近期《自然》雜志發(fā)表日本研究團(tuán)隊(duì)的新發(fā)現(xiàn)：CLIP1-LTK融合基因，這是全新的非小細(xì)胞肺癌驅(qū)動(dòng)基因。CLIP1-LTK融合攜帶率很低，在非小細(xì)胞肺癌中僅為0.4%。臨床前研究顯示ALK抑制劑勞拉替尼可抑制CLIP1-LTK融合腫瘤，一例CLIP1-LTK融合非小細(xì)胞肺癌患者接受勞拉替尼治療有效。
僅0.4%的非小細(xì)胞肺癌患者攜帶CLIP1-LTK融合
日本研究團(tuán)隊(duì)對(duì)多機(jī)構(gòu)肺癌基因組篩查平臺(tái)（LC-SCRUM-Asia）中已知驅(qū)動(dòng)基因陰性的非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）樣本進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（WTS）。在2020年10月至2020年12月期間分析的75份樣本中，在一例患者（1號(hào)患者）中識(shí)別到染色體12q24上的CLIP1和染色體15q15上的LTK的框內(nèi)融合轉(zhuǎn)錄本。LTK和ALK構(gòu)成受體酪氨酸激酶的ALK/LTK亞家族，而CLIP1是微管正端追蹤蛋白家族的成員。
研究團(tuán)隊(duì)使用兩組引物進(jìn)行PCR和逆轉(zhuǎn)錄（RT-PCR）去檢測(cè)1號(hào)患者鎖骨上淋巴結(jié)和肝臟這兩個(gè)部位轉(zhuǎn)移瘤組織樣本中的擴(kuò)增子，證實(shí)編碼融合蛋白的轉(zhuǎn)錄本存在于該患者的轉(zhuǎn)移瘤中。Sanger測(cè)序驗(yàn)證了表達(dá)轉(zhuǎn)錄本中CLIP1外顯子16與LTK外顯子11的融合序列。此外，研究團(tuán)隊(duì)還進(jìn)行了分離熒光原位雜交（FISH）分析，進(jìn)一步驗(yàn)證該患者存在LTK重排。
研究團(tuán)隊(duì)利用上述的RT-PCR檢測(cè)了來自LC-SCRUM-Asia平臺(tái)的不同類型肺癌患者的572個(gè)腫瘤樣本，不論其驅(qū)動(dòng)基因狀態(tài)。CLIP1-LTK融合在檢測(cè)的30例小細(xì)胞肺癌中均為陰性。在分析的542份NSCLC樣本中，有兩份CLIP1-LTK融合轉(zhuǎn)錄本呈陽性（ 0.4%）。
目前發(fā)現(xiàn)的CLIP1-LTK融合陽性的三個(gè)腫瘤（來自1-3號(hào)患者的腫瘤）的其他已知的驅(qū)動(dòng)基因檢測(cè)呈陰性，這表明CLIP1-LTK融合與其他已知的驅(qū)動(dòng)基因是相互排斥的。研究團(tuán)隊(duì)還進(jìn)行了ALK免疫組化分析，已被批準(zhǔn)作為檢測(cè)ALK融合的免疫組化檢測(cè)方法顯示這三個(gè)腫瘤ALK融合均為陰性。這三個(gè)具有CLIP1-LTK融合的腫瘤在組織學(xué)上均被分類為腺癌，三例患者均有吸煙史。
臨床前研究顯示CLIP1-LTK融合具有致癌活性。
勞拉替尼治療CLIP1-LTK融合有效
由于LTK和ALK在各自的激酶結(jié)構(gòu)域中具有近80%的相同性，因此研究團(tuán)隊(duì)推測(cè)ALK抑制劑可能可以抑制攜帶CLIP1-LTK融合的細(xì)胞增殖。使用Ba/F3-CLIP1-LTK細(xì)胞進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)顯示勞拉替尼的半數(shù)抑制濃度（IC50）為1.1 nM，而其他ALK抑制劑（阿來替尼、布加替尼、塞瑞替尼、克唑替尼、恩區(qū)替尼）的IC50值均在10μm范圍內(nèi)。相比之下，奧希替尼不如ALK抑制劑有效，IC50值高于100 nM。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)顯示10mg/kg勞拉替尼相比對(duì)照組可明顯抑制裸鼠體內(nèi)NIH3T3-CLIP1-LTK細(xì)胞形成的腫瘤生長(zhǎng)。
圖一 細(xì)胞實(shí)驗(yàn)和裸鼠實(shí)驗(yàn)結(jié)果
前述1號(hào)患者最先接受了四個(gè)周期的卡鉑、培美曲塞和帕博利珠單抗（K藥）的一線治療，腫瘤縮小。然而，在隨后使用培美曲塞加K藥進(jìn)行維持治療后，CT檢查顯示疾病進(jìn)展迅速，原發(fā)腫瘤和多發(fā)轉(zhuǎn)移瘤（包括肝轉(zhuǎn)移瘤）均明顯增大。患者腫瘤ctDNA的WTS和Sanger測(cè)序顯示CLIP1-LTK融合，LTK重排通過FISH確認(rèn)。
根據(jù)臨床前研究結(jié)果，經(jīng)1號(hào)患者簽署知情同意，日本國(guó)家癌癥中心醫(yī)院東部審查委員會(huì)批準(zhǔn)非標(biāo)簽使用勞拉替尼。1號(hào)患者以每天一次100毫克的常規(guī)劑量服用勞拉替尼?；颊邇蓚€(gè)月和五個(gè)月的隨訪CT圖像顯示原發(fā)腫瘤和多發(fā)轉(zhuǎn)移瘤快速、實(shí)質(zhì)性縮小。此外，全身PET掃描顯示，所有原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤對(duì)勞拉替尼治療均有反應(yīng)。這些結(jié)果表明，攜帶CLIP1-LTK融合基因的NSCLC患者可能從勞拉替尼治療獲益。
圖二 1號(hào)患者勞拉替尼服用前后病灶變化，e為CT肺部和肝臟影像，f為PET全身掃描影像
期待CLIP1-LTK融合的中國(guó)研究
日本研究團(tuán)隊(duì)基于日本人群樣本，在0.4%的NSCLC標(biāo)本中檢出CLIP1-LTK融合，而臨床前研究和治療個(gè)案提示ALK抑制劑如勞拉替尼可有效治療CLIP1-LTK融合NSCLC。由于CLIP1-LTK融合的罕見，目前尚不清楚以CLIP1-LTK融合為標(biāo)志的NSCLC是否會(huì)表現(xiàn)出獨(dú)特的臨床特征。日本研究團(tuán)隊(duì)正使用 LC-SCRUM-Asia隊(duì)列（n=1500）對(duì)CLIP1-LTK融合進(jìn)行回顧性篩查，將提供更詳細(xì)的患病率和臨床病理特征信息。
中國(guó)人群與日本人群基因特征相似性高，因此中國(guó)NSCLC患者中也可能存在CLIP1-LTK融合。由于中國(guó)患者規(guī)模巨大，即使CLIP1-LTK只是0.4%的比例，患者絕對(duì)數(shù)量也很多，期待中國(guó)研究團(tuán)隊(duì)也開展相關(guān)研究以了解中國(guó)NSCLC患者中CLIP1-LTK融合比例、臨床特征，也能為這些罕見基因患者提供更多的治療選擇。
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