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好久不寫推文，小獵豹再次回歸！

不管是基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)還是數(shù)據(jù)分析中，我們經(jīng)常會(huì)遇到這樣一個(gè)問(wèn)題。別人告訴你一個(gè)基因的名字或者編號(hào)，又或者你從文獻(xiàn)當(dāng)中看到一個(gè)基因的編號(hào)，你想要進(jìn)一步了解這些基因的染色體定位、功能、編碼的蛋白等等信息，于是乎你就去各式各樣的數(shù)據(jù)庫(kù)里面進(jìn)行查詢。

比如，最簡(jiǎn)單的，就說(shuō)是最直接的基因名字（gene symbol）吧，我們已TP53基因?yàn)槔?，?dāng)你拿到這個(gè)基因的名字時(shí)，你想要去不同數(shù)據(jù)庫(kù)里面檢索TP53的信息，你一定會(huì)發(fā)現(xiàn)，在不同數(shù)據(jù)庫(kù)中，存在著多個(gè)TP53。比如在NCBI的entrez數(shù)據(jù)庫(kù)，他的編號(hào)ID就是7157，然后在著名的ENSEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中，他的編號(hào)又變了，變成了ENSG00000141510；而在最知名的蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)Uniprot中，他的編號(hào)又變成了K7PPA8，雖然同是一個(gè)人，但名字總是變來(lái)變?nèi)ィ彩菈驘┝?；煩也就算了，關(guān)鍵是很多時(shí)候，我們不知道他的另外一個(gè)名字！

總而言之，目前存在著大量的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)，每個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都有自己定義的ID命名規(guī)則，轉(zhuǎn)換起來(lái)實(shí)在是一個(gè)很大的工作，給我們的研究工作帶來(lái)巨大的困擾，遇到這樣的問(wèn)題，我們?cè)撛趺崔k？如果是你遇到這樣的問(wèn)題，你平時(shí)又是怎么操作的呢？

在這里，我們給大家介紹幾個(gè)好用的基因ID轉(zhuǎn)換工具：

BioDBnet

網(wǎng)址： 

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

我們以單個(gè)基因TP53為例，進(jìn)行了測(cè)試。測(cè)試結(jié)果：網(wǎng)站打開速度中等，支持的ID種類較多，支持多物種，多ID類型同時(shí)轉(zhuǎn)換，運(yùn)行速度較慢。結(jié)果頁(yè)面如下：

可以看出，結(jié)果頁(yè)面的可讀性一般，沒(méi)有比較好的表格輸出。

Retrieve/ID mapping(Uniprot)

網(wǎng)址： 

https://www.uniprot.org/uploadlists/

由知名蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)Uniprot官方出品，頁(yè)面如下：

首先，頁(yè)面給人的感覺(jué)比上一個(gè)要好得多，美觀，加分！其次，頁(yè)面打開速度較慢，可能是跟國(guó)內(nèi)的網(wǎng)速有關(guān)，等了1分鐘，瀏覽器一直在轉(zhuǎn)圈圈，options選項(xiàng)這里，長(zhǎng)時(shí)間無(wú)法顯示，焦急等待數(shù)分鐘才顯示出來(lái)，差點(diǎn)放棄。畢竟時(shí)間就是生命。在options選項(xiàng)中，可用的選項(xiàng)很多，大致數(shù)了一下，不低于50種（見下圖），畢竟是大數(shù)據(jù)庫(kù)，數(shù)據(jù)質(zhì)量和規(guī)模上還是很讓人放心的。

DAVID 

The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discover

網(wǎng)址：

http://david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp 

挺強(qiáng)大的一個(gè)工具，之前教大家做功能富集分析的時(shí)候推薦的網(wǎng)站，不過(guò)可能就是速度非常慢，而且經(jīng)常打不開，個(gè)人認(rèn)為是國(guó)內(nèi)的網(wǎng)絡(luò)連接問(wèn)題。頁(yè)面整體上給人的感覺(jué)介于第一個(gè)工具和第二個(gè)工具之間，比較平庸，沒(méi)有眼前一亮，但是也還能用的感覺(jué)。使用方法很簡(jiǎn)單，三步走：1.輸入基因名稱；2.選擇輸入的名稱類型；3.點(diǎn)擊提交即可。整體來(lái)說(shuō)，如果滿分5分，DAVID只能打2.5分。因?yàn)樗€有一個(gè)最大的缺點(diǎn)，那就是數(shù)據(jù)不能及時(shí)更新。據(jù)我所知，DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)已經(jīng)多年沒(méi)有更新了，要知道，幾乎每天各大數(shù)據(jù)庫(kù)都在更新，諸如Genbank, Ensembl, UCSC, Uniprot等，更不要說(shuō)幾年了，一年都要變一個(gè)樣兒！所以，DAVID輸出的結(jié)果很多時(shí)候是不準(zhǔn)確，且不可信的。

Biomart

網(wǎng)址：

http://asia.ensembl.org/info/data/biomart/index.html

也是大廠出品，Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)官方推出。這是一個(gè)絕對(duì)不錯(cuò)的工具，定期發(fā)布新版本，而且可以將數(shù)據(jù)下載到本地進(jìn)行操作，非常值得推薦。而且，由于Ensembl 在全世界各地都有鏡像站，訪問(wèn)起來(lái)的速度稍微要快上那么一些。

使用方法也比較簡(jiǎn)單，首先是在左邊欄（標(biāo)注1）的地方選擇你想要的ID，右邊（2）中就會(huì)進(jìn)行展示，不過(guò)用戶體驗(yàn)上來(lái)說(shuō)，這種操作方式不如前面幾個(gè)好。不過(guò)好的一點(diǎn)是，Biomart對(duì)程序員的支持是非常不錯(cuò)的，通過(guò)編程的方式，我們可以選擇R包、Perl語(yǔ)言的API或者RESTful接口進(jìn)行調(diào)用，非常方便進(jìn)行批量操作。

Hyperlink Management System (HMS)

網(wǎng)址：

http://biodb.jp/

這是一個(gè)神奇的網(wǎng)站，各個(gè)物種，各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都糅雜在一起了，可以進(jìn)行全庫(kù)的搜索。不過(guò)界面上給人比較雜亂的感覺(jué)，對(duì)于一個(gè)只想趕緊把基因名稱進(jìn)行轉(zhuǎn)換的人兒來(lái)說(shuō)，不夠直接，不夠簡(jiǎn)潔。

BridgeDB

網(wǎng)址： 

http://www.bridgedb.org/

結(jié)果不理想，測(cè)評(píng)進(jìn)行不順利，網(wǎng)站直接沒(méi)打開，所以這里就暫且不講了。如果需要進(jìn)一步了解的，可以參考發(fā)表的文獻(xiàn)：

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/5 

小結(jié)

以上的這些工具中，各有優(yōu)缺，有的頁(yè)面設(shè)計(jì)比較丑，有的網(wǎng)頁(yè)反應(yīng)慢，有的數(shù)據(jù)庫(kù)萬(wàn)年不更新。如果說(shuō)非要排個(gè)序，那就推薦第1和第2個(gè)工具吧，畢竟還是可以用的。

還有更好的？

本文講到這里，好像還沒(méi)有出現(xiàn)一個(gè)又好看，又好用，而且功能強(qiáng)大、轉(zhuǎn)換精準(zhǔn)的全能工具，嘿嘿，當(dāng)然有，來(lái)看這里：

• https://hiplot.com.cn/advance/gene-ids

Hiplot平臺(tái)的基因ID conversion轉(zhuǎn)換工具，由核心開發(fā)人員苗奔奔大神開發(fā)，基于R的shiny響應(yīng)式框架，支持多大20多個(gè)物種和20多種基因ID編號(hào)。先來(lái)看下界面：

一個(gè)詞形容：簡(jiǎn)潔明了！上面是ID，下面是表格。上傳數(shù)據(jù)后，自動(dòng)根據(jù)選擇的ID類型進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，同步更新表格，所有變化都是實(shí)時(shí)更新，用起來(lái)就是一個(gè)字，爽！下面給大家看看教程：

點(diǎn)擊Browse按鈕，上傳你自己的基因ID文件，行數(shù)不限，然后選擇讀取的ID類型，默認(rèn)是讀取Gene symbol。然后就很簡(jiǎn)單了，你需要什么ID就在藍(lán)色復(fù)選框中選擇對(duì)應(yīng)的ID類型就好了。唯一的要求就是，需要大家對(duì)不同數(shù)據(jù)庫(kù)的ID有一定的初步了解。比如NCBI Genbank編號(hào)對(duì)應(yīng)的是ENTREZID，Uniprot數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的UNIGENE和UNIPROT，還有GO功能數(shù)據(jù)庫(kù)，PFAM二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，OMIM遺傳突變數(shù)據(jù)庫(kù)，REFSEQ序列數(shù)據(jù)庫(kù)，ENSEMBL整合數(shù)據(jù)庫(kù)等等。看下支持的物種：

基本涵蓋了所有模式生物，你想要的這里都有。只需要上傳ID，選擇物種，下面的事情，交給程序去做就可以了，而且結(jié)果用表格展示，也可以直接Download table，下載到excel中使用。總結(jié)一下使用體驗(yàn)就是：簡(jiǎn)潔，高效，全面，快捷。滿足基因ID轉(zhuǎn)換的所有需求。最后，留下開發(fā)者-奔奔大神的個(gè)人主頁(yè)：