今南寧古屬百越之地。秦始皇二十三年（前214年），秦統(tǒng)一嶺南地區(qū)，設(shè)南海、桂林、象郡，南寧屬桂林郡轄地。漢朝漢高祖元年至元鼎元年（前206年—前111年）為南越國(guó)地，元鼎六年（前111年）屬郁林郡領(lǐng)方縣地。三國(guó)時(shí)，屬吳國(guó)轄地，歸廣州郁林郡臨浦縣地，一直延續(xù)到西晉。東晉太興元年（318年），從郁林郡析出晉興郡，隸屬?gòu)V州，治所在晉興縣（今南寧），晉興縣成為南寧的第一個(gè)地名，一直沿用至隋開皇十八年（598年），共280年，這是南寧成為桂西南地區(qū)行政中心的開始。
隋開皇十八年，改晉興縣為宣化縣，治所在宣化城（今南寧）。唐武德四年（621年），以宣化縣地設(shè)南晉州，領(lǐng)宣化一縣。武德五年（622年），宣化縣析出宣化、武緣、朗寧、晉興、橫山5縣，隸屬南晉州。貞觀六年（632年），南晉州改稱邕州，為邕州都督府，這是南寧簡(jiǎn)稱“邕”之始。“邕”字來自唐《元和郡縣志》“因州西南邕溪水為名”的記述。天寶元年（742年）改邕州為朗寧郡，乾元元年（758年）復(fù)為邕州，撤銷朗寧郡建制，由州領(lǐng)縣。咸通三年（862年），邕州屬嶺南西道，治所在宣化縣，至此今南寧相當(dāng)于今省級(jí)政權(quán)建置開始。
元朝至元十六年（1279年），改邕州為邕州路，轄宣化縣、武緣縣，置邕州路總管府，兼左右兩江溪峒鎮(zhèn)撫。至元二十八年（1291年），上思州黃勝許、岑世興起兵抗元，給元朝統(tǒng)治者以沉重打擊。至治二年（1322年），英宗派特使招諭，逼使黃勝許、岑世興歸順。泰定元年（1324年）六月，黃、岑遣子弟朝貢，歸順元朝。為慶南疆綏服，元朝統(tǒng)治者于同年9月將邕州路改稱南寧路（取南疆安寧之意），隸屬湖廣行中書省。宣化縣隸屬南寧路，南寧得名始于此。至正二十三年（1363年），湖廣行中書省分置廣西行書省，南寧隸屬?gòu)V西行中書省。
明洪武元年（1368年）廢南寧路，置南寧府，宣化縣隸屬南寧府，治所在今南寧城。清朝承襲明朝建置，清朝初葉，實(shí)行省、府（廳）、州（直隸州）、縣四級(jí)區(qū)劃制。南寧府隸屬?gòu)V西省，為府治所，宣化縣隸屬南寧府。府、縣治所均在今南寧城。
民國(guó)元年（1921年）7月，廢宣化縣并南寧府。同年10月，廣西軍政府從桂林遷來南寧，南寧成為廣西省會(huì)。1913年6月，廢府留縣，南寧府改為南寧縣，治所南寧。1914年6月，為避云南省的南寧縣同名而改名邕寧縣，為邕寧縣得名之始。同年置南寧道，領(lǐng)邕寧、永淳、橫縣、賓陽(yáng)、上林、武鳴、隆山、那馬、都安、果德、隆安、扶南、綠淥、上思14個(gè)縣。1926年廢道，由省直接領(lǐng)縣。1929年7月設(shè)南寧市政府，與邕寧縣合署辦公，同年11月，撤市建制，1930年置南寧民團(tuán)區(qū)，1934年置南寧行政監(jiān)督區(qū)，1935年置第九區(qū)，均領(lǐng)邕寧、賓陽(yáng)、橫縣、永淳、扶南、綠淥、同正、隆安、上思9個(gè)縣。1936年，廣西省會(huì)從南寧遷回桂林。1940年置南寧行政監(jiān)督區(qū)（又叫第九區(qū)），1942年4月，將第八區(qū)（武鳴）、第九區(qū)合并稱第四行政區(qū)，治所南寧。領(lǐng)邕寧、永淳、橫縣、賓陽(yáng)、上林、武鳴、隆山、都安、那馬、平治、果德、隆安、同正、扶南、綏淥、上思16個(gè)縣。1949年10月，廣西省會(huì)從桂林搬來南寧。
1949年12月4日，南寧解放，1950年1月南寧建市，同月22日市人民政府正式對(duì)外辦公。同年2月8日，廣西省人民政府成立，確定南寧市為省會(huì)。至1958年3月南寧廣西省政府駐地（1958年3月廣西壯族自治區(qū)成立后至今，南寧一直為自治區(qū)首府）。1952年12月南寧為桂西壯族自治區(qū)（1956年改為桂西壯族自治州）駐地。自治州領(lǐng)百色、宜山兩個(gè)專區(qū)，并領(lǐng)邕寧等15個(gè)直屬縣。1958年9月，南寧市與南寧專署統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)。1960年10月，地、市合并，1967年1月，南寧市與南寧專署分開。1968年成立南寧市革命委員會(huì)。1979年3月，南寧市領(lǐng)朝陽(yáng)（今興寧）、新城、永新、衡陽(yáng)（今城北）、江南5個(gè)城區(qū)及1個(gè)郊區(qū)。1980年6月恢復(fù)南寧市人民政府。1984年4月，南寧市正式接管邕寧、武鳴兩縣，南寧市領(lǐng)5個(gè)城區(qū)1個(gè)郊區(qū)2個(gè)縣共8個(gè)行政單位。2001年12月，撤銷郊區(qū)，南寧市市轄行政區(qū)由原來的6個(gè)減到5個(gè)，市轄行政單位由8個(gè)減到7個(gè)。
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