1、能夠有效地保存和固定證據(jù)。由于產品專利侵權物證單一和集中，往往不屬于容易滅失和出現(xiàn)過后難以取得的情況，而方法過程的易逝性、結果與過程之間的非一一對應性和發(fā)生過程的隱蔽性決定了如果不采用證據(jù)保全記錄方法的全過程，隨著時間的推移這些活動的證據(jù)必然滅失。而且證據(jù)保全中錄像資料、圖文資料等能夠體現(xiàn)出時間順序的優(yōu)點在方法專利侵權證據(jù)中非常適用，能夠直觀、鮮明地反映被保全方法的全過程，有利于庭審過程中原、被告的辯論和法官對事實的認定。
2、能減輕法庭對證據(jù)真實性的判斷工作。在法庭上，產品專利侵權判定過程中一般只要有一個物證就可以了，這個物證就是涉嫌侵犯專利權的產品。侵權判斷過程中，原告把該物證與產品的專利權逐個技術特征進行比對，努力證明專利權中所記載的技術特征被該產品全部重現(xiàn)或等同，被告則努力證明專利權中所記載的技術特征沒有被該產品全部重現(xiàn)或等同，合議庭的法官在雙方辯論的過程中逐漸清楚了事實并最終形成了該產品是否落入專利保護范圍內的心證。原告、被告和法庭這三者辯論和比對的基礎就是產品物證和專利權，對一個單一物證真實性的判斷比較容易。
方法專利侵權判定過程則不然，沒有能夠反映方法全過程的物證證據(jù)存在。由于被衡量是否落入方法專利權保護范圍的是一個有時間順序的系列動作，為了證明這一系列動作與專利方法之間是否存在重現(xiàn)或等同的關系，必須提供每個動作的證據(jù)，另外還要推定出上述各個動作之間的順序關系，原告、被告、法院合議庭圍繞這樣一個龐大的證據(jù)群進行質證。其真實性、關聯(lián)性和合法性的判斷夠叫人頭痛，作為一個法律知識為背景的法官極難判斷、甄別如此大量的證據(jù)。因此無論是原告或被告提供的證據(jù)，其真?zhèn)涡缘呐袛嗪馁M法庭很大精力。而證據(jù)保全基本上免除了原告、被告和法官對證據(jù)真實性的鑒別工作。
3、人民法院的強制力保證了證據(jù)保全的順利實現(xiàn)。如果涉嫌侵犯方法專利的被告阻撓法院進行證據(jù)保全，即構成舉證妨礙。從行為上講，“舉證妨礙是指不負有證明責任的一方當事人通過作為或者不作為阻礙負有證明責任的一方當事人對其事實主張的證明。”從結果上講，“舉證妨礙是指訴訟當事人以某種原由拒絕提出或由于自己的原因不能提出證據(jù)的行為后果。”當被告出現(xiàn)舉證妨礙行為時，法院可以判令舉證責任倒置，由被控侵權人舉證證明其方法，由此來保證證據(jù)保全的順利實現(xiàn)，從而克服了專利權人自行取證和公證取證的困難。
從目前來看，此種方式取得的證據(jù)應該說是最貼近于客觀事實了，證據(jù)的合法性、真實性、關聯(lián)性都能最大程度上符合訴訟要求。也能最大程度滿足專利權人的要求。因此，在方法專利侵權訴訟中，專利權人請求人民法院進行證據(jù)保全成為普遍現(xiàn)象。
人民法院進行證據(jù)保全的優(yōu)點非常突出，但缺點依然存在，這個缺點就是容易侵犯被告的技術秘密。既然是取證階段，被告的方法有可能侵犯了專利方法，也有可能不侵犯專利方法。另外被告的方法中極有可能存在著技術秘密。
取證得到的結果可能存在以下幾種情況：a、被告的方法是已有技術，不侵犯專利權；b、被告的方法落入專利的保護范圍內，侵犯了專利權；c、被告的方法既不是已有技術也沒有侵犯專利權，構成被告自身的技術秘密；d、被告的方法落入了專利的保護范圍內，也侵犯了專利權，但被告的方法中添加了新的技術手段和技術要素，因此就其增加的技術手段部分被告享有技術秘密的權利。也就是說上述的c和d情況下，專利權人都有侵犯被告技術秘密的嫌疑。
目前的證據(jù)保全實務操作過程中，人民法院有時候著重強調對專利權的保護，因而重視證據(jù)取得的真實性而忽視對被申請人技術秘密的保護；有時候著重考慮對被申請人技術秘密的保護，因而在保全證據(jù)過程中束手束腳。具體到某一階段采取哪種傾向不完全確定，社會輿論導向以及具體辦案人員的主觀意識都可能成為決定性因素，隨意性因素較大。當然，重視一方利益而忽視另一方的利益必然會帶來不公平和矛盾沖突，因此如何解決證據(jù)保全中取得證據(jù)的真實性與保護技術秘密之間的矛盾沖突，是發(fā)揮人民法院進行證據(jù)保全的優(yōu)點，從而妥善解決方法專利侵權訴訟中取證問題的關鍵。
