影響很深遠，實際上“國本之爭”已經(jīng)不再是單純的該擁立朱常洛還是朱常洵為太子的爭論，它演變到后期已經(jīng)發(fā)展成為“臣子和皇帝”的勢力角逐，影響了后面三位皇帝的政治格局，君權(quán)至上的年代皇帝的權(quán)力是不是真的毫無制衡？而大臣是不是真的一切都要以皇帝馬首是瞻？
“國本之爭”實際上給出了答案，它的意義是非凡的，我們都知道明清兩朝是君主集權(quán)的最高峰，皇帝的權(quán)力達到了前所未有的高度，但是在一切大事都需要皇帝予以裁決的情況下，萬歷皇帝卻無法逾越禮制把朱常洵設(shè)為太子，這說明臣子也有他們的底線，皇帝也并非可以為所欲為。
“國本之爭”前前后后持續(xù)十五年才落下帷幕，最終以萬歷皇帝的妥協(xié)而結(jié)束，并且還是在李太后的干預下，朱常洛最終才被冊封為太子，這預示著君權(quán)實際上已經(jīng)被削弱，明朝的文官的力量無形間得到了壯大，形成“君弱臣強”的局面。
明朝官僚最大的群體就是“東林黨”，但是我們可以透過嘉靖皇帝的“大禮議”事件得到啟發(fā)，嘉靖皇帝通過鐵腕手段強力打壓群臣，君權(quán)贏得勝利，讓嘉靖在二十年不上朝的情況下依然可以強而有力的掌控群臣。但萬歷皇帝的妥協(xié)卻意味著群臣擁有了逼迫皇帝妥協(xié)的資本和底氣，因此，自萬歷皇帝以后，裁決權(quán)實際上已經(jīng)從皇帝手中被分流了一部分至臣子手里，在很多問題上皇帝無法按照自己的意愿做出決定，也就不難怪崇禎皇帝死的時候為什么說“然皆諸臣誤朕”。
在“國本之爭”期間，還發(fā)生了著名的“宮廷三大案”，這三大案的源頭是“國本之爭”，不過這三大案的本質(zhì)卻是以鄭貴妃為首的后宮勢力、皇帝以及大臣三方力量的相互角逐。“國本之爭”的主角明光宗朱常洛登基僅僅一個月就因吞食“紅丸”而駕崩，明光宗的死實際上就是因為群臣耽誤病情導致，這其中當然也有鄭貴妃的影子。
如果說“宮廷三大案”是后宮鄭貴妃為了進一步獨攬后宮權(quán)力，甚至培養(yǎng)李選侍進一步染指朝政，那么在同后宮勢力對抗的過程中，整個明朝群臣的勝利雖然進一步捍衛(wèi)了君權(quán)，但實際上更進一步的增強了群臣的政治力量，而這又導致天啟皇帝利用宦官來鉗制文官群體，但是卻又讓宦官做大。
“國本之爭”從萬歷皇帝開始，它的影響一直持續(xù)到明朝滅亡才結(jié)束，使得明朝的政治越發(fā)腐敗和無能，國家大事逐漸淪為政治角逐的斗爭，從而讓明帝國一步步走向滅亡。
“國本之爭”對明朝的影響必然是深遠的，它從根本上動搖了這個帝國的政治穩(wěn)定和平衡，由此使明朝晚期進入愈演愈烈的黨爭之中，從此朝綱敗壞，國家大事束之高閣，或淪為政治角逐的意氣之爭。
可以說，明朝滅亡的原因之一中，“國本之爭”帶來的后續(xù)影響占據(jù)了一個很重要的原因。
鄭貴妃是明神宗朱翊鈞（萬歷皇帝）的妃嬪，是他最寵愛的妃子，育有二子二女，福王朱常洵便是鄭貴妃所生。所謂的“鄭貴妃之禍”是指發(fā)生在萬歷年間，長達幾十年的“國本之爭”。
在鄭貴妃進宮之前，萬歷帝可以說對后宮中的女人都沒什么興趣，但就在一次給太后請安后，一時興起寵幸了太后宮中的一名宮女王氏，這次的寵幸王氏成功的懷上了皇子，即后來的明光宗朱常洛，王氏也被冊封為恭妃。這事太后高興壞了，朱常洛是萬歷帝的第一個孩子，也是她的第一個孫子?？此茪g喜的結(jié)果，實際上卻埋下了悲劇。
就在朱常洛出生這一年，鄭氏入了萬歷帝的眼，得了萬歷帝的殊寵，不到三年的時間，從淑嬪一躍成為了貴妃，還生下了皇三子朱常洵，反觀生下皇長子的王恭妃卻被萬歷帝拋諸腦后。在朱常洵出生之前，就有朝臣建議萬歷帝盡早立太子，可是萬歷帝不想立自己不喜歡的女人所生的孩子為太子，就百般推脫。朱常洛5歲時，王恭妃還未晉封，而這頭鄭貴妃一生下朱常洛，萬歷帝就把她晉封為皇貴妃，這讓大臣們認為萬歷帝準備廢長立幼（明朝奉行冊立長子為太子的原則）。于是萬歷帝與朝臣之間的“國本之爭”就此拉開序幕。
這場皇帝與大臣之間的爭吵，一吵就吵了15年，這中間無數(shù)大臣被斥被貶被杖打，萬歷帝更是松懈朝政，長達30年不上朝，各地缺官嚴重，與朝廷的運行造成了極大不良的影響，使得晚明的政局混亂不堪。
鄭貴妃，萬歷十年三月選美入宮的“九嬪”之一，初封淑嬪，萬歷專寵了幾十年。
鄭貴妃多產(chǎn)，為萬歷生了皇子兩位和公主兩位。為人聰明機警，善識人心。入宮三年就由淑嬪升到德妃，最后升為貴妃。1586年生下皇子朱常洵，但萬歷有長子朱常洛，根據(jù)《明皇祖訓》確立嫡長子繼承制度，皇位只能由朱常洛繼承。
萬歷卻更喜歡朱常洵，于是有了“國本之爭”。
萬歷與大臣上演了最激烈的斗爭。從加封皇貴妃到三王并封，萬歷贏了第一局。而李太后的一句“別忘了，你也是宮女生的！”將朱常洛送上了皇太子之位。
由于萬歷的寵愛使其膽大妄為，后來的“明宮三案”都有鄭貴妃的身影。她一世苦心經(jīng)營只為大明后位和自己兒子的皇位，最終敗給了始終堅守道義名節(jié)的士大夫和大明堅不可摧的立國綱紀。
經(jīng)歷了由鄭貴妃引起的“爭國本”“明宮三案”明朝以呈現(xiàn)衰跡。
