腸肝軸 作為一個名詞1978年首次出現(xiàn)，是腸道和肝臟之間有一條非常重要的雙向交流通路。
簡單地說，就是物質(zhì)在腸道和肝臟之間來回往復(fù)的通路，是一種可以互相影響的“軸”。肝臟可以影響腸道尤其是腸道菌群，反過來腸道通過腸道菌群又來影響肝臟。
肝臟和腸道的交流渠道：肝臟把其合成的膽汁酸和其它生物活性物質(zhì)分泌到小腸上部，這些成分會沿著空腸、回腸、結(jié)腸這個通路往下走，在這個過程中，腸道（和腸道內(nèi)的微生物）則代謝內(nèi)源性的膽汁酸和外源性的其它物質(zhì)，然后再通過門靜脈吸收入血再重新流回到肝臟內(nèi)。如此往復(fù)循環(huán)。
在腸肝軸這個通路中，位于兩端的肝和腸道是通過膽管、門靜脈以及系統(tǒng)中介物來互相交流的。
一個完整的腸肝軸依賴于完整無缺的腸道屏障、健康的腸道菌群微生態(tài)系統(tǒng)和正常的肝臟功能。
肝臟的產(chǎn)物比如膽汁酸可以影響腸道菌群的組成和腸道屏障的完整性，而腸道因素又會反過來影響肝臟的膽酸合成、葡萄糖和脂肪代謝。
膽汁酸 是腸肝軸的一個主要角色，它是肝細胞以膽固醇為原料合成的。實際上，人體細胞自己也會合成膽固醇。沒有膽固醇，人體就沒有辦法好好地利用脂肪類物質(zhì)。在肝臟合成完畢之后它以初級膽汁酸的身份被釋放進入膽囊、繼而進入位于小腸上部的十二指腸，然后再流向空腸和回腸。
在這個過程中膽汁酸并不是空轉(zhuǎn)的，它的主要功能是協(xié)助脂肪以及脂溶性維生素的吸收。
食物中的脂肪類物質(zhì)、膽固醇和脂溶性維生素（比如維生素A、維生素K，維生素D，維生素E等等）都是借助于初級膽汁酸來協(xié)助吸收的。
沒有膽汁酸，人對脂肪類物質(zhì)的食欲就會大大下降。
伴隨著任務(wù)的完成，進入腸道的各種膽汁酸（包括初級膽汁酸、次級膽汁酸等等）有95%會被重吸收，然后再返回到肝臟被重新加以利用。
剩下的5%大部分會被結(jié)腸內(nèi)的腸道菌群代謝成膽烷酸，并隨著大便排出體外。
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