據(jù)明萬歷《曹溪通志》記載：南朝梁武帝天監(jiān)元年（公元50 南華禪寺2年），印度高僧智藥三藏見此地“山水回合，峰巒奇秀，嘆如西天寶林山也”,遂建議地方官奏請武帝建寺。天監(jiān)三年（公元504年），寺廟建成，梁武帝賜額“寶林寺”。
唐儀鳳二年（公元677年）始，中國佛教禪宗創(chuàng)始人六祖惠能大師來寶林寺說法37載，使南宗禪法大播于天下。故南華寺素有南禪祖庭之稱，還與嵩山少林寺并稱為禪宗祖庭，在東南亞、朝鮮、韓國、日本以及歐美等國家和地區(qū)有重要影響。武則天萬歲通天元年（公元696年），武則天賜慧能水晶缽盂、磨衲袈裟等物。唐神龍元年（公元705年），中宗又賜寶缽、磨衲袈裟等物，并將寺名賜改為“中興寺”；神龍三年（公元707年）再改“法泉寺”。
宋開寶元年（968），太祖賜額改稱“南華禪寺”，沿稱至今。1983年，南華寺被確定為全國重點寺廟。今南華寺占地總面積約42.5萬平方米，主體建筑群總面積1.2萬平方米。為階梯式中軸線對稱平面布局。寺向為坐北朝南。中軸線上由南至北依次為曹溪門（頭山門）、放生池（上筑五香亭）、寶林門（二山門）、天王殿、大雄寶殿、藏經(jīng)閣、靈照塔、祖殿、方丈室。自天王殿始作封閉，東側(cè)依次為鐘樓、客堂、伽藍殿、齋堂等；西側(cè)依次為鼓樓、祖師殿、功德堂（亦稱西歸堂）、禪堂、僧伽培訓(xùn)班等。主體建筑院落外，北側(cè)有卓錫泉（俗名九龍泉）、伏虎亭、飛錫橋；西側(cè)有無盡庵、海會塔、虛云和尚舍利塔；東側(cè)有中山亭。
