明王朝建立初期，頻繁出兵深入蒙古高原，打擊北元?jiǎng)萘?，并將都城遷至北京（今北京市）。經(jīng)過(guò)近三十年的連續(xù)戰(zhàn)爭(zhēng)，蒙古貴族統(tǒng)治集團(tuán)內(nèi)部分裂，明王朝終于占領(lǐng)和控制了今內(nèi)蒙古的一部分地區(qū)。明王朝在今內(nèi)蒙古地區(qū)的軍事行政設(shè)置，最初沿用元代的府、州，后改為衛(wèi)、所。衛(wèi)的主人任務(wù)是作戰(zhàn)和戊守，衛(wèi)下設(shè)千戶所、百戶所，由都指揮使司（簡(jiǎn)稱都司）管領(lǐng)，錄屬于朝廷的五軍都督府，并曾在蒙古族的一些部族中設(shè)立羈縻衛(wèi)所，由本部首領(lǐng)為衛(wèi)、所長(zhǎng)官，其中朵顏衛(wèi)、福余衛(wèi)、泰寧衛(wèi)等三衛(wèi)，合稱為冗良哈三衛(wèi)，初隸于大寧都司，后改屬奴兒干都司；海喇兒千戶所、堅(jiān)河衛(wèi)、木刺罕衛(wèi)、木塔里山衛(wèi)、哈喇千戶所等、初隸于遼東都司，后改屬奴兒干都司。在今內(nèi)蒙古地區(qū)設(shè)置的由朝廷管領(lǐng)的衛(wèi)、所，分別屬于大寧都司、萬(wàn)全都司、山西都司。陜西都司。大寧都司設(shè)在大寧衛(wèi)，城址即今寧城縣大明城。明初設(shè)置大寧衛(wèi)，后分為大寧左、右、中、前、后五衛(wèi)，1387年 (洪武二十年)在大寧設(shè)大寧都司，曾改名北平行都司，所轄諸衛(wèi)在今內(nèi)蒙古地區(qū)的還有：全寧衛(wèi)城址即今翁牛特旗烏丹鎮(zhèn)西門(mén)外古城，新城衛(wèi)城址即今寧城縣甸子鄉(xiāng)黑城。1403年(永樂(lè)元年)大寧都司撤出，所轄諸衛(wèi)全部由兀良哈三衛(wèi)接管。萬(wàn)全都司設(shè)在萬(wàn)全，城址在今河北宣化縣城，所轄衛(wèi)所在今內(nèi)蒙古境內(nèi)的為開(kāi)平衛(wèi)。開(kāi)平衛(wèi)設(shè)于1371(洪武四年)，初隸于大寧都司，1403年開(kāi)平衛(wèi)撤至獨(dú)石口，改由萬(wàn)全都司管領(lǐng)。山西都司設(shè)在大同，城址即今山西大同市，所轄衛(wèi)所在今內(nèi)蒙古地區(qū)的有：東勝衛(wèi)城址即今托克托縣托克托城，1371年，明王朝軍隊(duì)攻克東勝州，置東勝衛(wèi)，并在附近設(shè)置了失寶赤、五花城、斡魯忽奴、燕只、翁吉刺等千戶所。1392年(洪武二十五年)分為東勝左、右、中、前、后五衛(wèi)，第二年取消了中、前、后三衛(wèi)，只保留了左、右兩衛(wèi)，405年(永樂(lè)四年)廢棄。1438年(正統(tǒng)三年)曾一度恢復(fù)東勝衛(wèi)，但不久就廢棄。鎮(zhèn)虜衛(wèi)城址即今托克托縣黑城，1393年(洪武二十六年)設(shè)置，1403(永樂(lè)元年)曾一度撤出，1426年(宣德元年)又遷回原址，1449年(正統(tǒng)十四年)廢棄。玉林衛(wèi)城址即今和林格爾縣新店子鄉(xiāng)榆林城，設(shè)置經(jīng)過(guò)同于鎮(zhèn)虜衛(wèi)。云川衛(wèi)城址即今和林格爾縣大紅城，設(shè)置經(jīng)過(guò)亦同于鎮(zhèn)虜衛(wèi)。宣寧衛(wèi)城址即今涼城縣淤泥灘古城。此外還曾設(shè)置過(guò)官山衛(wèi)，城址約在今卓資縣境內(nèi)，1370年(洪武三年)蒙古宗王札木赤歸附于明王朝，曾設(shè)置過(guò)官山等處軍戶千戶所，1377年(洪武十年)蒙古首領(lǐng)不顏朵兒只(又名乃兒不花)歸附明王朝，又設(shè)置官山衛(wèi)，不久后不顏朵兒只逃回漠北，官山衛(wèi)也就作廢。陜西都司設(shè)在甘州(今甘肅張掖市)，所屬各衛(wèi)都分布在今甘肅、寧夏境內(nèi)，今阿拉善、額濟(jì)納地區(qū)僅有少部分在其控制之下。
明王朝為了防御蒙古的南下，太祖朱元璋時(shí)就開(kāi)始在北方地區(qū)陸續(xù)興筑長(zhǎng)城，經(jīng)過(guò)幾朝皇帝的多次補(bǔ)筑、加固和改建，形成了總長(zhǎng)6350公里的長(zhǎng)城，東起自鴨綠江邊，西至嘉峪關(guān)，設(shè)置了遼東、薊州、宣府、大同、山西、榆林、寧夏、固原、甘肅等九個(gè)邊鎮(zhèn)，簡(jiǎn)稱為九邊，負(fù)責(zé)修筑和鎮(zhèn)守長(zhǎng)城。明王朝興筑的長(zhǎng)城，吸取了歷代長(zhǎng)城的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)，完善和新添了一些軍事設(shè)施，以適應(yīng)用火器的戰(zhàn)爭(zhēng)。長(zhǎng)城一般稱為邊墻的，是指最北面一線(即長(zhǎng)城以北為蒙古轄區(qū)、以南則為明王朝轄區(qū)來(lái)說(shuō)的)；明王朝還在今山西、河北、北京境內(nèi)興筑了內(nèi)長(zhǎng)城，以保衛(wèi)京師的安全。在薊州鎮(zhèn)、宣府鎮(zhèn)、同城、山西鎮(zhèn)等鎮(zhèn)管領(lǐng)的長(zhǎng)城段內(nèi)，重要防御地段一般都筑有兩條幾乎并列的長(zhǎng)城，相距數(shù)公里至數(shù)十公里不等，稱為大邊和次邊．或稱為頭道邊和二道邊；在特別險(xiǎn)要地段，甚至增筑十余重長(zhǎng)城。長(zhǎng)城城墻因地制宜，用土夯筑或用石包砌，土筑的城墻在險(xiǎn)要地段都用磚包砌。墻上筑有諜(女墻)和敵臺(tái)(敵樓)。在沿線的主要山谷口興筑城堡，在重要隘口開(kāi)設(shè)長(zhǎng)城門(mén)，大的稱為關(guān)，小的稱做口。堡、關(guān)、口的外側(cè)，筑有系列的墩臺(tái)(烽火臺(tái))，向北延伸數(shù)十“至百余公里，作為前線的陳望哨和作戰(zhàn)據(jù)點(diǎn)；長(zhǎng)城內(nèi)側(cè)亦興筑了系列的墩臺(tái)，以便及時(shí)將戰(zhàn)爭(zhēng)信息傳遞至邊鎮(zhèn)和京師。明長(zhǎng)城與今內(nèi)蒙古地區(qū)直接有關(guān)或興筑在今內(nèi)蒙古境內(nèi)的，為宣府，大同、山西、榆林、寧夏等邊鎮(zhèn)所管領(lǐng)地段，其中以大達(dá)作為自治區(qū)與河北、山西兩省交界的，東起自興和縣南馬市口，西至黃河?xùn)|岸的清水河縣老牛灣，共長(zhǎng)約480公里。在今清水河縣與山西偏關(guān)縣接壤地帶，約有10公里的長(zhǎng)城在清水河縣北堡鄉(xiāng)境內(nèi)。在今鄂托克前旗與寧夏鹽池縣交界的長(zhǎng)城，只剩下靠近黃河?xùn)|岸數(shù)十公里長(zhǎng)的一段。在大邊外側(cè)的次邊，全在今內(nèi)蒙古境內(nèi)，東起自興和縣南灣，經(jīng)豐鎮(zhèn)縣隆盛莊鎮(zhèn)、涼城縣雙古城、和林格爾縣新豐鄉(xiāng)，西至清水河縣單臺(tái)子鄉(xiāng)為止，共長(zhǎng)約400公里。在長(zhǎng)城外側(cè)興筑的墩臺(tái)，在今托克托縣、土默特左旗、呼和浩特市郊區(qū)、察右前旗等地，還保留著許多遺跡。
元順帝脫歡帖睦爾退出大都后，繼續(xù)保有大量的軍事勢(shì)力，維持蒙古貴族政權(quán)，史稱為北元。北元政權(quán)先占據(jù)著漠南部分地區(qū)，后被迫退至漠北蒙古高原。北元汗位的繼承者，為愛(ài)猷識(shí)理達(dá)臘、脫古思帖木兒、卓里克圖恩克、額勒伯克、坤帖木兒。1402年坤帖木兒死，翌年(1403年)由其弟鬼力赤繼承汗位，廢去“元”國(guó)號(hào)，改稱“韃靼”(音達(dá)達(dá))。但蒙古各部分裂，鬼力赤及其后裔統(tǒng)治的僅是蒙古的部分。十五世紀(jì)初年，蒙古各部中主要是韃靼、瓦剌(尼魯特)；冗良哈等部。韃靼部以阿魯臺(tái)為丞相、太師，先后擁立鬼力赤、木雅失里、阿臺(tái)為汗，以呼倫貝爾草原為根據(jù)地，控制兀良哈部，與瓦刺部抗?fàn)帯０Ⅳ斉_(tái)于1434年被瓦剌擊殺，阿臺(tái)汗隨后也被瓦刺捕殺，于是瓦刺部取代了韃靼的統(tǒng)治地位，稱雄于蒙古高原，成為明王朝的勁敵。1449年(明正統(tǒng)十四年)瓦刺部首領(lǐng)也先率部南下，在土木堡俘獲了明英宗朱祁鎮(zhèn)，這就是歷史上有名的“土木之變”。1453年(景泰四年)也先爭(zhēng)取到汗位，自稱為大元天盛可汗，建元添元，瓦刺部勢(shì)力達(dá)到了鼎盛時(shí)代。瓦刺部汗庭遷駐在今張家口以北至錫林郭勒盟一帶，1455年阿刺知院起兵殺死了也先，從此以后瓦刺部勢(shì)力瓦解，余部逃回漠北及西北一帶。蒙古各部相繼爭(zhēng)奪蒙古高原上的霸主地位，互相攻殺，相對(duì)地削弱了自己的力量。十五世紀(jì)后期(1473年)，巴圖蒙克登上了汗位，自稱為大元大可汗，這就是達(dá)延汗。
達(dá)延汗即汗位后，蒙古各部還處于各自為政的分裂局面，于是先聯(lián)合東部的哈刺哈、科爾沁、冗良哈等部，消滅了亦思馬因，繼而擊敗了亦不刺、滿都賚等貴族統(tǒng)領(lǐng)的勢(shì)力，終于在1510年(明正德五年)統(tǒng)一了蒙古各部。達(dá)延汗統(tǒng)一蒙古各部后，建立了左、右翼各三萬(wàn)戶，分封給子孫統(tǒng)領(lǐng)。達(dá)延汗親自統(tǒng)率左翼三萬(wàn)戶，其中達(dá)延汗及其長(zhǎng)子圖魯博羅特為察哈爾(察罕兒)萬(wàn)戶駐牧今錫林郭勒盟一帶；斡齊爾博羅特領(lǐng)察哈爾的克什克騰部，阿爾博羅特領(lǐng)察哈爾的好齊特部，格埒博羅特領(lǐng)察哈爾的敖漢、奈曼部，分別駐牧在今赤峰市、興安盟及錫林郭勒盟東部一帶；阿爾珠博羅特、格埒禁扎領(lǐng)哈喇哈(喀爾喀)萬(wàn)戶駐牧在今呼倫貝爾盟哈拉哈河流域。封巴爾斯博羅特為濟(jì)農(nóng)(副汗)，統(tǒng)領(lǐng)右翼三萬(wàn)戶，并直接管領(lǐng)鄂爾多斯(襖兒都司)萬(wàn)戶，駐牧河套地區(qū)，阿爾薩博羅特領(lǐng)土蠻(土默特)萬(wàn)戶駐牧在大青山南北地帶；烏傘察領(lǐng)永謝布(應(yīng)紹不)萬(wàn)戶駐牧在今錫林郭勒盟西部及烏蘭察布盟一帶。)兀良哈部不久被達(dá)延汗擊滅，科爾沁部仍自立于六萬(wàn)戶以外。
達(dá)延汗死后，蒙古汗政權(quán)又告衰落，各部相對(duì)獨(dú)立，各自為政，形成新的封建割據(jù)，明王朝采取分化瓦解的策略，各部又重新組合和分衍。到明王朝末年時(shí)，左翼各部主要有：浩齊特部、蘇尼特部、烏珠穆沁部、敖漢部、奈曼部、克什克騰部、巴林部、郭爾羅斯部、杜爾伯特部、扎賚特部等部?？茽柷卟柯氏韧犊苛撕蠼?，南下駐牧在今哲里木盟一帶。右翼三萬(wàn)戶的各部有了很大的發(fā)展，鄂爾多斯部本是守護(hù)祭把成吉思汗陵寢“八白室”的，在“八白室”所在地建立有藏傳佛教的寺廟，俗稱做王愛(ài)召，在今達(dá)拉特旗境內(nèi)，除占據(jù)河套地區(qū)外，一部分部眾出河套游牧于甘肅邊外和青海地方。永謝布部的大成臺(tái)吉(蒙古貴族的尊稱，出自漢語(yǔ)“太子”)率領(lǐng)部眾游牧于青海地方。老把都哈喇嗔的部眾占據(jù)宣府邊外，約在今錫林郭勒盟東南一帶，后又?jǐn)U展至今赤峰地區(qū)。土默特部由阿拉坦汗(俺答汗)統(tǒng)領(lǐng)，駐牧在山西、大同邊外，西至豐州灘，東至三間房，約為今西至呼和浩特市、東至正藍(lán)旗、北至明山以北的漠南草原地帶。阿拉坦汗統(tǒng)領(lǐng)下的豐州灘地區(qū)相對(duì)穩(wěn)定，招募漢人墾殖耕種，出現(xiàn)了定居的村落和城郭，興筑了庫(kù)庫(kù)和屯(歸化城)和大召。阿拉坦汗死后，其夫人三娘子和后裔，還先后興筑了?；?美岱召)，以及喇嘛洞、烏素圖召、華嚴(yán)寺等一批藏傳佛教寺廟。阿拉坦汗子孫的一支，后來(lái)向東發(fā)展，進(jìn)入今阜新、朝陽(yáng)一帶，稱為東土默特蒙古部，留居原地的稱為歸化城土默特蒙古部。
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