首先明確，個人獨資企業(yè)雖然稱為“企業(yè)”，但是自從2001年1月1日起，個人獨資企業(yè)不再繳納企業(yè)所得稅，至對投資者個人取得的生產(chǎn)經(jīng)營所得征收個人所得稅。
個人獨資企業(yè)繳納個人所得稅分為兩類，一類是為個人獨資企業(yè)的員工繳納個人所得稅，另一類是企業(yè)的經(jīng)營所得繳納個人所得稅。
（一）繳納個人所得稅的種類
1.個人獨資企業(yè)的員工繳納個人所得稅，按照《個人所得稅法》第十一條規(guī)定，工資薪金所得并入員工個人年度綜合所得計征個人所得稅，由企業(yè)以代扣代繳方式，按月或者按次進行“預扣預繳”稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內(nèi)辦理匯算清繳。
2．個人獨資企業(yè)的經(jīng)營所得。《個人所得稅法》第十二條，納稅人取得經(jīng)營所得，按年計算個人所得稅，由納稅人在月度或者季度終了后十五日內(nèi)向稅務機關報送納稅申報表，并預繳稅款；在取得所得的次年三月三十一日前辦理匯算清繳。
（二）個人獨資企業(yè)的納稅人
依照《中華人民共和國個人獨資企業(yè)法》規(guī)定，個人獨資企業(yè)以投資者為納稅義務人。
（三）個人獨資企業(yè)適用稅率
1.個人獨資企業(yè)實行查賬征收辦法的，其稅率比照“個體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得”應稅項目，適用5%-35%的武技超額累進稅率；
2.實行核定征收，按照應稅所得率計算其應納稅所得額，再按照其應納所得稅額的大小，適用5%~35%的五級超額累進稅率。
（四）個人獨資企業(yè)應納稅所得額計算
個人獨資企業(yè)應納稅所得額=收入總額-成本-費用-各項損失
其中收入總額=商品銷售收入+營運收入+勞務服務收入+工程價款收入+財產(chǎn)出租或者轉(zhuǎn)讓收入+利息收入+其他收入+營業(yè)外收入。凡是企業(yè)從事與生產(chǎn)經(jīng)營以及生產(chǎn)經(jīng)營有關的活動所取得的各項收入都包括。
（五）不得扣除項目
個人獨資企業(yè)個人所得稅繳納比照個體工商戶，其中4項在計算應納稅所得額時不得扣除
1. 投資者的工資，按照每人3500/月費用標準扣除；
2. 投資者及其家庭發(fā)生的生活費不得扣。
3. 企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營和投資者及其家庭生活共用的固定資產(chǎn)，難以劃分的，按照比例扣除
4. 計提的各種準備金不得扣除
（六）核定征收方式計稅
第一步：計算應納所得稅額
應納所得稅額=應納稅所得額*適用稅率
第二步：計算應納稅所得額=收入總額*應稅所得率=成本費用支出額/(1-應稅所得率) *應稅所得率
其中應稅所得率一般根據(jù)行業(yè)特點和主管稅務機關核定確定。
（七）企業(yè)年度虧損
個人獨資企業(yè)年度虧損， 允許用本企業(yè)下一年度的生產(chǎn)經(jīng)營所得彌補，下一年度多的不足彌補的可以遞延彌補，最長不得超過五年。
（八）報送表格
投資者在預繳個人所得稅時，報送《生產(chǎn)、經(jīng)營所得個人所得稅申報表（A表）》
年度終了后30日內(nèi)，報送經(jīng)營所得時，報送《生產(chǎn)、經(jīng)營所得個人所得稅申報表（B表）》
