序列變異解讀（SVI）工作組提出了一個基于點數(shù)的系統(tǒng)，用于根據(jù)確定新發(fā)突變（de novo）證據(jù)的強度（ACMG / AMP標準代碼PS2和PM6）：
基于三個參數(shù)：
確認的新發(fā)突變or假定的新發(fā)突變；
表型一致性；
觀察到的新發(fā)突變的次數(shù)；
為了確定適用于新發(fā)突變的適當(dāng)強度水平，具有新發(fā)突變的每個先證者被授予基于表型一致性和確認或假設(shè)新發(fā)狀態(tài)的點值（表1）。然后將所有新發(fā)突變的組合點值與表2進行比較，以確定適用的證據(jù)強度水平。
舉個例子，如果在一名患有Cornelia de Lange綜合征的患者中確認過父母與孩子親緣關(guān)系的NIPBL新發(fā)突變，根據(jù)表1可以得2分，并在另外兩名患有Cornelia de Lange綜合征的患者中發(fā)現(xiàn)這個突變（假定的新發(fā)突變，即沒有確認過父母與孩子親緣關(guān)系），根據(jù)表1可以再得2分，然后基于組合點值4，根據(jù)表2可以評估為非常強的證據(jù)水平（PS2_VeryStrong）。
對于新發(fā)突變標準的所有應(yīng)用，患者的表型必須與ACMG / AMP指南中建議的基因/疾病關(guān)聯(lián)一致。當(dāng)患者的表型與基因/疾病關(guān)聯(lián)一致但不具有高度特異性時，我們建議降低獲得的分數(shù)。
下面舉幾個例子
第一個例子
患有早期嬰兒癲癇性腦病和確認過父母孩子親緣關(guān)系的SIK1新發(fā)突變的患者被授予1分（因為患者的表型與基因一致但不具有高度特異性并且新發(fā)突變親緣關(guān)系是確認的）。如果該患者是該變體的唯一新發(fā)突變，則應(yīng)用中等強度等級（PS2_Moderate）。如果確定了另外兩名患有早期嬰兒癲癇性腦病和確認過父母孩子親緣關(guān)系的SIK1相同新發(fā)突變的患者，則組合點值為3（因為每位患者被授予1分），當(dāng)點達到強閾值（2點）但不是非常強閾值（4點）時，則應(yīng)用強等級（PS2）。
第二個例子
患有非綜合征智力障礙和確認過父母孩子親緣關(guān)系的ASH1L新發(fā)突變的患者被授予0.5分（因為該變異親緣關(guān)系是確認的，患者的表型與基因一致，但不具有高度特異性，并且存在遺傳異質(zhì)性的顯著證據(jù)）。如果該患者是該變異的唯一新發(fā)突變，則只能應(yīng)用支持性證據(jù)級別（PS2_Supporting）。如果確定了第二名患有非綜合征智力障礙和確認的ASH1L新發(fā)突變的患者，那么組合點值為1，可以應(yīng)用中等致病性等級（PS2_M）。
第三個例子
具有發(fā)育遲緩但沒有Cornelia de Lange綜合征的其他特征和假定的NIPBL新發(fā)突變的患者被授予零點，因為該表型與基因/疾病關(guān)聯(lián)不一致。如果該患者是該變異的唯一新發(fā)突變，則不應(yīng)用新發(fā)突變標準。
基于遺傳模式應(yīng)用de novo標準的其他注意事項：
X連鎖疾?。喝绻鸛-連鎖變異在未受影響的攜帶者母親中為新發(fā)突變，并且家族史是一致的：例如她的兄弟（不攜帶該新發(fā)突變）都不患病，但她遺傳該變異的孩子患病，即使母親不患病但仍適用新發(fā)突變的標準。
常染色體隱性遺傳疾病：對于與常染色體隱性遺傳相關(guān)的基因的新發(fā)突變而未鑒定出另外的致病/可能的致病變異，則該新發(fā)突變證據(jù)的強度應(yīng)降低一個級別。
嵌合體：對于具有明顯生殖腺嵌合的病例（有多個受影響的兄弟姐妹，父母雙方均為陰性），必須確認父子/母子關(guān)系，以便適用de novo標準。
游俠觀點：個人認為此次調(diào)整，整體上降低了新發(fā)突變的致病性等級，特別是一些特異性不高的遺傳病，比如癲癇、非綜合征型智力障礙，至于基因的異質(zhì)性問題，很多時候并不好判斷。但是我們也看到隨著新發(fā)突變出現(xiàn)次數(shù)的增加，也可以提高等級，這就提示HGMD數(shù)據(jù)庫和共享數(shù)據(jù)庫的重要性。
