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1. 溫故知坑

實(shí)踐是學(xué)習(xí)知識(shí)的最好途徑。之前我講的內(nèi)容都非常非常基礎(chǔ)，包括：

（1）什么是R語(yǔ)言？R語(yǔ)言和Rstudio軟件的安裝，Rstudio的界面介紹；
（2）R語(yǔ)言的基本邏輯，基本數(shù)據(jù)類(lèi)型；
（3）ggplot基礎(chǔ)繪圖；
（4）學(xué)習(xí)R語(yǔ)言的思路（整理，總結(jié)問(wèn)題）。

通過(guò)不斷的踩坑，走彎路，我們可以在勤奮的基礎(chǔ)上，找一些快速的方法。我們已經(jīng)不能再像上大學(xué)時(shí)候一樣了，先啃完一本書(shū)，學(xué)好各種基礎(chǔ)知識(shí)，然后開(kāi)始應(yīng)用。工作之繁忙，生活之瑣碎，各種被電子產(chǎn)品占據(jù)走的時(shí)間。已經(jīng)很難找出一整塊的時(shí)間去學(xué)習(xí)了。

換句話說(shuō)，沒(méi)有目的性的理論學(xué)習(xí)就是耍流氓。怎么講這么多數(shù)據(jù)類(lèi)型，格式，可是我用不著呀？因此，我們調(diào)整策略，按照完成project為主線來(lái)解說(shuō)在完成數(shù)據(jù)分析的過(guò)程中，我們需要用的R語(yǔ)言知識(shí)。

2. 一個(gè)超級(jí)簡(jiǎn)單的project流程

以我之前處理的GEO數(shù)據(jù)為藍(lán)本，我們?cè)敿?xì)的介紹每一個(gè)數(shù)據(jù)處理過(guò)程，所需要的知識(shí)（不僅僅是R語(yǔ)言代碼，還有各種背景知識(shí)）。

步驟基本上是：導(dǎo)入數(shù)據(jù)--整理為可以進(jìn)行分析的形式--差異分析（火山圖等）--GO/KEGG注釋?zhuān)ǜ鞣N好看的圖）。其中每一個(gè)步驟都可以說(shuō)是好幾把辛酸淚。

但素！為了降低炸毛的風(fēng)險(xiǎn)，我自己捏造了一段非常非常小的數(shù)據(jù)用來(lái)做示例。想要跟著我步驟的小伙伴，需要這小小數(shù)據(jù)，你們可以想辦法找到我。

so，今天我們來(lái)講，導(dǎo)入數(shù)據(jù)！

（1）首先自然是要有數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)的來(lái)源：A. 自己課題組的各種測(cè)序結(jié)果，在經(jīng)過(guò)linux的上游分析之后，得到一個(gè)表達(dá)量和分組的表格（我們也稱之為表達(dá)矩陣），經(jīng)過(guò)精心整理之后，它大概需要變成這樣：

B. 從公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載：例如GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)（知識(shí)點(diǎn)：自行去了解這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)），那根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)的不同，下載的數(shù)據(jù)也是有所不同的。GEO數(shù)據(jù)可以直接通過(guò)R語(yǔ)言下載，可以說(shuō)是非常方便了！

（2）載入數(shù)據(jù)方式

R語(yǔ)言載入數(shù)據(jù)的方式如下：

R語(yǔ)言數(shù)據(jù)的輸入：
（1）手打；（2）文本文件txt；（3）Excel；（4）Acess；（5）其他統(tǒng)計(jì)軟件出來(lái)的數(shù)據(jù)，例如SPSS，SAS；（6）XML數(shù)據(jù)；（7）網(wǎng)頁(yè)抓?。唬?）Stata；（9）netCDF；（10）HDF5；（11）通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)接口下載；（12）通過(guò)Stat/Transfer導(dǎo)入數(shù)據(jù) 。

看到這么多會(huì)直接炸毛，這么多！沒(méi)關(guān)系，我們又沒(méi)有期末考，掌握自己所需要的就可以了。

最最最常見(jiàn)的數(shù)據(jù)就是txt，xls，csv（有點(diǎn)像xls）。

（3）讀取Excel文件

step 1-2  新建proj，管理文件，雙擊打開(kāi)

我在桌面上新建一個(gè)文件夾，叫做“train”。

step 3 將Excel另存為csv文件，而后載入

step 4 我偏不另存為，我就要讀Excel

好的，妥妥的滿足你！雖然我不會(huì)，但是我去話了小潔大佬，她支的招就是，使用R包  tidyverse

詳情請(qǐng)看：如何實(shí)現(xiàn)Excel和R語(yǔ)言雙劍合璧

# 方法二：我偏不另存為，那就試試tidyverse包
install.packages('tidyverse')
library(tidyverse)  

# 調(diào)出幫助文檔，學(xué)習(xí)如何使用該包
?tidyverse

不想看幫助文檔學(xué)代碼的我，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)小妙招：

至于txt文檔怎么載入，我想你用到的時(shí)候，定會(huì)查到的！

3. 還是溫故知新的！

其實(shí)寫(xiě)這篇推文呢，我才是最大的收獲者，為了寫(xiě)得簡(jiǎn)潔明了，我回去自己看了一下書(shū)，然后又請(qǐng)教了小潔，真是妥妥的--溫故知不足，求索方知新。大家加油吧！

再說(shuō)一遍~需要數(shù)據(jù)的同學(xué)要么找到我，要么你自己手打咯~~反正也不多嘛~