高通量測(cè)序火了不止一年兩年，很多時(shí)候我們都是先找到自己心儀的相關(guān)基因，然后進(jìn)行下游靶基因的驗(yàn)證。其實(shí)，我們還可以往上游做，以豐富機(jī)制研究的深度，也就是查找基因的啟動(dòng)子以及轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)。今天，我們就來嘮嘮轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)分析吧~
轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，在動(dòng)植物的生長(zhǎng)發(fā)育及其對(duì)外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用，已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)，其功能分析是重要的研究?jī)?nèi)容之一。因此我們可以通過轉(zhuǎn)錄因子注釋，或者可通過表達(dá)量聚類分析，篩選出關(guān)注生物學(xué)問題過程中起主要調(diào)控作用的一些轉(zhuǎn)錄因子。并且可以結(jié)合WGCNA鑒定的基因模塊，篩選關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在基因模塊中是否為hub gene，并通過預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因（MEME），篩選出基因模塊中的靶基因，建立以轉(zhuǎn)錄因子為hub gene的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的文章有很多，例如2015年發(fā)表在Proc Natl Acad Sci的一篇文章，作者通過玉米種子吸水膨脹不同階段的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，鑒定玉米子葉發(fā)育各階段相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子（TF）其靶向位點(diǎn)（TFBS）。百邁客成功案例也有類似的文章，比如2016年發(fā)表在Plant Cell Physiol上的一篇文章，介紹的是異源表達(dá)DREB轉(zhuǎn)錄因子（AtDREB1A）提高轉(zhuǎn)基因丹參抗旱性的調(diào)控機(jī)制。
如何簡(jiǎn)便快捷進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子注釋研究呢？
同志們，福利來了~百邁客云（BMKCloud）免費(fèi)為您提供轉(zhuǎn)錄因子注釋工具，助力各位科研君進(jìn)行深度的數(shù)據(jù)挖掘！
情景一：如果您在我們公司有做項(xiàng)目，那結(jié)題報(bào)告和分析結(jié)果將會(huì)在百邁客云（BMKCloud）上進(jìn)行展示，您可在測(cè)序項(xiàng)目中直接進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子。
操作步驟：
登錄百邁客云首頁（www.biocloud.net）——我的項(xiàng)目——報(bào)告——基因結(jié)構(gòu)挖掘——轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)，選擇對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)庫（植物or動(dòng)物），點(diǎn)擊提交即可。
就是這么easy!
情形二：利用免費(fèi)小工具進(jìn)行分析。
操作步驟：
登錄百邁客云首頁（www.biocloud.net）——分析——工具
在對(duì)話框中輸入“轉(zhuǎn)錄因子注釋”，Enter鍵進(jìn)入轉(zhuǎn)錄因子注釋工具界面
這種方法操作也非常之簡(jiǎn)便，只要按照要求格式提交基因序列文件然后選擇物種即可：
1、 Genes：基因序列文件，支持氨基酸序列或者核酸序列，必須以fa或者fasta做后綴，示例如下：
2、 DEG file：輸入基因出自的項(xiàng)目的差異表達(dá)文件，該文件第一列為Gene ID，最后一列為基因上下調(diào)信息，這兩列必須存在，沒有可以不用選擇
3、 Organism：可以只選擇研究的物種，分析速度快；也可以選擇All，基于所有物種的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果信息會(huì)更全，但是分析速度會(huì)變慢。
4、 E-value 進(jìn)行blast比對(duì)設(shè)置的期望值，該值越小表示比對(duì)特異性越強(qiáng)，核酸一般設(shè)置為1e-10，氨基酸一般設(shè)置為1e-5
篩選出來感興趣的轉(zhuǎn)錄因子，大家可能希望再找到它對(duì)應(yīng)的靶基因。如何預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子靶基因也有很多方法，包括根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子保守性或者是公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行預(yù)測(cè)，這部分內(nèi)容后續(xù)我們將會(huì)持續(xù)報(bào)道介紹~~
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