這個問題很具體，歸結(jié)起來就是兩點：
1，目標(biāo)點不同；
2，河道不同。
隋朝的大運河，是以東都洛陽為核心，向兩個方向延伸，一條是永濟渠，溝通原有的河道，天然河道和歷史上已有的運河，直通涿郡，其目的是貫穿當(dāng)時的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟中心——河北地區(qū)，以運河水運來運載沿線的財富儲備，同時，面向東北方向，保障未來對高句麗戰(zhàn)爭的后勤。
另一條是通濟渠，也是利用原有的河道，溝通淮水，又疏浚邗溝和江南河，以接收淮南、江南財富，并便于鎮(zhèn)撫江南。
我們知道，早在戰(zhàn)國到南北朝之間，前后開鑿了大量的運河，隋朝的大運河，其實就是在這些渠道的基礎(chǔ)上建成的。
從今天北京副中心通州起，可乘船順潞水由泉州渠（曹操筑，南起今天津市區(qū)以東的海河，北抵今寶坻縣境大致相當(dāng)古鮑丘水下游的今薊運河）到溝河口入海，再進入泒河，經(jīng)過平虜渠（曹操筑，上起呼沲，即滹沱河，下入弧水，其上游為沙河，下游入海處在今天津），入漳水，經(jīng)過利漕渠（曹操筑，自今河北曲周縣南,東南至大名縣西北、館陶縣西南注入白溝）和白溝（白溝又名宿胥瀆，它是黃河南徙、從宿胥口（大致在今?？h新鎮(zhèn)之南）改向東流后，在它故道上的河流，曹操遏淇水入白溝，以通安陽河）而入黃河，進入汴渠上游，沿蒗蕩渠（故道自今河南滎陽市北廣武鎮(zhèn)北引黃河水東流，經(jīng)中牟縣北，至開封市東南。折而南流經(jīng)通許縣東、太康縣西，至淮陽縣東南流于沈丘縣北入潁水。魏、晉以后，開封以上河段稱汴水，開封以下河段稱蔡水）而下，由潁水入汝水，再由汝水的支流舞水入泚水，入淯水，入漢水，入揚口渠（西晉初，杜預(yù)鎮(zhèn)襄陽，在春秋楚國運河基礎(chǔ)上，開揚口（今湖北潛江境內(nèi)），穿渠西至今湖北省江陵市，連通江、漢二水），入長江，入洞庭湖，入湘水，過靈渠（位于廣西桂林市興安縣境內(nèi)），入漓水，入西江，沿西江可達(dá)番禺城；或由江陵溯長江達(dá)巴蜀，以通西南。
說了這么多，實質(zhì)上，這個時代的運輸中心地段，仍是中原地區(qū)，涿郡也就是后世的北京只是末梢。
而元代的運河，北京才是中心。
注意元朝時候黃河的流向，與隋朝完全不同，元朝時黃河搶淮入海，等于運河借用了一部分黃河的河道，而且直接由山東通過，不再西行，完成了一定程度的取直，比隋唐大運河里程減少了900多公里。
這個取直工程里，會通河、濟州河為新開挖河道，前者由東平路須城縣(今山東東平)安山西南，至臨清抵達(dá)御河（今衛(wèi)河），后者由東平到濟寧，后來也被稱為會通河的一部分。
同時，新開挖了通州到大都的通惠河，這條水道，可以讓船只直入大都城內(nèi)的積水潭。
之所以如此，有兩個重要原因，一個是在宋金之際黃河的改道。
到了元朝初年，黃河河道從河陰向東，歷開封北，轉(zhuǎn)向東南，經(jīng)河南杞縣后達(dá)徐州，經(jīng)江蘇徐州、宿遷、泗陽、清江，東向入海，“奪淮入?！钡慕唤Y(jié)點在今清江市之北。
清江，也正是上圖中黃河、淮水、邗溝三河的交接點。
同時，在宋金對峙百余年之后，汴渠淤塞，河道甚至與堤岸齊平，其水運價值已經(jīng)基本喪失，所以，元朝的大運河利用的水系，拋棄了這一段的渠道，而是在山東西部的汶水、泗水下功夫。
漕路由淮河入泗水（今中運河），經(jīng)濟州河北達(dá)安山，再從安山西南起，分梁山濼（即梁山泊，在今山東梁山、鄆城等縣間）的水源北流，經(jīng)壽張西北到東昌（今山東聊城），又西北達(dá)臨清入御河（今衛(wèi)河，原永濟渠河道），北運直通海河抵京郊通州。
所以說，北段永濟渠、南段邗溝、江南河的變化并不大，主要的變化在于中段溝通洛陽的通濟渠廢棄，以及相關(guān)的水系的廢棄，而直接經(jīng)會通河、濟州河溝通永濟渠向北。
