRA文件才能夠成功釋放出fastq。

從SRA數(shù)據(jù)源下數(shù)據(jù)，可額外設(shè)定每個SRA轉(zhuǎn)換fastq的線程數(shù)，通過 -t參數(shù)指定。

perl ASCPsra.pl -l SRAacc.list -s SRA -p 4 -t 6

SRA下載單端測序數(shù)據(jù)

目前的版本中，從NCBI SRA源下數(shù)據(jù)的時候，單端數(shù)據(jù)跟雙端數(shù)據(jù)必須分放在不同表格中下載，不能同時下

針對SRA數(shù)據(jù)源，添加單端single end數(shù)據(jù)，需添加-single告訴程序這是單端數(shù)據(jù)——否則下載完SRA轉(zhuǎn)換fastq的時候會出錯。(在將來的版本更新中，希望將這個參數(shù)取消，即讓程序自動識別單端與雙端)。

單端數(shù)據(jù)下載實(shí)例見：ERR2002452(SRA,ENA)。