總分機構(gòu)的稅款計算繳納相當(dāng)繁雜，在這里簡要說一下。
（1）經(jīng)批準后匯總納稅的，由總公司匯總計算，分公司按照規(guī)定的分成比例在當(dāng)?shù)乩U納增值稅。
（2）不是匯總納稅的，分公司自己核算并在當(dāng)?shù)乩U納增值稅。
如某總公司是增值稅匯總納稅企業(yè)，實現(xiàn)的收入是1億元，一個分公司實現(xiàn)的收入1千萬元，總公司匯總計算后應(yīng)繳納的增值稅稅款是500萬元，那么按收入所占比例，分公司要在當(dāng)?shù)乩U納的增值稅=500×（1000÷10000）=50萬元。
企業(yè)所得稅法實行的是法人所得稅制，匯總納稅企業(yè)實行統(tǒng)一計算，由總公司進行繳納。
（1）總分公司都在一個省的，總分公司如何分攤企業(yè)所得稅由省稅務(wù)局決定。很多地方都是由總公司繳納，分公司不在當(dāng)?shù)乩U納企業(yè)所得稅。
（2）總分公司是跨省市的，總分機構(gòu)分攤計算繳納企業(yè)所得稅的方法是：
總機構(gòu)分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納所得稅額×50％
所有分支機構(gòu)分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納所得稅額×50％
也就是匯總計算出來的企業(yè)所得稅，總公司在當(dāng)?shù)乩U納一半，其它的分公司等分支機構(gòu)合計占一半。
在具體到某個分公司繳納企業(yè)所得稅時，要先計算它的分攤比例，主要是按照上年度分支營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算比例，相應(yīng)的權(quán)重分別為：0.35、0.35、0.3，那么計算分攤比例的公式如下：
某分支機構(gòu)分攤比例=（該分支機構(gòu)營業(yè)收入÷各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+ （該分支機構(gòu)職工薪酬÷各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35 + （該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額÷各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30。
分公司按照自己的分攤比例，再計算分攤的稅款，公式如下：
某分支機構(gòu)分攤稅款=所有分支機構(gòu)分攤稅款總額×該分支機構(gòu)分攤比例
=匯總納稅企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納所得稅額×50％ ×該分支機構(gòu)分攤比例
舉例說明：某總機構(gòu)計算當(dāng)期的企業(yè)所得稅需要繳納1000萬元，某分支機構(gòu)的分攤比例經(jīng)計算后為20%，那么該分支機構(gòu)需要在當(dāng)?shù)乩U納的企業(yè)所得稅=1000×50％×20％=100萬元。
個人所得稅，以支付所得的單位或個人為扣繳義務(wù)人。如果員工工資薪金是分公司支付的，應(yīng)由分公司代扣代繳個人所得稅。如果員工工資是由總公司直接支付的，應(yīng)由總公司代扣代繳個人所得稅。這個就不舉例說明了。
