首先簡單介紹一下BioRxiv: 它由非營利的研究和教育機構(gòu)冷泉港實驗室在2013年發(fā)起并運維，將其作為一種促進學術(shù)交流的方法，目前只接收英文手稿。由于不需要同行評審，所以耗時短。只要你的文章通過了攻擊性和/或非科學性、剽竊抄襲等基本篩查即可發(fā)表。BioRxiv不是雜志，所以沒有影響因子。當你將手稿提交到BioRxiv后，你可以收到同行的反饋意見。手稿可以在提交雜志之前或雜志評審階段發(fā)布在BioRxiv上，但如果已被雜志接收，則不應發(fā)布。在期刊正式接受文章之前，作者可以隨時通過點擊作者區(qū)域內(nèi)的“提交修訂”來提交文章的修訂版本。一旦發(fā)布到biorxiv上，文章就可以引用，因此無法刪除。
BioRxiv有如下幾點優(yōu)勢：1）可以盡早地公開自己的發(fā)現(xiàn)，當你的手稿在線發(fā)表在BioRxiv后，BioRxiv會顯示發(fā)表時間，這可以避免以下尷尬：在這漫長的投稿-發(fā)表過程中，你的競爭者捷足先登，在雜志上發(fā)表了和你類似的發(fā)現(xiàn)，這可能會打亂你原來的發(fā)表計劃，轉(zhuǎn)投其他雜志，或者再補充新的數(shù)據(jù)超越前者。而BioRxiv因為其時效快，48小時內(nèi)即可顯示，可以作為先后順序的證據(jù)，或引導你和競爭者背靠背發(fā)表。2）發(fā)表在BioRxiv上的文章也可以作為申請基金或者崗位的籌碼，大多數(shù)研究資助者開始將預印本“合法化”。目前，英國醫(yī)學研究理事會、NIH以及霍華德·休斯醫(yī)學研究所都鼓勵受資助者在基金申請書中引用預印本，而不只是經(jīng)過同行評議的論文。陳和扎克伯格基金會（CZI）甚至要求受資助者在論文被提交給期刊的同時發(fā)表預印本。
作為當下生物領域最大的預印本發(fā)行服務，BioRxiv的流行度如何呢？哪個專業(yè)的文章發(fā)表最多呢？發(fā)表在BioRxiv上的文章最終發(fā)表在哪些雜志上了？這些文章的引用率和下載量如何呢？明尼蘇達大學的Ran Blekhman 和Richard J.Abdill就這些問題對2013-2018年11月的37,648篇文章進行了數(shù)據(jù)分析，他們發(fā)現(xiàn)發(fā)表在BioRxiv的文章量呈逐年逐月遞增趨勢（圖1a），下載量也成遞增趨勢（圖1b），同時選擇發(fā)表在BioRxiv的作者數(shù)目也在增加（圖1c）。其中2018年投稿數(shù)目為18,825，比之前四年的總合還多，這里面神經(jīng)科學和生物信息學方向的文章數(shù)目和比重最高，分占一二席。單2018年10月就有2,000投稿量。下載量方面，單篇文章的下載量中位數(shù)是279，其中基因組學的單篇下載量中位數(shù)最高，為496，但由于神經(jīng)科學文章量最多，使其在下載總量方面于2018年10月首次超過生物信息學。目前已有十萬六千多作者在BioRxiv上投稿，2018年新增了84,000作者。這些數(shù)據(jù)都顯示 BioRxiv越來越被認可。
圖1.BioRxiv的累積投稿量、下載量及投稿作者數(shù)目。a)投稿量的整體趨勢。b) 總下載量的整體趨勢。c)每年向BioRxiv投稿的新增作者數(shù)及總作者數(shù)。
那么這些預印本手稿的發(fā)表情況如何呢？如果手稿已發(fā)表在雜志上，BioRxiv網(wǎng)站會在文章題目下方給出手稿發(fā)表雜志的鏈接，參照這一數(shù)據(jù)，迄今為止已有42%的文章被發(fā)表。其中進化生物學發(fā)表率最高，神經(jīng)科學發(fā)表數(shù)目最多（圖2）。不過這一統(tǒng)計結(jié)果有個小問題，因為有些預印本在發(fā)表過程中改變了名稱，所以實際上這一數(shù)據(jù)更高，并且2017年以前上傳的預印本發(fā)表率基本上在60%以上， 2018年的發(fā)表率約為20%，拉低了平均水平，但也可以理解，畢竟2018年新上傳的手稿需要足夠時間發(fā)表。
圖2. 不同專業(yè)領域預印本發(fā)表的比例（b）和數(shù)目（c）
另一個大家比較關注的問題是：預印本都去哪兒了？發(fā)表在什么雜志上了呢？數(shù)據(jù)顯示這些文章最終發(fā)表在1,531種不同雜志上，其中Scientific Reports 發(fā)表了最多（828），其次是elife(750)和PLOS ONE（741）(圖3)。雖然數(shù)目不多，還是有預印本發(fā)在高影響因子雜志上，如：至2018年11月，已有35篇文章發(fā)表在Cell上。那么這些文章的發(fā)表周期如何呢？作者統(tǒng)計了從預印本上傳日期和雜志發(fā)表日期的時間間隔，發(fā)現(xiàn)發(fā)表周期中位數(shù)是5.5個月，75%的雜志能在8個月內(nèi)發(fā)表，90%的雜志能在一年內(nèi)發(fā)表，而最長記錄是三年七個月。Nature Genetics的中位發(fā)表周期最長，約9個月；G3雜志最短，約4個月。
圖3.預印本的雜志發(fā)表情況：發(fā)表在Scientific Reports、elife、PLOS One雜志上的預印本數(shù)目最多
預印本的下載量可以表征該預印本的受關注程度。作者結(jié)合雜志影響因子和預印本下載量發(fā)現(xiàn)，高下載量的文章通常也發(fā)表在高影響因子雜志上，具有較高的正相關性（圖4）。發(fā)表在Nature Methods和Nature Genetics雜志上的預印本單篇下載量最高，而PLOS ONE上單篇下載量最低.
圖4.發(fā)表在不同雜志上的預印本的單篇文章下載量。中間框顯示雜志影響因子與其預印本中位下載量的關系。
最后作者安利了他們自己設計的Rxivist網(wǎng)站：https://rxivist.org/。其最大優(yōu)勢是幫讀者篩選和過濾感興趣的或最受關注的文章。基于Twitter轉(zhuǎn)載量和總下載量了解興趣領域近期（Twitter）或一段時間內(nèi)（總下載量）最受關注的預印本。
