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火山圖是大家在閱讀文獻(xiàn)時(shí)經(jīng)?？吹降膱D，主要用于展示基因的差異表達(dá)，在前期篩選課題的時(shí)候常用，且常與熱圖搭配出現(xiàn)。因?yàn)槔L制出來的差異表達(dá)的基因形如火山，故得名火山圖。

火山圖主要用于展示顯著差異表達(dá)的基因。通常對(duì)顯著的定義是：p0.05且兩組表型的基因表達(dá)差異/Fold Change在兩倍以上，即FC>=2。但在文獻(xiàn)中我們常見的火山圖橫縱坐標(biāo)分別是log2FC與-log10Pvalue。以2為底數(shù)，取基因表達(dá)變化的對(duì)數(shù)值為橫坐標(biāo)使得結(jié)果更容易讀懂：比如，某基因在實(shí)驗(yàn)組中的表達(dá)是對(duì)照組中的4倍，log₂4=2,若基因在實(shí)驗(yàn)組中的表達(dá)是對(duì)照組的2倍，log₂2=1。在火山圖中，橫坐標(biāo)每增加一個(gè)單位，則說明基因在兩組表型中呈兩倍的差異,。在火山圖中取10為底數(shù)p值的負(fù)對(duì)數(shù)為縱坐標(biāo)主要兩個(gè)考慮：一，可以使得縱坐標(biāo)的刻度更合理，因?yàn)閜值間的差異可能非常大，可以取值正無窮小到1之間；二，對(duì)數(shù)處理后的原p值越小對(duì)應(yīng)的縱坐標(biāo)值越大，即越顯著。

火山圖的本質(zhì)是散點(diǎn)圖，理論上可以畫散點(diǎn)圖的工具都可以用來畫火山圖。比如在線網(wǎng)站NetworkAnalyst，SangerBox里面的火山圖繪制工具都可以做火山圖。工具雖然方便但是自己可操作的空間少了，本文先向大家介紹人人都可以快速掌握的excel繪制火山圖的方法。

數(shù)據(jù)：

65例病人的正常組織與對(duì)應(yīng)的直腸癌中的基因表達(dá)數(shù)據(jù)（GEO accession: GSE20842）

Excel繪制火山圖主要分為以下幾個(gè)步驟：

打開下載的原始數(shù)據(jù)集，選中表格中P.Value，logFC兩列復(fù)制到新的excel1中（原始數(shù)據(jù)中l(wèi)ogFC即默認(rèn)的底數(shù)為2，即log2FC）

在新的表格中C2單元格中輸入=-LOG10(A2) 后Enter鍵，得到單元格結(jié)果。再點(diǎn)雙擊擊單元格右下角則會(huì)以同樣的函數(shù)生成這一列相應(yīng)的值

從數(shù)據(jù)中篩選出p<=0.05且|log2fc|>=2的數(shù)據(jù)到新列（E，F(xiàn)，G）中得到如下excel1表格（自此我們得到了繪制火山圖所需要完整的數(shù)據(jù)，excel1中A，B，C三列為原始數(shù)據(jù)中p ，log2FC及對(duì)應(yīng)的-log10(P.Value)值。E，F(xiàn)，G則為篩選后的數(shù)據(jù)值）

依次選中B/C兩列-插入-圖標(biāo)散點(diǎn)圖，生成火山圖

選中圖片-圖表工具-設(shè)計(jì)-圖表樣式（自由搭配滿意的圖片樣式）

在生成火山圖后，我們需要從所有數(shù)據(jù)中篩選出差異表達(dá)的基因，即篩選出p<=0.05且|log2fc|>=2的數(shù)據(jù)

單擊選中圖標(biāo)數(shù)據(jù)任意一個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)-右鍵選擇“選擇數(shù)據(jù)”-“添加”

在添加的數(shù)據(jù)系列中填寫合適的系列名稱與橫縱坐標(biāo)軸值（此處系列名稱我們填 p<>，即我們之前篩選出來的E，G，F(xiàn)三列數(shù)據(jù)；X，Y軸填寫數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的單元格范圍，此處我們都是2：500）。自此，我們就在火山圖中標(biāo)記出了我們感興趣的差異表達(dá)的基因。

我們可以為火山圖加坐標(biāo)軸標(biāo)題，圖例，圖表標(biāo)題，數(shù)據(jù)標(biāo)簽等元素

單機(jī)選中圖表中任意一個(gè)數(shù)據(jù)-右鍵選擇“設(shè)置數(shù)據(jù)系列格式”

通過此菜單欄，可以自定義圖表中的任一元素參數(shù)

選中你感興趣的數(shù)據(jù)點(diǎn)-右鍵選擇“添加數(shù)據(jù)標(biāo)簽”，顯示該數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的值，然后在原始數(shù)據(jù)中匹配相應(yīng)的genesymbol添加就好啦（同時(shí)可以在設(shè)置數(shù)據(jù)系列格式中自定義參數(shù)）