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George Church:CRISPR革命的下一站

George M. Church是哈佛醫(yī)學(xué)院著名的遺傳學(xué)教授、Wyss研究所的核心成員,被譽(yù)為是個(gè)人基因組學(xué)和合成生物學(xué)的先鋒。1984年,Church和 Walter Gilbert發(fā)表了首個(gè)直接基因組測(cè)序方法,一些策略現(xiàn)在仍應(yīng)用在二代測(cè)序技術(shù)中。此外,他還發(fā)明了多重化分子技術(shù)和條碼式標(biāo)簽,并作為納米孔測(cè)序技術(shù) 的發(fā)明者之一。

2014年9月,George M. Church教授領(lǐng)導(dǎo)哈佛醫(yī)學(xué)院的團(tuán)隊(duì),開(kāi)發(fā)了單分子互作測(cè)序(SMI-Seq)技術(shù),該技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)單分子水平上的并行分析,獲得大量蛋白質(zhì)的互作圖譜。相關(guān)閱讀:遺傳學(xué)大牛Nature發(fā)表新技術(shù):?jiǎn)畏肿踊プ鳒y(cè)序。隨后的11月,他領(lǐng)導(dǎo)哈佛醫(yī)學(xué)院的團(tuán)隊(duì),在人iPS細(xì)胞中進(jìn)行了CRISPR基因編輯。他們將全基因組測(cè)序和靶向深度測(cè)序結(jié)合起來(lái),鑒定了Cas9編輯iPS細(xì)胞時(shí)的脫靶效應(yīng),還鑒定了一個(gè)影響Cas9特異性的單核苷酸變異(SNV)。這項(xiàng)研究發(fā)表在Nature Communications雜志上。

就基因表達(dá)而言,人們主要還是一次研究一個(gè)基因。去年3月,哈佛大學(xué)Wyss研究所的研究人員在George Church的領(lǐng)導(dǎo)下利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)開(kāi)發(fā)了一種革命性技術(shù)。該技術(shù)可以揭示一連串基因回路對(duì)生物過(guò)程的影響,也可以精確指導(dǎo)干細(xì)胞分化,生成再生醫(yī)學(xué)所需的移植器官。相關(guān)閱讀:著名遺傳學(xué)家獲重要突破:Cas9隨心所欲地激活基因。隨后的7月份,該研究小組開(kāi)發(fā)出了一種預(yù)測(cè)軟件,可以準(zhǔn)確找出最有效的方法利用CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)基因打靶。這項(xiàng)重要的研究成果發(fā)布在《自然方法》(Nature methods)雜志上。

2016年6月1日,George Church以通訊作者身份,在國(guó)際著名期刊《The FEBS Journal》發(fā)表題為“Next stop for the CRISPR revolution: RNA guided epigenetic regulators”的綜述文章,暢談CRISPR這項(xiàng)革命性技術(shù)的下一站:RNA引導(dǎo)的表觀遺傳學(xué)調(diào)節(jié)因子。

CRISPR和CRISPR相關(guān)的Cas蛋白,為便宜的,可編程的、和有效的序列特異性DNA打靶,提供了一個(gè)突破性的平臺(tái)。CRISPR-Cas 系統(tǒng)通過(guò)它天然的核酸酶活性,被自然裝備到靶向DNA上。因此,致力于各種各樣生物的研究小組,迅速采用該技術(shù),開(kāi)創(chuàng)性地應(yīng)用到20多個(gè)不同物種的基因組 序列編輯當(dāng)中。然而,生命的生物學(xué)代碼不僅編碼在遺傳學(xué)中,而且也編碼在表觀遺傳學(xué)中。

雖然基因序列編輯是一種強(qiáng)大的能力,但是,我們必須也能夠編輯和調(diào)控轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳學(xué)代碼。受到早期序列特異性靶向技術(shù)(例如ZFs和TALEs)的啟發(fā),研究人員迅速將CRISPR-Cas9工具箱擴(kuò)展到包括轉(zhuǎn)錄激活、抑制和表觀遺傳學(xué)修飾。

在這篇綜述文章中,作者突出強(qiáng)調(diào)了將CRISPR-Cas9工具箱擴(kuò)展用于轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳學(xué)調(diào)控所取得的進(jìn)展,也討論了這些工具的最佳實(shí)踐指南,以及對(duì)于其的未來(lái)應(yīng)用做了展望。

綜述最后,作者總結(jié)道,CRISPR和Cas9為基礎(chǔ)的工具,已經(jīng)滿足了基因組編輯以及表觀遺傳學(xué)調(diào)控所需要的一個(gè)有效的、可編程的、容易使用的平 臺(tái)。因此,這個(gè)領(lǐng)域正在快速發(fā)展,并快速發(fā)現(xiàn)新的方法來(lái)適應(yīng)這個(gè)系統(tǒng),以及發(fā)現(xiàn)新的規(guī)則來(lái)提高這些工具的效率。這些工具開(kāi)辟了快速大規(guī)?;蚪M掃描以發(fā)現(xiàn) 功能獲得和功能缺失的可能性,以前所未有的深度和精度繪制出功能性網(wǎng)絡(luò)。

雖然基于CRISPR的轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳學(xué)調(diào)節(jié)因子,還有幾個(gè)方面仍有待于表征,例如這些工具的相對(duì)優(yōu)勢(shì)、脫靶活性的確切水平以及體內(nèi)傳遞這些工具的能力。但是,研究人員仍然預(yù)見(jiàn)到將有許多激動(dòng)人心的應(yīng)用,例如通過(guò)調(diào)節(jié)內(nèi)源性位點(diǎn)上的表 達(dá),探測(cè)新類別的非編碼基因功能,以及應(yīng)用于人類基因治療的新范式。

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