拿破侖在攻占了埃及開羅之后，立即像一個蘇丹一樣開始發(fā)號施令。他發(fā)表了第二次告埃及人民書，聲稱埃及已經被法軍所解放，埃及人民應該和法軍親善。他像攻占意大利之后那樣，扶植順從法軍的當地人組織傀儡政權，他還讓法國人成為埃及總督，負責傀儡政府的監(jiān)察和稅收。
然而在拿破侖準備在埃及大展宏圖的時候，他卻遇到了一連串的打擊。英國將領納爾遜所率領的艦隊對拿破侖的海軍部隊以沉重一擊。開始法軍艦隊已經發(fā)現了英國艦隊，但是對面只有11艘74門大炮軍艦、1艘50門大炮軍艦和一個普通三桅船所組成的小型艦隊，所以法軍把對方當回事。當晚的8點，英國的主力艦隊趁著夜色偷偷地抵擋了亞歷山大港，而此時的法軍依然認為對方沒能力對自己進行進攻，即使進攻也只會在第二天，所以放松了戒備。
因為法國人的大意，英軍得意順利的去偷襲法軍軍艦，短時間內就對法軍艦隊造成了巨大的殺傷。法國艦隊司令布呂埃斯數次負傷仍然堅持指揮戰(zhàn)斗，直至犧牲?？尚Φ氖?，法軍即使是在被偷襲的情況下仍然能有翻盤的希望，因為停泊在港口岸邊的右翼艦隊從始至終幾乎沒有參加任何戰(zhàn)斗，直到最終已經分出勝負的時候，維爾涅夫才慢悠悠率領艦隊地趕來象征性的開了幾炮就逃走了。這就是阿布基爾海戰(zhàn)的主要經過。法軍傷亡慘重，死傷3000余人，逃回亞歷山大的有3500人，這其中900名傷員還是被英國遣返的，7艘主力軍艦被英軍俘虜，而英軍僅傷亡800人。自此拿破侖與歐洲之間的聯系被英軍徹底切斷。
同時，原本親善法國的土耳其被法軍偷襲埃及的行為所震怒，正式向法國宣戰(zhàn)。此時的拿破侖為了爭取當地人的支持與土耳其人的諒解，爭取和談，開始宣稱自己已經皈依了伊斯蘭教，并穿著穆斯林的服裝到清真寺去做禮拜。但是這改變不了法軍是侵略者的本質。埃及人民對法軍的大肆劫掠深感不滿，全國各地掀起了反法浪潮，開羅人民組織起武裝起義殺死了法軍衛(wèi)戍部隊司令杜布。絕大部分的法軍因為埃及人的襲擊而無法離開軍營半步。
盡管在拿破侖的指揮下，法軍最終通過屠殺的手段鎮(zhèn)壓了起義，但是他已經失去了在埃及的根基，他既得不到歐洲大本營的支援也得不到當地人的支持，并且軍心渙散，士兵們因為思念家鄉(xiāng)和恐懼總想著卷起軍旗逃跑。與此同時，法國政府也葬送了打敗第一次反法同盟的大好局勢，由英國、俄國、土耳其、奧地利、那不勒斯等國組成第二次反法同盟，形勢岌岌可危。
