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轉(zhuǎn)自 小丫畫圖

【提出問題】

A vs B顯著，C vs D顯著，AB vs CD也顯著?？墒?，當(dāng)我把ABCD畫到一張圖上時(shí)，問題出現(xiàn)了：

由于AB的柱子遠(yuǎn)高于CD，A跟B、C跟D看起來就沒啥區(qū)別了，而且CD還被壓成了肉餅。這可怎么辦？

【解決方案】

小丫畫圖群里的小伙伴分享了他的好辦法：斷開Y軸?？葱Ч桑?/p>

*p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001

Figure 5. LC-MS analysis of sterols and lipids in WT and fenΔ/Δ cells. 

出自Jiaxin Gao, Haitao Wang, Zeyao Li, Ada Hang-Heng Wong, Yi-Zheng Wang, Yahui Guo, Xin Lin, Guisheng Zeng, Yue Wang & Jianbin Wang. (2018) Candida albicans gains azole resistance by altering sphingolipid composition. Nature communications. Oct 29

剛剛online，終于可以拿出來秀啦！

小伙伴嘗試了n種方法，才找到這個(gè)函數(shù)：gap.barplot，函數(shù)作者：金子哦。

【特點(diǎn)】

1. 簡(jiǎn)單易用，一行代碼就能實(shí)現(xiàn)

gap.barplot(dt, y.cols = 2:4, sd.cols = 5:7, col = cols, brk.type = brkt, brk.size = 0.6, brk.lwd = 2, max.fold = 5, ratio = 2, cex.error = 0.3)

2. 可以自己設(shè)置斷點(diǎn)位置、比例、形狀、長度，還能自動(dòng)計(jì)算合適的斷點(diǎn)位置；

3. 函數(shù)注釋清晰，方便修改、靈活運(yùn)用。

【寫給小白的初級(jí)模仿指南】

1. 打開網(wǎng)頁：https://blog.csdn.net/u014801157/article/details/24372371

2. 把紅色箭頭所指的方框里的代碼復(fù)制粘貼到文本文件，保存到當(dāng)前文件夾，文件名為gap.barplot.R

3. 在R里面輸入：

source("gap.barplot.R")

4. 把藍(lán)色箭頭所指的方框里的代碼復(fù)制粘貼到R里運(yùn)行

就畫出示例圖啦！

怎樣用你自己的數(shù)據(jù)畫出這樣的圖？

【寫給小白的代碼套用方法】

1. 導(dǎo)出示例數(shù)據(jù)

作者的示例數(shù)據(jù)保存在dt里，運(yùn)行下面這行，把它保存到txt文件里

write.table(dt,"easy_input.txt", sep = "\t", quote = F, row.names = F)

用Excel打開，看懂格式：

第一列Ozone是sample ID，第2到4列是三個(gè)指標(biāo)的均值，第5到7列對(duì)應(yīng)前面三個(gè)指標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)差。

2. 替換成自己的數(shù)據(jù)

用你自己的數(shù)據(jù)依次替換easy_input.txt里的sample ID、均值和標(biāo)準(zhǔn)差。

3. 在R里運(yùn)行下面這段代碼：

source("gap.barplot.R")dt <- read.table("easy_input.txt", header = T, as.is = T) #讀入自己的數(shù)據(jù)
cols <- c("#223D6C","#D20A13","#FFD121") #自定義顏色
gap.barplot(dt, y.cols = 2:4, #均值所在的列            sd.cols = 5:7, #標(biāo)準(zhǔn)差所在的列            col = cols, #bar的顏色            brk.type = "normal", #y軸斷點(diǎn)的類型            brk.size = 0.6, #斷點(diǎn)標(biāo)記線的長度            brk.lwd = 2, #斷點(diǎn)標(biāo)記線的線寬            max.fold = 5, #自動(dòng)計(jì)算斷點(diǎn)時(shí)最大值與下方數(shù)據(jù)最大值的最大倍數(shù)比            ratio = 2, #斷裂后上部與下部y軸長度的比例            cex.error = 0.3) #誤差線相對(duì)長度

圖就出來啦！

【怎樣畫成發(fā)表級(jí)】

上面的代碼實(shí)現(xiàn)了斷開Y軸的基本功能，只能算初稿，需要精心修改調(diào)試，才能達(dá)到發(fā)表級(jí)，就像上面paper里的Figure 5那樣。

順便欣賞一下paper里的Figure 4：

Fig. 4 Genetic screens for fluconazole-resistant mutants. 

第n次感慨一下！這家伙畫的圖真是美??！