目前高分雜志對(duì)于文章的創(chuàng)新性和機(jī)制深度的要求越來(lái)越高，更是讓我們望而生畏，今天就讓我們來(lái)細(xì)數(shù)一下“直接機(jī)制”中的分子互作實(shí)驗(yàn)，包括①蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)、②蛋白質(zhì)-RNA、③蛋白質(zhì)-DNA、④蛋白質(zhì)-DNA/RNA、⑤RNA-DNA，本文會(huì)通過(guò)圖文的形式講解，希望對(duì)大家有點(diǎn)幫助。
1.免疫沉淀（IP）
免疫沉淀是用于抗原檢測(cè)和純化的最廣泛使用的方法之一。
2.免疫共沉淀(co-IP)
Co-IP是免疫沉淀的延伸，主要用于蛋白-蛋白相互作用檢測(cè)。3.GST pull-down
將靶蛋白-GST融合蛋白親和固化在谷胱甘肽標(biāo)記的磁珠上，作為與目的蛋白親和的支撐物并充當(dāng)一種“誘餌蛋白”。目的蛋白溶液與之孵育，可從中捕獲與之相互作用的“捕獲蛋白”（目的蛋白），洗脫結(jié)合物后通過(guò)SDS-PAGE電泳分析，從而證實(shí)兩種蛋白間的相互作用或篩選相應(yīng)的目的蛋白。“誘餌蛋白”和“捕獲蛋白”均可通過(guò)細(xì)胞裂解物、純化的蛋白、表達(dá)系統(tǒng)以及體外轉(zhuǎn)錄翻譯系統(tǒng)等方法獲得。 這里說(shuō)一下co-IP 和GST pull-down區(qū)別
①co-IP：研究的是體內(nèi)自然狀態(tài)下的蛋白質(zhì)互相作用，反應(yīng)的是比較真實(shí)的蛋白質(zhì)相互作用，由于沉淀下來(lái)的是蛋白質(zhì)復(fù)合物，不能顯示蛋白質(zhì)之間的相互作用是直接還是間接的。 ②GST pull down：可以確定目的蛋白和檢測(cè)蛋白是否發(fā)生直接相互作用，但是無(wú)法得知體內(nèi)真實(shí)的結(jié)合情況。 1.蛋白質(zhì)與RNA相互作用
①RNA結(jié)合蛋白
RNA結(jié)合蛋白
微小RNA結(jié)合蛋白（如，Ago2）
②RNA
mRNA、lncRNA、circRNA、micRNA④RNA pulldown：以RNA為主角，研究其與蛋白的互作2.RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀技術(shù)(RIP)
用抗體或表位標(biāo)記物捕獲細(xì)胞核內(nèi)或細(xì)胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白，防止非特異性的RNA的結(jié)合，免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA一起分離出來(lái)，結(jié)合的RNA序列通過(guò)microarray（RIP-Chip）、定量RT-PCR或高通量測(cè)序（RIP-Seq）方法來(lái)鑒定。染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)
體內(nèi)研究DNA與蛋白質(zhì)作用反應(yīng)細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子Promoter的結(jié)合情況。凝膠遷移或電泳遷移率實(shí)驗(yàn)(EMSA)
主要基于蛋白-探針（DNA或RNA）復(fù)合物在在凝膠電泳過(guò)程中遷移較慢的原理。 Luciferase
1.啟動(dòng)子活性研究
2.基因3’UTR區(qū)和microRNA結(jié)合實(shí)驗(yàn)
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