Cytoscape的功能集中于兩點(diǎn)，一個(gè)是展示蛋白/其他features間的網(wǎng)絡(luò)圖，一個(gè)使用app里的小工具分析，界面操作性相對(duì)簡(jiǎn)單(肯定比PS簡(jiǎn)單)。
官網(wǎng)
https://cytoscape.org/；搜索Cytoscape進(jìn)入官網(wǎng)。
軟件最好更新一下，因?yàn)椴煌浖姹?，相同按鈕的軟件中的位置不太一樣。
下載
直接點(diǎn)擊Download 3.7.1，可以下載最新版本。
軟件有點(diǎn)大，幾百M(fèi)。
安裝
JAVA安裝：java8是否已安裝？
如果沒(méi)有安裝或環(huán)境變量的配置等，安裝Cytoscape時(shí)候點(diǎn)擊提示出：是否安裝java，點(diǎn)擊是即可。其他默認(rèn)安裝就可以，可以更改安裝目錄。（但不建議瞎改）
界面其他鏈接
如圖。
open source：可以找到不同系統(tǒng)(mac/Linux/Wins)釋放的不同版本
Release Notes：找到釋放的不同版本
Samples Visualizations：展示出軟件可視化圖的類(lèi)型，讓你看看不同版本，軟件能做什么圖
cytoscape-tutorials：重點(diǎn)！
Cytoscape manual：可以查看Cytoscape的網(wǎng)頁(yè)端學(xué)習(xí)手冊(cè)
Cytoscape YouTube channel：你們可以試試能不能打開(kāi)
Documentation for users：可以獲得更多學(xué)習(xí)材料，如
3.x PDF Version：本地下載幫助手冊(cè)，目前3.6版本的手冊(cè)249頁(yè)?。。。ㄗ詫W(xué)）
其他軟件內(nèi)啟動(dòng)Cytoscape等
Cytoscape 的核心是網(wǎng)絡(luò)，簡(jiǎn)單的網(wǎng)絡(luò)圖包括節(jié)點(diǎn)（node）和線(xiàn)/邊/連接（edge）。
界面介紹
參數(shù)
全部適用于點(diǎn)/線(xiàn)的參數(shù)，我們可以稱(chēng)之為默認(rèn)參數(shù)。
根據(jù)某些屬性調(diào)節(jié)的參數(shù)帶來(lái)的漸變或者離散的變化（這個(gè)屬性，你可以在文件中自己添加一列）。
選中某些/個(gè)/條調(diào)節(jié)后適用的變化，如特定一條線(xiàn)型需要設(shè)置為波浪線(xiàn)。
Node調(diào)節(jié)的內(nèi)容
節(jié)點(diǎn)：就是線(xiàn)線(xiàn)焦點(diǎn)
形狀：圓型、正方形等
填充：Fill color
高度：Height
寬度：Width
邊界：節(jié)點(diǎn)周?chē)欠裨偻窟?，比如一個(gè)圓，如果邊界線(xiàn)全是灰色實(shí)線(xiàn)，現(xiàn)可調(diào)整為不同粗細(xì)線(xiàn)，不同顏色線(xiàn)，不同形狀線(xiàn)條的屬性。
描邊后的邊界形狀：比如虛線(xiàn)實(shí)線(xiàn)、波浪線(xiàn)
邊界顏色：漸變/離散顏色的屬性
邊界寬度：
標(biāo)簽
標(biāo)簽/字體的顏色、大小屬性
不常用：
在節(jié)點(diǎn)上添加圖片/表/誤差棒等數(shù)據(jù)：Image/Chart 1
節(jié)點(diǎn)透明度：Transparency
Edge調(diào)節(jié)的內(nèi)容
線(xiàn)的形狀：Line Type 可以設(shè)置全部，根據(jù)屬性設(shè)置漸變/篩選、或者設(shè)置某一條
線(xiàn)的寬度：Width
線(xiàn)的source形狀：Source Arrow Shape--是否有箭頭，默認(rèn)沒(méi)有，箭頭是何種形式線(xiàn)的source顏色：source Arrow Unselected Paint
線(xiàn)的target形狀：Target Arrow Shape
線(xiàn)的target顏色：默認(rèn)黑色，Target Arrow Unselected Paint
線(xiàn)的透明度：Transparency
線(xiàn)里的Label：
設(shè)置線(xiàn)內(nèi)的標(biāo)簽Label；好比節(jié)點(diǎn)內(nèi)能寫(xiě)字/標(biāo)簽，那線(xiàn)也是有空間的
這是線(xiàn)內(nèi)標(biāo)簽的顏色Label Color，大小Label Font Size
工具欄
大家自己加載示例網(wǎng)絡(luò)圖，可以隨便試一下工具欄的參數(shù)，這不做圖片的截圖介紹
快捷操作欄
直接上圖
網(wǎng)絡(luò)圖參數(shù)的設(shè)置
導(dǎo)入圖片后，需要設(shè)置target和source等參數(shù)；
下面展示了style里Node和Edge的部分設(shè)置，學(xué)會(huì)一個(gè)參數(shù)的三種變化的設(shè)置(即上面參數(shù)的介紹)，其他是相同的，只是功能不一樣，這里需要大家摸索，自己嘗試一下，就像摸索下載的一個(gè)美圖軟件一樣。
導(dǎo)入數(shù)據(jù)
Style介紹
Style設(shè)置也就是Cytoscape的核心設(shè)置。Style的默認(rèn)設(shè)置是第一排第二個(gè)紅框，可以選擇導(dǎo)入的格式；Properties可以勾選展示的設(shè)置選項(xiàng)，展示出來(lái)，即可進(jìn)行相關(guān)設(shè)置；最大的紅框即核心設(shè)置選項(xiàng)，包括了三部分設(shè)置，Node,Edge,network的設(shè)置（左下角進(jìn)行選擇），每一部分都是該部分的設(shè)置按鈕，需要重點(diǎn)學(xué)會(huì)！
Node設(shè)置示例
比如Node里的“Border paint”顏色，修改描邊顏色。
第一個(gè)按鈕白色是默認(rèn)描邊為白色。
第二個(gè)按鈕，點(diǎn)擊后就可以選擇Type屬性，根據(jù)文本里具有該列的屬性來(lái)設(shè)置，當(dāng)前選擇離散設(shè)置（Discrete Mapping），分別手動(dòng)設(shè)置三種Type設(shè)置為紅綠藍(lán)。
第三個(gè)按鈕，一般是對(duì)選擇部分進(jìn)行設(shè)置。
同樣的做法，如果你需要設(shè)置“Border Width”，也可以設(shè)置描邊的寬度，默認(rèn)是“0.0”，即第一個(gè)按鈕的設(shè)置；第二個(gè)按鈕設(shè)置Type屬性關(guān)聯(lián)部分描邊的Node，根據(jù)Type屬性來(lái)更改默認(rèn)，比如你可以設(shè)置具有Type1的Width為8，具有Type2的Width為8，具有Type3的Width為8，那么不具有Type屬性的Width為默認(rèn)0。第三個(gè)按鈕也是設(shè)置選擇的Node的邊，小伙伴們可以試一下~，反正我是沒(méi)需求測(cè)試過(guò)這個(gè)按鈕，Node的某一條性狀的設(shè)置我還可以用一下~~~~
Node的大小設(shè)置如下，通常我們不會(huì)再設(shè)置離散了，但是這樣得根據(jù)設(shè)置的屬性來(lái)判斷；通常不設(shè)置離散(也是英文Discrete)，是因?yàn)閷傩允菙?shù)值，而且有數(shù)字一般都是慢慢變大，這個(gè)有點(diǎn)類(lèi)似于數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀的一點(diǎn)區(qū)別；因此大小我們通常設(shè)置漸變，選擇“Continuous Mapping”
Edge設(shè)置示例
對(duì)節(jié)點(diǎn)之間的線(xiàn)條的設(shè)置，諸如顏色，可以在“Stroke Color”，對(duì)于漸變顏色的設(shè)置，雙擊進(jìn)去，再單擊你要修改的地方，就可以自己修改各種中間色。
對(duì)于線(xiàn)條寬度（Width），你也是可以設(shè)置的，這里不再贅述，同上；
其次，還可以在線(xiàn)條內(nèi)編輯信息（Label），同樣對(duì)于線(xiàn)條內(nèi)編輯的信息/字體的顏色（Label Color）和大?。↙abel Font Size）你也可以設(shè)置。
同樣，線(xiàn)條也是可以和Node一樣，設(shè)置透明度，范圍在0-255。
Network的設(shè)置
Network的設(shè)置，比如背景色，比如鼠標(biāo)選擇內(nèi)容的確定。
App功能的介紹
Cytoscape有很多小工具可以用來(lái)分析，但是需要先安裝，找到“工具欄的Apps”，搜索要安裝的小工具，點(diǎn)擊“Install”安裝功能即可。比如可以分析Go、KEGG，這里先不講解。（后面會(huì)單獨(dú)介紹各個(gè)APP）
windows電腦，按住ctrl鍵，左擊滑動(dòng)鼠標(biāo)可以選擇區(qū)域
對(duì)已經(jīng)選中的區(qū)域，再按住ctrl鍵，可以不選擇一些區(qū)域和節(jié)點(diǎn)
如果你想設(shè)置什么屬性給某些區(qū)域，加載文本的時(shí)候，自己手動(dòng)補(bǔ)進(jìn)去一列屬性給他一個(gè)這樣可被區(qū)別對(duì)待的信息就好了
還有select等里對(duì)齊功能，上下對(duì)齊，水平對(duì)齊等
保存網(wǎng)絡(luò)圖，可以存成PDF，還可以存成.cys格式，保存下來(lái)已經(jīng)存在的修改，方便下次進(jìn)入繼續(xù)修改等
導(dǎo)入數(shù)據(jù)還可以導(dǎo)入選擇的數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)，比如你搜索一個(gè)TP53，找到想導(dǎo)入的數(shù)據(jù)庫(kù)，導(dǎo)入即可分析。
下面的鏈接選擇性觀看：
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/UserManual
http://apps.cytoscape.org/
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats
http://www.nature.com/nprot/journal/v2/n10/box/nprot.2007.324_BX1.html
http://www.cytoscape.org/download.php
聯(lián)系客服
