巴爾干半島在查士丁尼一世統(tǒng)治的整個時期一直不穩(wěn)定，但這不是什么不尋常的情況。保加利亞人和阿瓦爾人不斷入侵東羅馬帝國領(lǐng)域。由于東羅馬帝國沒有足夠的兵，因此它的堡壘系統(tǒng)也不足以保護色雷斯的安全。約560年開始斯拉夫人開始緩慢地但永久地占據(jù)東羅馬帝國的巴爾干半島地區(qū)。
552年在伊比利亞半島的西哥特王國內(nèi)部混亂，查士丁尼一世乘機占領(lǐng)了科多巴、直布羅陀等地區(qū)。這些地區(qū)在此后的80年中歸東羅馬帝國。查士丁尼一世與信基督教的埃塞俄比亞建立了關(guān)系，由于當時埃塞俄比亞介入也門，而波斯也對也門感興趣，因此查士丁尼一世與埃塞俄比亞的聯(lián)系使他與波斯的關(guān)系更變壞了。查士丁尼一世統(tǒng)治期間（550年）蠶從中國蕭梁通過粟特人傳到了東羅馬帝國。后來絲綢成為東羅馬帝國的一個重要財源。在歐洲東羅馬人與法蘭克人和阿瓦爾人不斷作戰(zhàn)，但這些戰(zhàn)爭沒有起什么重要作用。他也與西突厥建交對抗波斯。
查士丁尼一世是一位“不眠的皇帝”，他親自管理許多事情。他的法典是全新的，其作用一直延續(xù)到近代。他本人對城市和省份的管理也非常關(guān)心。但他也不得不經(jīng)受一些打擊，其中最主要的是尼卡暴動。在他統(tǒng)治的后期他越來越關(guān)注神學的問題。
不停的戰(zhàn)爭、查士丁尼一世的大興土木和鼠疫的后果給國家財政帶來了巨大的壓力。一部分居民因此陷入窮苦狀態(tài)。
a.尼卡暴動
對查士丁尼一世內(nèi)政最重要的事件是532年的尼卡暴動。出于對查士丁尼一世的高稅政策的反抗以及保守派的元老利用君士坦丁堡的兩個賽車隊和他們的支持者發(fā)動反對查士丁尼一世的暴動。查士丁尼一世當時已經(jīng)以為他已經(jīng)敗了，打算逃離君士坦丁堡，但他的妻子狄奧多拉稱“紫色的龍袍，是最美麗的壽衣”，勸夫婿決一死戰(zhàn)。她派納爾西斯與一部分暴動者談判并說服他們支持查士丁尼一世，同時又派貝利薩留對暴動者的總部進攻。貝利薩留成功后對暴動者進行大屠殺，據(jù)當時的報道三萬人被殺。狄奧多拉事后正式被提升為查士丁尼一世的共治者。
b.大瘟疫
從541年開始鼠疫在整個東羅馬帝國蔓延。查士丁尼一世本人也得病，他最重要的法學家特里波尼亞努斯甚至病死。這場傳染病的后果對東羅馬帝國是非常嚴重的：由于糧食產(chǎn)量的減少饑荒爆發(fā)，再加上戰(zhàn)爭和多次地震的發(fā)生使得整個社會上有一種世界末日的感覺?？赡芤虼瞬槭慷∧嵋皇涝谒y(tǒng)治的后期對神學非常重視。他的政策深刻地變了。加上戰(zhàn)爭中的敗績他后期的政治比他前期的政治要被動得多。
c.查士丁尼法典
查士丁尼一生最大的功績是將千年來眾多古羅馬法律匯纂成篇，匯纂成一部統(tǒng)一的法典。這部《查士丁尼法典》于529年發(fā)表。它提取了此前遺留下來的私人和公共的收集中的法律條文。533年查士丁尼一世又下令編寫《學說匯纂》，其中收錄了許多羅馬法學家的法解釋，同年《法學階梯》也被發(fā)布，這是一部法學的教科書。最后發(fā)表的是《新律》，其中收錄了法典被發(fā)表后施行的法律。這部法典代表著羅馬法的最高成就，對后世大陸法系民法典的制定有著深遠的影響。
d.土木工程
圣索非亞大教堂后來被大火和一次地震摧毀后，查士丁尼一世一再重建這座大教堂。安提阿被地震和被波斯人摧毀后查士丁尼一世也一再重建。查士丁尼一世還建立了許多堡壘來抵擋斯拉夫人和波斯人，但這些堡壘起的作用不是很大。在他的出生地斯科普里附近他也大興土木。這些土木工程都是用國家的稅收來支付的，繁重的高稅壓力是導(dǎo)致532年尼加暴動的原因之一。
查士丁尼一世在當時的教會中起一個重要作用，他本人寫了多部神學著作，領(lǐng)導(dǎo)了教會會議。為了推動基督教的普及，查士丁尼一世于529年下令關(guān)閉哲學上非常有影響的雅典的阿卡德米學園，因為在那里新柏拉圖派的哲學思想占主流。在教會內(nèi)部的派別斗爭中查士丁尼一世未能達成一個折衷解決方法，最后他判提奧多拉也信奉的基督一性論為邪教，這樣他加大了信奉基督一性論的敘利亞和埃及教會與不信奉基督一性論的羅馬和君士坦丁堡教會之間的分歧。
查士丁尼一世對異教徒進行迫害，尤其在埃及南部。他的宗教政策導(dǎo)致了529年巴勒斯坦信猶太教的撒瑪利亞人的起義。查士丁尼一世血腥鎮(zhèn)壓了這次起義。534年查士丁尼一世發(fā)表法律限制猶太教徒的權(quán)利。查士丁尼一世本人是一個非常虔誠的教徒。他嚴格遵守基督教的戒食規(guī)則。查士丁尼一世寫的贊美詩“噢神唯一的兒子和神的詞”至今是東正教的贊美歌之一。
在543年君士坦丁堡地區(qū)的教會大會上查士丁尼一世發(fā)表了十點反對俄利根的非正統(tǒng)見解的理由。這是與基督一性論之間的激烈爭論的開始點。
為了解決這個問題查士丁尼一世于553年召開了第二次君士坦丁堡宗教大會，這是基督教歷史上第五次全基督教會議，但這次會議也未能解決基督一性論的問題。
