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CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA設(shè)計

大佬說,我只說一次,你自己要記住
以最火熱的p53為例

Step 1 先找p53基因序列

1. NCBI--輸入p53并選擇物種human:tumor protein p53 [Homo sapiens (human)]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

image.png
2. Ctrl+F,輸入sequence,快速定位(當(dāng)然其實拉下去就是了),點擊Genebank
image.png
3. 下載p53基因序列
4. 用SnapGene軟件打開序列,并簡單了解每個元件

最好是可以學(xué)一下SnapGene這個軟件的使用方法(有視頻),個人認(rèn)為,自行查資料理解每一個元件的含義和作用,可以幫助更快的補(bǔ)充背景知識。通過將散落的知識點集合起來,最后拼湊成自己的知識地圖。

image.png

那么,為什么看起來好像這些mRNA都一樣,怎么不只放一條完事了?不是滴。。。還有不一樣的mRNA。


image.png

在學(xué)生信的時候,聽到過一個詞,“可變剪接”,有了初步印象之后,在這里才算是實實在在看到了,我認(rèn)真的數(shù)了數(shù),mRNA畫了15條,TP53蛋白也畫了15條。那么我們可以理解為,TP53有15個亞型,當(dāng)然,每個亞型都有自己的mRNA。

Step 2 分析敲除位點(找到合適的敲除位置)

怎么樣才能通過盡量少的sgNRA數(shù)量,去敲除盡量多的TP53蛋白。既然是做knockout,那一定是要所有的亞型都不能表達(dá)。那么既然如此,就是要敲除掉這些亞型共有的區(qū)域,而且越前面越好(如果只敲除尾巴,TP53合成了半個身子,半個身子的TP53說不定也能起作用),另外,也不能敲除掉內(nèi)含子(說是,如果敲掉了,可能會形成進(jìn)的剪接,就有新的蛋白出現(xiàn))----知識點好伐~

1. 發(fā)現(xiàn)所有亞型共有區(qū)域
image.png
2. 查看詳細(xì)信息,得知第一個segment(片段)是從12417-12498,一共82 bp
image.png
3. 在Sequence中查看,復(fù)制一整個segment的堿基序列如下
image.png

segment堿基序列atggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgtgaggcgctgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatg

Step 3 設(shè)計sgRNA

首先,先附上鼎鼎大名的張峰實驗室提供的網(wǎng)頁 https://zlab.bio/guide-design-resources

1. 打開網(wǎng)頁,選擇網(wǎng)頁工具--博德研究所
image.png
2. 粘貼序列,一步到位
3. 查看結(jié)果
image.png

我沒有寫結(jié)果怎么查看,或者分析結(jié)果耶,因為。。。因為做到這里,真正想學(xué)的人,感興趣的人早就去看了。


4. 選擇目的序列

略略略,哈哈哈哈哈~~


點,好看~


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