小提琴圖，現(xiàn)在是越來(lái)越火了！
在17年11月寫(xiě)《小提琴圖的畫(huà)法》一文時(shí)，想找小提琴圖相關(guān)的材料都很費(fèi)勁，而今天已經(jīng)是隨處可見(jiàn)！感覺(jué)能用箱型圖展示的數(shù)據(jù)都已改用小提琴圖展示。這也歸功于能繪制小提琴圖工具越來(lái)越多。
除了可以用R包（如vioplot，ggplot2等），OmicShare在去年5月份推出了小提琴圖工具，之后約半年后，傳統(tǒng)的科研作圖軟件Origin和GraphPad Prism也先后在其最新的版本中加入了小提琴圖繪制功能。
之前的文章《如何用Origin繪制分邊小提琴圖》已經(jīng)介紹過(guò)Origin2019繪制小提琴圖的方法，我接著為大家介紹如何用GraphPadPrism 8.0繪制小提琴圖。本文所用的軟件版本為Graphpad Prism 8.0（官網(wǎng)：https://www.graphpad.com/）。
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
打開(kāi)軟件后，通過(guò)雙擊窗口灰色區(qū)域或點(diǎn)Prism(棱鏡)的小三角，新建工程文件，如下圖。
在彈出的向?qū)ы?yè)面選擇表格類(lèi)型，如本文用到的數(shù)據(jù)為單列數(shù)據(jù)（4個(gè)Marker gene在30個(gè)細(xì)胞中的表達(dá)量），表格類(lèi)型選Column，Data table選enteror import data…，Options選第1項(xiàng)（如下圖）。Prism的表格中的數(shù)據(jù)組織是要求非常嚴(yán)格的，正確的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是作圖成功的關(guān)鍵。
接下來(lái)將數(shù)據(jù)粘貼到表格中，雙擊表格的名字(默認(rèn)Data 1)改為Expression，如下圖，類(lèi)似Excel，Prism數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)以多列的“寬”數(shù)據(jù)為主。
表格數(shù)據(jù)填完后，圖表繪制已基本上“完成”了，只需點(diǎn)左側(cè)導(dǎo)航欄中Graphs菜單下的Expression（與Data Tables下的表格同名），然后選擇圖表類(lèi)型為Box and violin即可看到繪制結(jié)果，見(jiàn)下圖。
圖表調(diào)整
如果不喜歡“矮胖”的寬圖表，可以雙擊坐標(biāo)軸設(shè)置圖表的比例，在Frame and Origin選項(xiàng)卡下將Shape由默認(rèn)的Wide改為Square（方形），如下圖。當(dāng)然也可以設(shè)置圖表的寬和高，或者用鼠標(biāo)選中坐標(biāo)后改變坐標(biāo)軸的長(zhǎng)度。還可以改變坐標(biāo)軸的粗細(xì)、顏色、標(biāo)簽字體、顏色等。
如果不喜歡黑白的圖，可以通過(guò)Change菜單或Change Colors按鈕對(duì)表標(biāo)的進(jìn)行的自定義顏色調(diào)整，Prism也內(nèi)建許多模板，可以選擇自己喜歡的樣式（見(jiàn)下圖）。雙擊圖表和坐標(biāo)軸的標(biāo)題可以進(jìn)行內(nèi)容修改。
得到的初始效果如下圖：
雙擊圖形表上的圖形“小提琴”，可對(duì)不同Data set的“小提琴”進(jìn)行個(gè)性化調(diào)整，比如調(diào)整輪廓粗細(xì)，使用單一的填充顏色，隱藏中位線、四分位線（將顏色的透明度設(shè)為100%）等。如下：
Plot:這里選Violin plotonly，你也可選擇帶有散點(diǎn)的小提琴圖，這里不做演示。得到的單色小提琴圖如下：
圖表導(dǎo)出
通過(guò)File \ Export Graph 導(dǎo)出所需格式的圖片，如下圖，前5種是矢量圖格式，無(wú)需設(shè)置dpi。最后，建議通過(guò)File\ Save保工程文件，以便反復(fù)調(diào)整。
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