去污劑不溶性蛋白有殘留：離心后立即去除上清。沉淀中留有不溶性蛋白質(zhì)，如果再次有懸浮發(fā)生，再次離心。
細(xì)胞裂解液中含有太多的細(xì)胞或太多蛋白質(zhì)，導(dǎo)致洗脫液中有很多額外的（假陽性）蛋白質(zhì) :減少細(xì)胞數(shù)量/裂解液使用。我們推薦使用10-500μg細(xì)胞裂解液
蛋白與抗體非特異性結(jié)合:如果有很多非特異結(jié)合的蛋白質(zhì)，可以嘗試減少上樣珠子的樣本數(shù)量。您還可以在開始免疫沉淀實(shí)驗(yàn)之前預(yù)先孵育珠子和準(zhǔn)備好的裂解液來預(yù)清除裂解液.這應(yīng)該清除裂解液內(nèi)任何與珠子非特異結(jié)合的蛋白質(zhì)。一些研究人員也使用同種來源和相同免疫球蛋白亞類的無關(guān)抗體來預(yù)清除裂解液
使用太多抗體導(dǎo)致非特異性結(jié)合：檢查推薦抗體用量，使用合適濃度的抗體
使用的抗體特異性不夠：使用親和純化的抗體，最好預(yù)先吸收
非特異性蛋白質(zhì)與珠子結(jié)合：珠子用BSA預(yù)封閉不充分。確保牛血清白蛋白（組分V）新鮮，新鮮珠子與含1％牛血清白蛋白的PBS孵育1小時(shí)，使用前PBS洗3-4次。
洗滌不充分：蓋上管蓋離心前反復(fù)顛倒幾次
所用樣品中不表達(dá)或低水平表達(dá)目標(biāo)蛋白質(zhì)：檢查目標(biāo)蛋白質(zhì)的表達(dá)譜，以確保它會(huì)在您樣品的細(xì)胞表達(dá)。如果有目標(biāo)蛋白低水平表達(dá)，增加裂解液的使用量。但是，這可能導(dǎo)致增加非特異性結(jié)合，所以開始免疫沉淀程序之前最好預(yù)先清除裂解液。
沒有足夠的抗體捕獲目標(biāo)蛋白:檢查抗體的建議使用量?？贵w濃度可能需要增加。
目標(biāo)蛋白沒有從珠子上洗脫:確保您使用的洗脫緩沖液是正確的，并且是洗脫蛋白質(zhì)所需的正確強(qiáng)度和pH值
抗體沒有結(jié)合免疫吸附磁珠:確保您使用的珠子與抗體亞型匹配。
使用的裂解液不正確:檢查說明書，看看抗體是否能檢測變性蛋白質(zhì)或天然蛋白質(zhì)，并確保使用正確的裂解液。
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