所以今天本宮會(huì)很詳細(xì)、非常詳細(xì)、巨詳細(xì)、史無(wú)前例地詳細(xì)、前無(wú)古人，后無(wú)來(lái)者地詳細(xì)講解如何使用Cytoscape。
Cytoscape是用于可視化網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的一個(gè)非常強(qiáng)大的工具，比如說表現(xiàn)一組基因間的相互關(guān)系，文本形式和網(wǎng)絡(luò)圖形式，在數(shù)據(jù)的表現(xiàn)力上孰優(yōu)孰劣一目了然。
點(diǎn)（node）和線（edge）是網(wǎng)絡(luò)圖的兩個(gè)核心要素。我們做各種各樣的網(wǎng)絡(luò)圖，歸根結(jié)底是對(duì)圖中的點(diǎn)和線進(jìn)行注釋，我們通過改變點(diǎn)和線的樣式來(lái)對(duì)點(diǎn)和線賦予各種各樣的信息，從而實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的可視化。
很多童鞋可能在下載這一步就放棄了，因?yàn)橄螺d速度可能會(huì)很慢，200M的寬帶可能只有2kb的下載速度。本宮送佛送到西，翻過去給你們把火種帶回來(lái)（見文末網(wǎng)盤鏈接）。
安裝的時(shí)候先安裝java，安裝好了之后需要設(shè)置環(huán)境變量
在環(huán)境變量中，要修改兩個(gè)地方，一個(gè)是添加JAVA_HOME。選擇“新建”，變量名填上JAVA_HOME，變量值填上C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151，在java的安裝過程中，默認(rèn)一直下一步安裝，所以裝在C盤，如果你在安裝過程中改了，那可能是D盤或者E盤，那么變量值要做相應(yīng)的更改。
還要修改一個(gè)地方，就是Path，添加JAVA的變量值到Path中，選擇Path，然后點(diǎn)“編輯”，在最后面添加如下語(yǔ)句;%JAVA_HOME%\bin;
打開命令提示符cmd，輸入java -version，如果能正常顯示，那表明裝好了，你就可以裝Cytoscape了
雖然網(wǎng)盤里的是最新版本3.60，但是不知道重新安裝需不需要重新下載插件什么的，時(shí)間所迫，今天給大家所做的演示都是基于3.42版本，如果大家在使用過程中發(fā)現(xiàn)什么差別，請(qǐng)?jiān)谖哪┝粞?/strong>。
歡迎頁(yè)面
先來(lái)看一下Cytoscape的歡迎頁(yè)面，最主要的功能就是數(shù)據(jù)導(dǎo)入了，在這里我們可以導(dǎo)入本地文件建立網(wǎng)絡(luò)，也可以從數(shù)據(jù)庫(kù)獲取數(shù)據(jù)建立網(wǎng)絡(luò)。
本地文件的基本格式大家上面已經(jīng)看到了，就是兩列節(jié)點(diǎn)信息，處于同一行的兩個(gè)節(jié)點(diǎn)之間存在連線。所以這個(gè)表里基本的點(diǎn)和線的信息都已經(jīng)有了。
再來(lái)看一下從數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)，輸入感興趣的基因名稱，然后選擇相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)，導(dǎo)出數(shù)據(jù)。
從下面這么多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中得到了N個(gè)網(wǎng)絡(luò)
每個(gè)網(wǎng)絡(luò)都進(jìn)行了可視化展示（下圖展示了其中之一）
基本功能介紹
下面這張圖是Cytoscape的整體布局（名稱都是本宮隨便起的，方便下面詳細(xì)介紹）
工具欄
View
如果你的哪個(gè)操作模塊不見，可以在View這欄里找找看，其它的功能沒啥，Zoom In這種功能，本宮相信你的鼠標(biāo)是帶滾輪的
Select
Select用的還是蠻多的，比如我們要選中與某一個(gè)節(jié)點(diǎn)相鄰的所有節(jié)點(diǎn)。下圖中演示了選中Tyms所有相鄰的節(jié)點(diǎn)，當(dāng)然edge也是可以進(jìn)行這樣的選中操作的，這里就不作演示了。
Layout
Layout主要用于改變整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的形態(tài)
Bundle Edges處理前后效果對(duì)比
旋轉(zhuǎn)咱就不說了，來(lái)看一下Scale的效果，可以作一個(gè)局部的放大，也可以通過拉伸讓過于密集的nodes分布得稀疏一些。
下面這些就是各種各樣的layout了，大家可以多試一試，然后挑一個(gè)最接近自己理想樣式的，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行修改。
如果大家改樣式改得面目全飛，改不過去了，就選Apply preferred layout還原一下。
APPs等下單獨(dú)講
Tools這塊的功能就本宮個(gè)人而言用得很少，都是通過設(shè)置style以及APPs輔助分析進(jìn)行操作。
快捷工具欄
導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)這個(gè)和歡迎界面的一樣，導(dǎo)入表格則是通過導(dǎo)入一個(gè)表格的信息對(duì)節(jié)點(diǎn)或者線注釋（導(dǎo)入數(shù)據(jù)時(shí)建議導(dǎo)入txt格式的文件！）。比如下圖我們導(dǎo)入一個(gè)基因表達(dá)量信息的表格，對(duì)節(jié)點(diǎn)進(jìn)行注釋，后續(xù)我們可以通過改變節(jié)點(diǎn)的大小來(lái)可視化表達(dá)量的信息。
導(dǎo)入表格數(shù)據(jù)時(shí)要注意三點(diǎn)：
1、導(dǎo)入的這個(gè)表格數(shù)據(jù)是針對(duì)全部的網(wǎng)絡(luò)，還是只針對(duì)當(dāng)前正在操作的網(wǎng)絡(luò)。如果是針對(duì)全部的網(wǎng)絡(luò)，那么后續(xù)根據(jù)表格數(shù)據(jù)設(shè)置格式的時(shí)候會(huì)產(chǎn)生全局的變化，各個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖無(wú)法獨(dú)立操作。
2、這個(gè)表格是針對(duì)node還是edge，如果是只針對(duì)node那么無(wú)法用這個(gè)表格的數(shù)據(jù)對(duì)edge進(jìn)行注釋。
3、設(shè)置好關(guān)鍵字，在這里node1才是與整個(gè)網(wǎng)絡(luò)相匹配的關(guān)鍵字，Expression是一個(gè)注釋列。
設(shè)置好之后，導(dǎo)入數(shù)據(jù)結(jié)果如下
根據(jù)Expression調(diào)整節(jié)點(diǎn)樣式
導(dǎo)出圖片只建議大家導(dǎo)出成PDF格式，高清無(wú)碼，后續(xù)好編輯。
操作區(qū)（重點(diǎn)?。。。?/strong>
畫的圖好不好看，就全看這一部分的騷操作了！
Network這塊沒啥好說的。
Style（重中之重）
Style的設(shè)置包括三部分：node，edge，network。
先看node，大家可能會(huì)覺得為什么你可以操作的選項(xiàng)比我的多呢？
看這里：
大家把自己常用的勾選好了之后設(shè)置成默認(rèn)。
常用的設(shè)置包括描邊（border），節(jié)點(diǎn)顏色（fill color），標(biāo)注（label），節(jié)點(diǎn)形狀（shape）。
后面edge和network大同小異，其中network中可以設(shè)置背景顏色。
下面就通過一個(gè)實(shí)例講講如何做好一個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖（下列數(shù)據(jù)以及示例圖已經(jīng)上傳在了網(wǎng)盤中）
首先是導(dǎo)入數(shù)據(jù)，這里combined_score已經(jīng)作為edge的注釋信息導(dǎo)入進(jìn)去了，我們?cè)賹?dǎo)入表格注釋就不需要導(dǎo)入edge的信息了。
再導(dǎo)入node的注釋信息
我們把節(jié)點(diǎn)的形態(tài)調(diào)成圓的，鎖定高度寬度后，節(jié)點(diǎn)可以調(diào)成正圓的
根據(jù)Expression設(shè)置節(jié)點(diǎn)大小，隨Expression線性變化
調(diào)整節(jié)點(diǎn)顏色和相應(yīng)的透明度，節(jié)點(diǎn)有Type注釋的設(shè)置成白色，其它的為橙色
設(shè)置描邊樣式，有Type注釋的節(jié)點(diǎn)分別設(shè)置成紅綠藍(lán)，默認(rèn)白色（即沒有注釋的為白色描邊）
根據(jù)Type注釋設(shè)置節(jié)點(diǎn)的描邊寬度，默認(rèn)為0（沒有描邊）。
設(shè)置描邊線條形狀，效果如右圖
Label設(shè)置
字體設(shè)置
文字大小
標(biāo)注的位置
下面設(shè)置Edge
線條顏色隨Combine_score漸變
線條粗細(xì)隨Combined_score漸變
設(shè)置一下線條透明度（避免線條影響node的label的正常顯示）
調(diào)整一下節(jié)點(diǎn)的分布，可以手動(dòng)調(diào)節(jié)，也可以用layout里面的scale工具
最后導(dǎo)出圖片時(shí)確保整個(gè)網(wǎng)絡(luò)都能夠完整地顯示在作圖區(qū)內(nèi)
這里還做了另外一個(gè)示例供參考：
最后來(lái)講一講APPs，你可以把Cytoscape理解為IOS的手機(jī)系統(tǒng)，這些APP讓整個(gè)Cytoscape的功能更加豐富。
之前的文章已經(jīng)介紹過：ClueGO、CentiScape和MCODE。（見文末鏈接）
今天介紹一個(gè)文本挖掘的APPs，叫作Agilent Literature Search
在App magnager中可以直接下載這個(gè)APP。
這個(gè)APP用起來(lái)也很簡(jiǎn)單，設(shè)置如下
在Cytoscape中自動(dòng)生成相應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)圖
網(wǎng)盤鏈接：https://pan.baidu.com/s/1skXS5Md
密碼：2qi2
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